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万見
- PDB-1ngn: Mismatch repair in methylated DNA. Structure of the mismatch-spec... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ngn
タイトルMismatch repair in methylated DNA. Structure of the mismatch-specific thymine glycosylase domain of methyl-CpG-binding protein MBD4
要素methyl-CpG binding protein MBD4
キーワードDNA BINDING PROTEIN / mismacth repair in methylated DNA
機能・相同性
機能・相同性情報


Cleavage of the damaged pyrimidine / Displacement of DNA glycosylase by APEX1 / pyrimidine-specific mismatch base pair DNA N-glycosylase activity / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / response to radiation / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / DNA repair / DNA damage response / chromatin ...Cleavage of the damaged pyrimidine / Displacement of DNA glycosylase by APEX1 / pyrimidine-specific mismatch base pair DNA N-glycosylase activity / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / response to radiation / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / DNA repair / DNA damage response / chromatin / DNA binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Methyl-CpG-binding domain protein 4 / Methyl-CpG binding protein MeCP2/MBD4 / Hypothetical protein; domain 2 / DNA glycosylase / Endonuclease III; domain 1 / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG DNA binding / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG-binding domain (MBD) profile. / DNA-binding domain superfamily ...Methyl-CpG-binding domain protein 4 / Methyl-CpG binding protein MeCP2/MBD4 / Hypothetical protein; domain 2 / DNA glycosylase / Endonuclease III; domain 1 / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG DNA binding / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG-binding domain (MBD) profile. / DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Methyl-CpG-binding domain protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Wu, P. / Qiu, C. / Sohail, A. / Zhang, X. / Bhagwat, A.S. / Cheng, X.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Mismatch repair in methylated DNA. Structure and activity of the mismatch-specific thymine glycosylase domain of methyl-CpG-binding protein MBD4
著者: Wu, P. / Qiu, C. / Sohail, A. / Zhang, X. / Bhagwat, A.S. / Cheng, X.
履歴
登録2002年12月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: methyl-CpG binding protein MBD4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5671
ポリマ－18,5671
非ポリマー00
水1,62190
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.580, 48.580, 146.570
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 methyl-CpG binding protein MBD4


分子量: 18567.395 Da / 分子数: 1 / 断片: glycosylase domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Mbd4 / プラスミド: modified pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Z2D7
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.23 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.26
詳細: PEG 2000 monomethyl ether, ammonium sulfate, ethylene glycol, sodium citrate, pH 5.26, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
結晶化
*PLUS
温度: 16 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
122-27 %PEG2000 MME1reservoir
2190-230 mMammonium sulfate1reservoir
310-15 %ethylene glycol1reservoir
4100 mMsodium citrate1reservoirpH5.26

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
31001
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
回転陽極RIGAKU RU30011.5418
シンクロトロンNSLS X12C20.9789, 0.97865, 0.95
シンクロトロンNSLS X26C31.1
検出器
タイプID検出器日付
RIGAKU RAXIS IV1IMAGE PLATE2000年10月16日
BRANDEIS - B22CCD2000年11月5日
ADSC QUANTUM 43CCD2001年2月8日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Osmic mirrorSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2NSLS X12C opticsMADMx-ray1
3NSLS X26C opticsSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.54181
20.97891
30.978651
40.951
51.11
反射解像度: 2.1→20 Å / Num. all: 12345 / Num. obs: 12345 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.73 % / Biso Wilson estimate: 22.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 42.7
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / Rmerge(I) obs: 0.098 / Num. unique all: 585 / % possible all: 99.8
反射
*PLUS
Num. measured all: 107778
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.8 % / Num. unique obs: 585

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
X-PLOR3.851精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.1→19.33 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: proXPLOR:tein_rep.param
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.263 894 -RANDOM
Rwork0.213 ---
all-11028 --
obs-11028 99.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 26.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.09 Å21.87 Å20 Å2
2--2.09 Å20 Å2
3----4.18 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.3 Å0.24 Å
Luzzati d res low-19.33 Å
Luzzati sigma a0.19 Å0.21 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→19.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1214 0 0 92 1306
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d24.2
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.65
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkRfactor Rfree errorNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.1-2.180.28717880.2850.0211234594.1
2.18180212580.8
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / Num. reflection obs: 21552 / % reflection Rfree: 9 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg23.4
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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