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- PDB-1ng9: E.coli MutS R697A: an ATPase-asymmetry mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ng9
タイトルE.coli MutS R697A: an ATPase-asymmetry mutant
要素
  • 5'-D(*AP*GP*CP*TP*GP*CP*CP*AP*GP*GP*CP*AP*CP*CP*AP*GP*TP*GP*TP*CP*AP*GP*CP*GP*TP*CP*CP*TP*AP*T)-3'
  • 5'-D(*AP*TP*AP*GP*GP*AP*CP*GP*CP*TP*GP*AP*CP*AP*CP*TP*GP*GP*TP*GP*CP*TP*TP*GP*GP*CP*AP*GP*CP*T)-3'
  • DNA mismatch repair protein MutS
キーワードDNA BINDING PROTEIN / ABC ATPase / alternating ATPase / asymmetry / DNA repair / DNA binding
機能・相同性
機能・相同性情報


adenine/cytosine mispair binding / MutS complex / mismatch repair complex / regulation of DNA recombination / mismatched DNA binding / DNA binding, bending / ATP-dependent DNA damage sensor activity / mismatch repair / ADP binding / damaged DNA binding ...adenine/cytosine mispair binding / MutS complex / mismatch repair complex / regulation of DNA recombination / mismatched DNA binding / DNA binding, bending / ATP-dependent DNA damage sensor activity / mismatch repair / ADP binding / damaged DNA binding / DNA damage response / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
MutS, connector domain / DNA repair protein MutS, domain I / MutS, DNA mismatch repair protein; Chain A, domain 3 / MutS, DNA mismatch repair protein; Chain A, domain 3 - #10 / DNA mismatch repair protein MutS / DNA mismatch repair protein MutS/MSH / DNA mismatch repair protein MutS-like, N-terminal / DNA mismatch repair protein MutS, connector domain / DNA mismatch repair protein MutS, clamp / DNA mismatch repair protein MutS, N-terminal ...MutS, connector domain / DNA repair protein MutS, domain I / MutS, DNA mismatch repair protein; Chain A, domain 3 / MutS, DNA mismatch repair protein; Chain A, domain 3 - #10 / DNA mismatch repair protein MutS / DNA mismatch repair protein MutS/MSH / DNA mismatch repair protein MutS-like, N-terminal / DNA mismatch repair protein MutS, connector domain / DNA mismatch repair protein MutS, clamp / DNA mismatch repair protein MutS, N-terminal / MutS, connector domain superfamily / MutS domain I / MutS domain II / MutS family domain IV / MutS domain III / DNA mismatch repair MutS family / DNA mismatch repair protein MutS, C-terminal / DNA mismatch repair protein MutS, core / DNA mismatch repair protein MutS, core domain superfamily / MutS domain V / DNA mismatch repair proteins mutS family signature. / DNA-binding domain of DNA mismatch repair MUTS family / ATPase domain of DNA mismatch repair MUTS family / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / Nucleotidyltransferase; domain 5 / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / DNA mismatch repair protein MutS
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Lamers, M.H. / Winterwerp, H.H.K. / Sixma, T.K.
引用ジャーナル: Embo J. / : 2003
タイトル: The alternating ATPase domains of MutS control DNA mismatch repair
著者: Lamers, M.H. / Winterwerp, H.H.K. / Sixma, T.K.
履歴
登録2002年12月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年2月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: 5'-D(*AP*GP*CP*TP*GP*CP*CP*AP*GP*GP*CP*AP*CP*CP*AP*GP*TP*GP*TP*CP*AP*GP*CP*GP*TP*CP*CP*TP*AP*T)-3'
F: 5'-D(*AP*TP*AP*GP*GP*AP*CP*GP*CP*TP*GP*AP*CP*AP*CP*TP*GP*GP*TP*GP*CP*TP*TP*GP*GP*CP*AP*GP*CP*T)-3'
A: DNA mismatch repair protein MutS
B: DNA mismatch repair protein MutS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)198,4048
ポリマ-197,5014
非ポリマー9034
6,557364
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)89.902, 92.404, 261.593
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細One MutS homodimer binds to one DNA oligo

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要素

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DNA鎖 , 2種, 2分子 EF

#1: DNA鎖 5'-D(*AP*GP*CP*TP*GP*CP*CP*AP*GP*GP*CP*AP*CP*CP*AP*GP*TP*GP*TP*CP*AP*GP*CP*GP*TP*CP*CP*TP*AP*T)-3'


分子量: 9184.905 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 5'-D(*AP*TP*AP*GP*GP*AP*CP*GP*CP*TP*GP*AP*CP*AP*CP*TP*GP*GP*TP*GP*CP*TP*TP*GP*GP*CP*AP*GP*CP*T)-3'


分子量: 9279.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#3: タンパク質 DNA mismatch repair protein MutS


分子量: 89518.242 Da / 分子数: 2 / Fragment: residues 1-800 / Mutation: R697A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: MutS / プラスミド: pET3D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): E.coli B834 (DE3) pLysS / 参照: UniProt: P23909

-
非ポリマー , 3種, 368分子

#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : Mg
#5: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 364 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.13 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 6000, NaCl, MgCl2, HEPES, ADP, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 600011
2NaCl11
3MgCl211
4HEPES11
5ADP11
6water11
7NaCl12
8MgCl212
9PEG 600012
結晶化
*PLUS
詳細: Lamers, M.H., (2000) Nature, 407, 711., used microseeding
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
114 mg/mlprotein1drop
225 mMHEPES1drop
3250 mM1dropNaCl
410-20 mMbeta-mercaptoethanol1drop
512-14 %PEG60001reservoir
6150-300 mM1reservoirNaCl
7100 mMHEPES1reservoir
810 mM1reservoirMgCl2
90.100-0.150 mMADP1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年3月3日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Diamond (111), Ge(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→30 Å / Num. all: 66737 / Num. obs: 66708 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1.1 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 57.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.124 / Rsym value: 0.124 / Net I/σ(I): 4.6
反射 シェル解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.657 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique all: 9717 / Rsym value: 0.657 / % possible all: 98.7
反射
*PLUS
最低解像度: 30 Å
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / % possible obs: 99.1 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.1.19精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1E3M
解像度: 2.6→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 12.627 / SU ML: 0.254 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.61 / ESU R Free: 0.297 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24892 1283 1.9 %RANDOM
Rwork0.21497 ---
all0.21565 67769 --
obs0.21565 65273 98.21 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 10.362 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.67 Å20 Å20 Å2
2--9.14 Å20 Å2
3----4.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12286 714 56 364 13420
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.02113363
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0212072
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1332.04618243
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.792328017
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8251554
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.22037
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0214294
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0080.022529
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1820.22802
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.210.214240
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0820.27937
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1930.2378
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1260.236
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2360.2140
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1460.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2731.57765
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.523212473
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.99535598
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.3814.55770
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.666 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.42 86 -
Rwork0.338 4770 -
obs--98.94 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.5068-0.4609-0.843.6135-0.30794.89520.02730.113-0.2176-0.1641-0.0334-0.29970.23280.02950.00620.7555-0.0187-0.01340.3072-0.03590.634138.83410.12233.883
24.3650.79580.0662.55980.11621.5770.07520.17530.0388-0.18250.076-0.0896-0.0071-0.108-0.15110.7138-0.00570.0060.15280.00270.624913.1248.96718.857
31.4442-0.49891.48270.8448-0.62732.65370.1088-0.46260.18890.0510.04110.1166-0.0762-0.1707-0.14990.7459-0.05480.03660.3902-0.05390.6997-0.46821.28832.869
43.3949-1.38682.2928-0.0278-1.51515.2238-0.3818-0.54560.03620.16010.38310.2647-0.528-0.3398-0.00120.7835-0.00950.05030.395-0.02210.6555-8.07828.4732.118
52.98222.90211.02047.2658-0.83512.85830.0270.15910.27750.04970.24910.1720.1039-0.7245-0.27610.73210.0966-0.0190.41640.03160.576441.96116.86977.085
66.855-2.25813.48962.7136-2.4114.4749-0.2149-1.0274-0.20940.49950.2127-0.0483-0.0228-0.3160.00220.9459-0.04480.06840.66050.04350.60218.2819.18754.154
73.7946-0.04993.45830.04450.29582.3720.6627-0.3598-0.31590.1346-0.2644-0.15310.795-0.1844-0.39830.9156-0.156-0.04460.74090.10570.765518.2664.7354.89
81.05870.259-1.11651.6458-0.73184.43050.0853-0.05760.0819-0.0419-0.03380.0363-0.070.1725-0.05150.6848-0.0196-0.07530.1099-0.0140.7755-5.30234.1625.209
97.55345.88447.28835.14174.90711.9826-0.1297-0.4021.11980.1379-0.11470.7438-1.1380.01020.24430.80140.03920.07240.2763-0.02490.9847-9.13851.4446.06
1010.79773.47422.42574.68280.38264.2219-0.4245-0.75890.5191-0.44490.14830.69130.00230.02890.27620.78270.10590.00240.1939-0.01140.80831.02560.19-4.9
116.80262.85522.11465.30681.45667.5570.6965-1.2388-0.56741.2502-0.60310.361.5359-1.2568-0.09341.3635-0.3478-0.00740.7360.03750.827827.66944.26245.059
122.82180.5730.4193.3901-0.89533.54860.0899-0.16120.2657-0.1050.00480.3086-0.1962-0.4045-0.09470.73590.0189-0.00530.2187-0.0440.622632.90365.14625.88
131.6011-0.08281.75350.8549-0.45653.17460.1185-0.0191-0.09280.0181-0.0753-0.06830.22860.01-0.04320.75240.0161-0.00920.1393-0.04280.652647.22251.5413.712
142.9590.52455.1326-0.30813.699918.3890.27390.4493-0.310.08610.2886-0.37010.92511.2412-0.56250.75970.0624-0.00460.1543-0.06790.608248.90948.5483.889
155.15913.96531.419111.9413-2.79183.27390.01250.0123-0.1272-0.0715-0.3402-0.3863-0.02130.58110.32770.80340.0250.0590.68180.08290.589962.02518.79561.936
161.9113-1.26861.27872.6366-5.226811.09030.1732-0.14310.11980.1212-0.3223-0.0436-0.01510.90870.14910.8049-0.0244-0.06830.2888-0.07110.759563.85848.17833.729
171.286-1.1751.36572.3651-0.54880.143-0.0516-0.4569-0.02670.70110.0474-0.1514-0.5610.23190.00420.8506-0.0721-0.0380.53660.02750.723260.84247.76543.97
186.5175-0.90281.17230.95290.06491.2485-0.0136-0.0957-0.0091-0.03540.03250.21120.009-0.0915-0.01880.7152-0.0093-0.0280.0712-0.0210.67324.37554.576-6.7
191.60390.90391.341230.6755-1.7951-0.327-0.09460.2121-0.61070.32010.2426-0.51620.2707-0.0182-0.14790.81610.04510.03490.238-0.0440.797822.70239.854-16.51
205.33833.2901-0.72869.7739-5.01195.4458-0.39770.1216-0.2298-0.62510.36660.19610.3791-0.1620.03110.8280.0353-0.0690.1477-0.11280.67485.48934.694-16.182
213.08532.33312.278-0.4760.78738.6733-0.1178-0.1387-0.40470.23780.2303-0.3888-0.11570.6806-0.11250.8703-0.0736-0.03220.475-0.00850.717549.0914.68751.254
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AC1 - 1151 - 115
2X-RAY DIFFRACTION2AC116 - 265116 - 265
3X-RAY DIFFRACTION3AC266 - 387266 - 387
4X-RAY DIFFRACTION4AC550 - 567550 - 567
5X-RAY DIFFRACTION5AC444 - 503444 - 503
6X-RAY DIFFRACTION6AC388 - 443388 - 443
7X-RAY DIFFRACTION7AC504 - 549504 - 549
8X-RAY DIFFRACTION8AC568 - 741568 - 741
9X-RAY DIFFRACTION9AC742 - 765742 - 765
10X-RAY DIFFRACTION10AC766 - 800766 - 800
11X-RAY DIFFRACTION11BD9 - 1159 - 115
12X-RAY DIFFRACTION12BD116 - 265116 - 265
13X-RAY DIFFRACTION13BD266 - 387266 - 387
14X-RAY DIFFRACTION14BD550 - 567550 - 567
15X-RAY DIFFRACTION15BD444 - 503444 - 503
16X-RAY DIFFRACTION16BD388 - 443388 - 443
17X-RAY DIFFRACTION17BD504 - 549504 - 549
18X-RAY DIFFRACTION18BD568 - 741568 - 741
19X-RAY DIFFRACTION19BD742 - 765742 - 765
20X-RAY DIFFRACTION20BD766 - 800766 - 800
21X-RAY DIFFRACTION21EA1 - 181 - 18
22X-RAY DIFFRACTION21FB14 - 3014 - 30
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 30 Å / Num. reflection Rfree: 1240 / Rfactor Rfree: 0.249 / Rfactor Rwork: 0.215
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.133
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 2.74 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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