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- PDB-1ng0: The three-dimensional structure of Cocksfoot mottle virus at 2.7A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ng0
タイトルThe three-dimensional structure of Cocksfoot mottle virus at 2.7A resolution
要素coat protein
キーワードVIRUS / sobemovirus / virus assembly / Icosahedral virus
機能・相同性
機能・相同性情報


T=3 icosahedral viral capsid / peptidase activity / RNA-directed RNA polymerase activity / structural molecule activity / proteolysis / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Plant viruses icosahedral capsid proteins 'S' region signature. / Icosahedral viral capsid protein, S domain / Viral coat protein (S domain) / Jelly Rolls - #20 / Viral coat protein subunit / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Capsid protein
類似検索 - 構成要素
生物種Cocksfoot mottle virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Tars, K. / Zeltins, A. / Liljas, L.
引用ジャーナル: Virology / 年: 2003
タイトル: The three-dimensional structure of cocksfoot mottle virus at 2.7 A resolution.
著者: Tars, K. / Zeltins, A. / Liljas, L.
履歴
登録2002年12月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年2月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年12月20日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_sheet / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR
Remark 700SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: coat protein
B: coat protein
C: coat protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,6656
ポリマ－82,5453
非ポリマー1203
水4,612256
1
A: coat protein
B: coat protein
C: coat protein
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,959,929360
ポリマ－4,952,715180
非ポリマー7,214180
水3,243180
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: coat protein
B: coat protein
C: coat protein
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 413 kDa, 15 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)413,32730
ポリマ－412,72615
非ポリマー60115
水27015
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: coat protein
B: coat protein
C: coat protein
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 496 kDa, 18 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)495,99336
ポリマ－495,27118
非ポリマー72118
水32418
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
A: coat protein
B: coat protein
C: coat protein
ヘテロ分子
x 60


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 4.96 MDa, 180 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,959,929360
ポリマ－4,952,715180
非ポリマー7,214180
水3,243180
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation59
単位格子
Length a, b, c (Å)291.069, 537.250, 555.158
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
対称性点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
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53generate(-0.75700598, 0.23443275, 0.60990428), (-0.6343879, -0.04012159, -0.77197296), (-0.15650541, -0.97130404, 0.17909359)-7.40617, 310.22836, 275.35983
54generate(-0.94110351, 0.30993926, -0.13513636), (0.30993926, 0.63103686, -0.71114706), (-0.13513636, -0.71114706, -0.68993335)108.26875, 140.56582, 369.57864
55generate(-0.42370703, 0.77906576, -0.46209186), (0.69773055, 0.60603034, 0.38196767), (0.57761962, -0.16057322, -0.8003573)55.89943, -49.44104, 259.13364
56generate(-0.21082594, 0.94338128, 0.25609408), (-0.00523552, 0.26088902, -0.9653546), (-0.9775096, -0.20486258, -0.05006308)-91.97918, 253.90878, 256.45063
57generate(-0.42370703, 0.69773055, 0.57761962), (0.77906576, 0.60603034, -0.16057322), (-0.46209186, 0.38196767, -0.8003573)-91.49916, 28.02336, 252.11505
58generate(-0.782267, 0.49109523, 0.38325424), (0.49109524, 0.10766181, 0.86442721), (0.38325424, 0.86442721, -0.32539481)-7.78353, -37.8028, 52.86179
59generate(-0.79098816, 0.60903831, -0.05839572), (-0.47118163, -0.5454882, 0.69313094), (0.39028913, 0.57577336, 0.71844237)43.47557, 147.39982, -65.94791
60generate(-0.43781817, 0.88856646, -0.13698501), (-0.77793091, -0.45078858, -0.43773641), (-0.45070917, -0.08508408, 0.88860674)-8.5602, 327.68749, 59.87691

-
要素

#1: タンパク質 coat protein


分子量: 27515.082 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cocksfoot mottle virus (ウイルス) / 属: Sobemovirus / 株: Russian isolate / 参照: GenBank: 11557855, UniProt: Q9E958*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 256 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.3
詳細: 0.25 M sodium succinate, 0.5 % PEG 8000, pH 3.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mg/mlprotein1drop
20.25 Msodium succinate1reservoirpH3.3
30.5 %PEG80001reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.95 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年7月14日
放射モノクロメーター: Double crystal, Si(111) or Si(311)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→40 Å / Num. all: 2353839 / Num. obs: 1859533 / % possible obs: 79 % / Observed criterion σ(F): 1.3 / Observed criterion σ(I): 1.3 / Rmerge(I) obs: 0.19
反射 シェル解像度: 2.7→2.82 Å / % possible all: 70
反射
*PLUS
最低解像度: 40 Å / Num. obs: 1653761 / % possible obs: 79 %
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 2.75 Å / % possible obs: 70 % / Num. unique obs: 153029 / Rmerge(I) obs: 0.99 / Mean I/σ(I) obs: 1.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
GLRF位相決定
TFモデル構築
RAVEモデル構築
CNS1精密化
TF位相決定
RAVE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: rice yellow mottle virus (1F2N)

1f2n


解像度: 2.7→40 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rwork0.281 ---
obs0.281 1859533 100 %-
all-1859533 --
Rfree---Due to high non-crystallographic symmetry, R-free for viruses is always very similar to R-observed. Therefore, no reflections were selected for R-free determination.
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4634 0 3 256 4893
精密化
*PLUS
最低解像度: 40 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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