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万見
- PDB-1nfd: AN ALPHA-BETA T CELL RECEPTOR (TCR) HETERODIMER IN COMPLEX WITH A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nfd
タイトルAN ALPHA-BETA T CELL RECEPTOR (TCR) HETERODIMER IN COMPLEX WITH AN ANTI-TCR FAB FRAGMENT DERIVED FROM A MITOGENIC ANTIBODY
要素
  • (H57 FAB) x 2
  • (N15 ALPHA-BETA T-CELL RECEPTOR) x 2
キーワードCOMPLEX (IMMUNORECEPTOR/IMMUNOGLOBULIN) / COMPLEX (IMMUNORECEPTOR-IMMUNOGLOBULIN) / COMPLEX (IMMUNORECEPTOR-IMMUNOGLOBULIN) complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Co-inhibition by PD-1 / Generation of second messenger molecules / Downstream TCR signaling / alpha-beta T cell receptor complex / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / T cell receptor complex / adaptive immune response
類似検索 - 分子機能
T-cell receptor alpha chain, constant domain / Domain of unknown function (DUF1968) / : / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold ...T-cell receptor alpha chain, constant domain / Domain of unknown function (DUF1968) / : / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
T-cell receptor alpha chain constant / T-cell receptor beta-1 chain C region
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換, MAD PHASING / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Wang, J.-H. / Lim, K. / Smolyar, A. / Teng, M.-K. / Sacchittini, J. / Reinherz, E.L.
引用
ジャーナル: EMBO J. / 年: 1998
タイトル: Atomic structure of an alphabeta T cell receptor (TCR) heterodimer in complex with an anti-TCR fab fragment derived from a mitogenic antibody.
著者: Wang, J. / Lim, K. / Smolyar, A. / Teng, M. / Liu, J. / Tse, A.G. / Liu, J. / Hussey, R.E. / Chishti, Y. / Thomson, C.T. / Sweet, R.M. / Nathenson, S.G. / Chang, H.C. / Sacchettini, J.C. / Reinherz, E.L.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1996
タイトル: Crystallization of a Deglycosylated T Cell Receptor (Tcr) Complexed with an Anti-Tcr Fab Fragment
著者: Liu, J. / Tse, A.G. / Chang, H.C. / Liu, J.H. / Wang, J. / Hussey, R.E. / Chishti, Y. / Rheinhold, B. / Spoerl, R. / Nathenson, S.G. / Sacchettini, J.C. / Reinherz, E.L.
履歴
登録1997年8月4日処理サイト: BNL
改定 1.01998年1月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年7月5日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _struct_asym.entity_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年8月9日Group: Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年12月25日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_validate_close_contact / struct_conn

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: N15 ALPHA-BETA T-CELL RECEPTOR
B: N15 ALPHA-BETA T-CELL RECEPTOR
C: N15 ALPHA-BETA T-CELL RECEPTOR
D: N15 ALPHA-BETA T-CELL RECEPTOR
E: H57 FAB
F: H57 FAB
G: H57 FAB
H: H57 FAB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)197,63822
ポリマ－194,5418
非ポリマー3,09714
水00
1
C: N15 ALPHA-BETA T-CELL RECEPTOR
D: N15 ALPHA-BETA T-CELL RECEPTOR
G: H57 FAB
H: H57 FAB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,81911
ポリマ－97,2714
非ポリマー1,5487
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
A: N15 ALPHA-BETA T-CELL RECEPTOR
B: N15 ALPHA-BETA T-CELL RECEPTOR
E: H57 FAB
F: H57 FAB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,81911
ポリマ－97,2714
非ポリマー1,5487
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
A: N15 ALPHA-BETA T-CELL RECEPTOR
B: N15 ALPHA-BETA T-CELL RECEPTOR
ヘテロ分子

E: H57 FAB
F: H57 FAB

C: N15 ALPHA-BETA T-CELL RECEPTOR
D: N15 ALPHA-BETA T-CELL RECEPTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,28920
ポリマ－147,1926
非ポリマー3,09714
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
crystal symmetry operation2_546-x,y-1/2,-z+11
Buried area24260 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area81950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.740, 122.300, 115.840
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.95, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.923569, -0.383429, 0.001392), (-0.382049, 0.920543, 0.081477), (-0.032522, 0.074718, -0.996674)47.4757, 4.4272, 117.9216
2given(-0.931432, -0.363879, 0.005052), (-0.357016, 0.91638, 0.181073), (-0.070518, 0.166854, -0.983456)45.17395, -1.53481, 107.36128
3given(-0.914571, -0.403693, -0.024328), (-0.403989, 0.909131, 0.101363), (-0.018802, 0.102532, -0.994552)50.45118, 4.7913, 114.72173
4given(-0.918457, -0.394715, -0.025235), (-0.393772, 0.906539, 0.152087), (-0.037155, 0.149622, -0.988045)49.80048, 0.99606, 109.58141
5given(-0.77875, -0.61828, -0.106195), (-0.619703, 0.731854, 0.283473), (-0.097546, 0.286564, -0.953082)70.68728, 4.57725, 97.536
6given(-0.742508, -0.655816, -0.136335), (-0.664198, 0.694491, 0.276628), (-0.086734, 0.295952, -0.951257)74.42132, 10.43213, 95.96081
7given(-0.767263, -0.628236, -0.128943), (-0.635315, 0.717069, 0.286682), (-0.087643, 0.30188, -0.949309)73.15421, 5.50508, 96.33139
8given(-0.750416, -0.649633, -0.121871), (-0.650863, 0.694162, 0.307436), (-0.115123, 0.310026, -0.943732)73.12054, 6.12949, 95.89676

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要素

#1: タンパク質 N15 ALPHA-BETA T-CELL RECEPTOR


分子量: 22611.205 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 解説: CODON IN / 遺伝子: N15 T-CELL RECEPTOR / プラスミド: PEE14-GS / 細胞株 (発現宿主): CH0 LEC 3.2.8.1
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P01849*PLUS
#2: タンパク質 N15 ALPHA-BETA T-CELL RECEPTOR


分子量: 27310.598 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 解説: CODON IN / 遺伝子: N15 T-CELL RECEPTOR / プラスミド: PEE14-GS / 細胞株 (発現宿主): CH0 LEC 3.2.8.1
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P01852
#3: 抗体 H57 FAB


分子量: 23045.672 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 解説: CODON IN / 遺伝子: N15 T-CELL RECEPTOR / プラスミド: PEE14-GS / 細胞株 (発現宿主): CH0 LEC 3.2.8.1
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#4: 抗体 H57 FAB


分子量: 24303.168 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 解説: CODON IN / 遺伝子: N15 T-CELL RECEPTOR / プラスミド: PEE14-GS / 細胞株 (発現宿主): CH0 LEC 3.2.8.1
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化pH: 5.5 / 詳細: 8-10% PEG8000, 0.2 M KCL, 0.1 M 2 ACETATE, PH5.5
結晶化
*PLUS
手法: unknown / 詳細: Liu, J., (1996) J.Biol.Chem., 271, 33639.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
18-10 %PEG800011
20.2 M11KCl
30.1 Macetate11

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 1.086
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年1月26日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.086 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→15 Å / Num. obs: 37321 / % possible obs: 76.6 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.263 / Rsym value: 0.263 / % possible all: 51.1
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 51.1 % / 冗長度: 1.3 %

-
解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換, MAD PHASING
開始モデル: PDB ENTRY 1TCR FOR TCR AND A PARTIALLY REFINED FAB FROM SACCHETTINI GROUP

1tcr


解像度: 2.8→15 Å / σ(F): 2
詳細: SOLVENT CORRECTION APPLIED. ANISOTROPIC B-FACTOR CORRECTION APPLIED TO FO.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.309 3584 10 %
Rwork0.243 --
obs0.243 35885 73.5 %
原子変位パラメータBiso mean: 26.59 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.38 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13688 0 196 0 13884
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2.5
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.369 260 10 %
Rwork0.309 2659 -
obs--48.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM3_MOD.CHOTOPH3.CHO
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.85 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_improper_angle_deg / Dev ideal: 0.7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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