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- PDB-1ned: CRYSTAL STRUCTURE OF HSLV (CLPQ) AT 3.8 ANGSTROMS RESOLUTION -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ned
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF HSLV (CLPQ) AT 3.8 ANGSTROMS RESOLUTION
要素HSLV
キーワードHYDROLASE / HSLV / CLPQ / HSLVU / CLPQY / ATP-DEPENDENT PROTEASE / PROTEASOME
機能・相同性
機能・相同性情報


protein denaturation / HslU-HslV peptidase / HslUV protease complex / proteasome core complex / threonine-type endopeptidase activity / : / cellular response to heat / response to heat / protein domain specific binding / magnesium ion binding ...protein denaturation / HslU-HslV peptidase / HslUV protease complex / proteasome core complex / threonine-type endopeptidase activity / : / cellular response to heat / response to heat / protein domain specific binding / magnesium ion binding / proteolysis / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
ATP-dependent protease, HslV subunit / Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain / Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1 / Proteasome B-type subunit / Proteasome beta-type subunit profile. / Proteasome subunit / Proteasome, subunit alpha/beta / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP-dependent protease subunit HslV
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Bochtler, M. / Ditzel, L. / Groll, M. / Huber, R.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1997
タイトル: Crystal structure of heat shock locus V (HslV) from Escherichia coli.
著者: Bochtler, M. / Ditzel, L. / Groll, M. / Huber, R.
履歴
登録1997年4月4日処理サイト: BNL
改定 1.01998年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HSLV
B: HSLV
C: HSLV


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,2753
ポリマ－60,2753
非ポリマー00
水00
1
A: HSLV
B: HSLV
C: HSLV

A: HSLV
B: HSLV
C: HSLV

A: HSLV
B: HSLV
C: HSLV

A: HSLV
B: HSLV
C: HSLV


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)241,10212
ポリマ－241,10212
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)108.400, 108.400, 103.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212

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要素

#1: タンパク質 HSLV


分子量: 20091.811 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: XL-1 BLUE / 細胞内の位置: CYTOPLASM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7B8, EC: 3.4.99.-

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 %
結晶化pH: 7.5
詳細: 100MM HEPES/NAOH PH 7.5 200MM SODIUM ACETATE 0.02 % SODIUM AZIDE 9-14% ETHANOL
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
1100 mMHEPES-NaOH1reservoirpH7.5
2200 mMsodium acetate1reservoir
30.02 %1reservoirNaN3
49-14 %ethanol1reservoir
510 mg/mlprotain1drop
620 mMTris-HCl1drop
7300 mM1dropNaCl
81 mMEDTA1drop
91 mM1dropNaN3

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年12月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.8→15 Å / Num. obs: 6404 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.7 % / Rsym value: 0.073
反射 シェル解像度: 3.8→3.93 Å / 冗長度: 6.2 % / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Rsym value: 0.205 / % possible all: 99.4
反射
*PLUS
Num. measured all: 36796 / Rmerge(I) obs: 0.073

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CCP4モデル構築
FRODOモデル構築
X-PLOR3.842精密化
MOSFLMV. 5.3データ削減
CCP4(AGROVATAデータスケーリング
ROTAVATAデータスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 3.8→15 Å / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.315 -2 %
Rwork0.256 --
obs0.256 6035 99.4 %
原子変位パラメータBiso mean: 51.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.8→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4055 0 0 0 4055
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d24.9
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it5.9
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Refine LS restraints NCSRms dev Biso : 3.5 Å2 / Rms dev position: 0.06 Å
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.842 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg24.9
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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