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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ne5 | ||||||
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タイトル | Solution Structure of HERG Specific Scorpion Toxin CnErg1 | ||||||
要素 | ergtoxin | ||||||
キーワード | TOXIN / alpha-helix / triple-stranded beta-sheet | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics, distance geometry, torsion angle dynamics | ||||||
データ登録者 | Torres, A.M. / Paramjit, B. / Alewood, P. / Kuchel, P.W. / Vandenberg, J.I. | ||||||
引用 | ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2003 タイトル: Solution structure of CnErg1 (Ergtoxin), a HERG specific scorpion toxin 著者: Torres, A.M. / Bansal, P. / Alewood, P.F. / Bursill, J.A. / Kuchel, P.W. / Vandenberg, J.I. #1: ジャーナル: FASEB J. / 年: 1999 タイトル: A toxin to nervous, cardiac, and endocrine ERG K+ channels isolated from Centruroides noxius scorpion venom. 著者: Gurrola, G.B. / Rosati, B. / Rocchetti, M. / Pimienta, G. / Zaza, A. / Arcangeli, A. / Olivotto, M. / Possani, L.D. / Wanke, E. #2: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2000 タイトル: Disulfide bridges of ergtoxin, a member of a new sub-family of peptide blockers of the ether-a-go-go-related K+ channel 著者: Scaloni, A. / Bottiglieri, C. / Ferrara, L. / Corona, M. / Gurrola, G.B. / Batista, C. / Wanke, E. / Possani, L.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ne5.cif.gz | 238.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ne5.ent.gz | 207.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ne5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1ne5_validation.pdf.gz | 338.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1ne5_full_validation.pdf.gz | 462.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1ne5_validation.xml.gz | 13.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1ne5_validation.cif.gz | 21.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ne/1ne5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ne/1ne5 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4746.415 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: This sequence occurs naturally in Centruroides noxius 参照: UniProt: Q86QT3 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR |
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NMR実験 | タイプ: 2D NOESY |
NMR実験の詳細 | Text: This structure were determined using standard 2D homonuclear techniques. |
-試料調製
詳細 | 内容: 1.7mM CnErg1 / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料状態 | イオン強度: no salt added / pH: 3.2 / 圧: ambient / 温度: 298 K |
結晶化 | *PLUS 手法: other / 詳細: NMR |
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M |
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放射波長 | 相対比: 1 |
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz |
-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing, molecular dynamics, distance geometry, torsion angle dynamics ソフトェア番号: 1 詳細: The structures are based on a total of 578 restraints, 535 are NOE-derived distance restraints, 11 dihedral angle restraints, 32 distance restraints from hydrogen bonds. | ||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: closest to the average | ||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 4000 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |