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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ndo | ||||||
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タイトル | NAPHTHALENE 1,2-DIOXYGENASE | ||||||
![]() | (NAPHTHALENE 1,2-DIOXYGENASE) x 2 | ||||||
![]() | NON-HEME IRON DIOXYGENASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() naphthalene 1,2-dioxygenase / naphthalene 1,2-dioxygenase activity / 3-phenylpropionate catabolic process / : / dioxygenase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / iron ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ramaswamy, S. / Kauppi, B. / Carredano, E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of an aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase-naphthalene 1,2-dioxygenase. 著者: Kauppi, B. / Lee, K. / Carredano, E. / Parales, R.E. / Gibson, D.T. / Eklund, H. / Ramaswamy, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 403 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 327.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 478.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 517.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 80.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 114.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 49664.355 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: CHAIN A,C,E AND B,D,F ARE THE LARGE AND THE SMALL SUBUNITS RESPECTIVELY 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 22969.088 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: CHAIN A,C,E AND B,D,F ARE THE LARGE AND THE SMALL SUBUNITS RESPECTIVELY 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 59 % / 解説: INITIAL PHASES WERE FROM A R32 CRYSTAL FORM | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6 / 詳細: pH 6.0 | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年11月1日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.99 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.25→30 Å / Num. obs: 117067 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 29.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 14.66 |
反射 シェル | 解像度: 2.25→2.29 Å / 冗長度: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Rsym value: 0.386 / % possible all: 96.9 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / % possible obs: 96 % / Rmerge(I) obs: 0.091 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 97 % / Num. unique obs: 5920 / Rmerge(I) obs: 0.386 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() ![]() 解像度: 2.25→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
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原子変位パラメータ | Biso mean: 34.9 Å2
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Refine analyze | Luzzati d res low obs: 30 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.25→30 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / Num. reflection obs: 110479 / Rfactor obs: 0.194 / Rfactor Rfree: 0.238 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |