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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ndn | ||||||
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タイトル | MOLECULAR STRUCTURE OF NICKED DNA. MODEL T4 | ||||||
要素 |
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キーワード | DNA / B-DNA / DOUBLE HELIX / NICKED | ||||||
機能・相同性 | DNA / DNA (> 10) 機能・相同性情報 | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Aymani, J. / Coll, M. / Van Der Marel, G.A. / Van Boom, J.H. / Wang, A.H.-J. / Rich, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1990 タイトル: Molecular structure of nicked DNA: a substrate for DNA repair enzymes. 著者: Aymami, J. / Coll, M. / van der Marel, G.A. / van Boom, J.H. / Wang, A.H. / Rich, A. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1989 タイトル: Molecular Structure of the Netropsin-d(CGCGATATCGCG) Complex. DNA Conformation in an Alternating AT Segment 著者: Coll, M. / Aymami, J. / Van Der Marel, G.A. / Van Boom, J.H. / Rich, A. / Wang, A.H.-J. #2: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1987 タイトル: A Bifurcated Hydrogen-Bonded Conformation in the d(*A(dot)*T) Base Pairs of the DNA Dodecamer d(CGCAAATTTGCG) and Its Complex With Distamycin 著者: Coll, M. / Frederick, C.A. / Wang, A.H.-J. / Rich, A. #3: ジャーナル: Nature / 年: 1980 タイトル: Crystal Structure Analysis of a Complete Turn of B-DNA 著者: Wing, R. / Drew, H. / Takano, T. / Broka, C. / Tanaka, S. / Itakura, K. / Dickerson, R.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ndn.cif.gz | 23.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ndn.ent.gz | 13.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ndn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1ndn_validation.pdf.gz | 324.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1ndn_full_validation.pdf.gz | 348.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1ndn_validation.xml.gz | 4.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1ndn_validation.cif.gz | 6.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nd/1ndn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nd/1ndn | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3681.420 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 1800.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
#3: DNA鎖 | 分子量: 1800.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.01 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5 / 詳細: pH 5.00, VAPOR DIFFUSION, temperature 277.00K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 5 / 手法: unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 |
検出器 | タイプ: RIGAKU AFC-5R / 検出器: DIFFRACTOMETER |
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 3 Å / Num. obs: 553 / Observed criterion σ(F): 2 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 3 Å / Observed criterion σ(F): 2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 最高解像度: 3 Å / σ(F): 2 /
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Refine Biso |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 3 Å
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