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万見
- PDB-1ndd: STRUCTURE OF NEDD8 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ndd
タイトルSTRUCTURE OF NEDD8
要素PROTEIN (UBIQUITIN-LIKE PROTEIN NEDD8)
キーワードSIGNALING PROTEIN / NEDD8 / NEDD-8 / UBIQUITIN-LIKE / PROTEOLYSIS
機能・相同性
機能・相同性情報


protein neddylation / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / regulation of proteolysis / regulation of postsynapse assembly / anatomical structure morphogenesis / Iron uptake and transport / modification-dependent protein catabolic process / protein modification process / protein tag activity / UCH proteinases ...protein neddylation / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / regulation of proteolysis / regulation of postsynapse assembly / anatomical structure morphogenesis / Iron uptake and transport / modification-dependent protein catabolic process / protein modification process / protein tag activity / UCH proteinases / intracellular protein localization / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Neddylation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / postsynapse / ubiquitin protein ligase binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / glutamatergic synapse / proteolysis / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nedd8-like ubiquitin / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / : / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. ...Nedd8-like ubiquitin / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / : / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin-like protein NEDD8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Whitby, F.G. / Xia, G. / Pickart, C.M. / Hill, C.P.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1998
タイトル: Crystal structure of the human ubiquitin-like protein NEDD8 and interactions with ubiquitin pathway enzymes.
著者: Whitby, F.G. / Xia, G. / Pickart, C.M. / Hill, C.P.
履歴
登録1998年8月21日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (UBIQUITIN-LIKE PROTEIN NEDD8)
B: PROTEIN (UBIQUITIN-LIKE PROTEIN NEDD8)
C: PROTEIN (UBIQUITIN-LIKE PROTEIN NEDD8)
D: PROTEIN (UBIQUITIN-LIKE PROTEIN NEDD8)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,75110
ポリマ－34,2964
非ポリマー4556
水3,477193
1
A: PROTEIN (UBIQUITIN-LIKE PROTEIN NEDD8)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,6092
ポリマ－8,5741
非ポリマー351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: PROTEIN (UBIQUITIN-LIKE PROTEIN NEDD8)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,6092
ポリマ－8,5741
非ポリマー351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: PROTEIN (UBIQUITIN-LIKE PROTEIN NEDD8)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,8624
ポリマ－8,5741
非ポリマー2883
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: PROTEIN (UBIQUITIN-LIKE PROTEIN NEDD8)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,6702
ポリマ－8,5741
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5990 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area13410 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)45.804, 64.972, 48.573
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.66, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
PROTEIN (UBIQUITIN-LIKE PROTEIN NEDD8) / NEDD8


分子量: 8573.978 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: HUMAN NEDD8 UBIQUITIN-LIKE PROTEIN MONOMER WITH 4 MOLECULES IN THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: EXPRESSED IN E.COLI / プラスミド: PET3A-NEDD8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)PLYSS / 参照: UniProt: Q15843
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 193 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41 %
結晶化pH: 4.8 / 詳細: pH 4.8
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 41 %
結晶化
*PLUS
温度: 21 ℃ / pH: 7.6 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mg/mlprotein1drop
240 mMTris1drop
350 mM1dropNaCl
40.4 mMEDTA1drop
50.2 mMdithiothreitol1drop
6100 mMcitric acid1reservoir
72.2 Mammonium sulfate1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MACSCIENCE / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→20 Å / Num. obs: 36579 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 21.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 20
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.452 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Rsym value: 0.452 / % possible all: 93.7
反射
*PLUS
Num. measured all: 232354
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 93.7 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
X-PLOR3.843精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1UBQ

1ubq


解像度: 1.6→100 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3 1109 3 %RANDOM
Rwork0.219 ---
obs0.219 36560 97.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 23.2 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.27 Å0.23 Å
Luzzati sigma a0.22 Å0.26 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→100 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2349 0 22 193 2564
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d25.3
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.15
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.67 Å / Rfactor Rfree error: 0.036 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.46 163 3.7 %
Rwork0.428 4243 -
obs--94.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAMETER.ELEMENTSTOPOLOGY.ELEMENTS
X-RAY DIFFRACTION3SO4.PARSO4.TOP
X-RAY DIFFRACTION4PARAM19.IONTOPH19.ION
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.843 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 100 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 3 % / Rfactor Rfree: 0.3
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 23.2 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg25.3
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.15
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.46 / % reflection Rfree: 3.7 % / Rfactor Rwork: 0.428

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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