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- PDB-1ncs: NMR STUDY OF SWI5 ZINC FINGER DOMAIN 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ncs
タイトルNMR STUDY OF SWI5 ZINC FINGER DOMAIN 1
要素TRANSCRIPTIONAL FACTOR SWI5
キーワードTRANSCRIPTION REGULATION / DNA BINDING MOTIF / ZINC-FINGER
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of mating type switching / mediator complex binding / exit from mitosis / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / G1/S transition of mitotic cell cycle / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II ...positive regulation of mating type switching / mediator complex binding / exit from mitosis / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / G1/S transition of mitotic cell cycle / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Classic Zinc Finger / Zinc finger, C2H2 type / Double Stranded RNA Binding Domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcriptional factor SWI5
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法溶液NMR
データ登録者Dutnall, R.N. / Neuhaus, D. / Rhodes, D.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 1996
タイトル: The solution structure of the first zinc finger domain of SWI5: a novel structural extension to a common fold.
著者: Dutnall, R.N. / Neuhaus, D. / Rhodes, D.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992
タイトル: Adjacent Zinc-Finger Motifs in Multiple Zinc-Finger Peptides from Swi5 Form Structurally Independent, Flexibly Linked Domains
著者: Nakaseko, Y. / Neuhaus, D. / Klug, A. / Rhodes, D.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992
タイトル: Solution Structures of Two Zinc-Finger Domains from Swi5 Obtained Using Two-Dimensional 1H Nuclear Magnetic Resonance Spectroscopy. A Zinc-Finger Structure with a Third Strand of Beta-Sheet
著者: Neuhaus, D. / Nakaseko, Y. / Schwabe, J.W. / Klug, A.
履歴
登録1996年2月26日処理サイト: BNL
改定 1.01996年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRANSCRIPTIONAL FACTOR SWI5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,7352
ポリマ－5,6701
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)46 / -
代表モデル

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要素

#1: タンパク質・ペプチド TRANSCRIPTIONAL FACTOR SWI5 / PEPTIDE M30F


分子量: 5669.563 Da / 分子数: 1 / 断片: ZINC FINGER DNA BINDING DOMAIN 1 OF SWI5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
解説: T7 POLYMERASE EXPRESSION SYSTEM / 遺伝子: T7 / プラスミド: PET13A / 遺伝子 (発現宿主): T7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P08153
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
構成要素の詳細OTHER_DETAILS: THIS ENTRY REPRESENTS THE STRUCTURE OF THE FIRST ZINC FINGER DOMAIN OF SWI5, WHICH ...OTHER_DETAILS: THIS ENTRY REPRESENTS THE STRUCTURE OF THE FIRST ZINC FINGER DOMAIN OF SWI5, WHICH CONSISTS OF THE FIRST ZINC FINGER MOTIF PLUS AN ADDITIONAL 15 RESIDUES N-TERMINAL TO THE MOTIF.

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR

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試料調製

結晶化
*PLUS
手法: other

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
X-PLOR3.1位相決定
NMR software名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 開発者: BRUNGER / 分類: 精密化
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 46

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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