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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1nb7 | ||||||
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タイトル | HC-J4 RNA polymerase complexed with short RNA template strand | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE/RNA / Hepatitis C Virus / replication / RNA polymerase / de-novo priming / function analysis / HCV / NS5B / RDRP / TRANSFERASE-RNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 hepacivirin / host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / transformation of host cell by virus / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / SH3 domain binding / channel activity ...hepacivirin / host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / transformation of host cell by virus / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / SH3 domain binding / channel activity / nucleoside-triphosphate phosphatase / monoatomic ion transmembrane transport / viral nucleocapsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / molecular adaptor activity / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / induction by virus of host autophagy / ribonucleoprotein complex / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell nucleus / virion attachment to host cell / apoptotic process / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Hepatitis C virus (ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
データ登録者 | O'Farrell, D.J. / Trowbridge, R. / Rowlands, D.J. / Jaeger, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003 タイトル: Substrate complexes of hepatitis C virus RNA polymerase (HC-J4): structural evidence for nucleotide import and de-novo initiation. 著者: O'Farrell, D. / Trowbridge, R. / Rowlands, D. / Jager, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1nb7.cif.gz | 206.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1nb7.ent.gz | 167.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1nb7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1nb7_validation.pdf.gz | 406.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1nb7_full_validation.pdf.gz | 465.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1nb7_validation.xml.gz | 30.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1nb7_validation.cif.gz | 46.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nb/1nb7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nb/1nb7 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 1179.706 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: タンパク質 | 分子量: 63456.742 Da / 分子数: 2 / Fragment: RNA dependent RNA polymerase (residues 2420-2989) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hepatitis C virus (ウイルス) / 属: Hepacivirus / プラスミド: PET23A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 参照: UniProt: Q02828, UniProt: O92972*PLUS, RNA-directed RNA polymerase #3: 化合物 | ChemComp-MN / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.25 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5 詳細: PEG 4000, MES, Glycerol, DTT , pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | 名称: MES | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 18 ℃ / 手法: batch method | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年9月21日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.87 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→25 Å / Num. obs: 33632 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8 % / Rsym value: 0.135 / Net I/σ(I): 4.5 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.135 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.9→22 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.99 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→22 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 25 Å / % reflection Rfree: 10 % | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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