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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1nb2 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Nucleoside Diphosphate Kinase from Bacillus Halodenitrificans | ||||||
![]() | Nucleoside Diphosphate Kinase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Nucleoside Diphosphate Kinase / Bacillus Halodenitrifians | ||||||
機能・相同性 | ![]() nucleoside-diphosphate kinase / CTP biosynthetic process / UTP biosynthetic process / GTP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chen, C.-J. / Liu, M.-Y. / Chang, W.-C. / Chang, T. / Wang, B.-C. / Le Gall, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of a nucleoside diphosphate kinase from Bacillus halodenitrificans: coexpression of its activity with a Mn-superoxide dismutase. 著者: Chen, C.-J. / Liu, M.-Y. / Chang, T. / Chang, W.-C. / Wang, B.-C. / Le Gall, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 37.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 26.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 363.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 368.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 7.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
| x 6||||||||
単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a hexamer generated from the monomer in the asymmetric unit by the crystallographic operations. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14883.729 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: Q7SIA9, nucleoside-diphosphate kinase |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.39 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: Sodium Formate, MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 18 ℃ / pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年11月14日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.116 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→20 Å / Num. all: 24296 / Num. obs: 21145 / % possible obs: 87.03 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7 % / Rsym value: 0.056 / Net I/σ(I): 16.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 1.6 % / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 813 / Rsym value: 0.26 / % possible all: 64 |
反射 | *PLUS % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 7.03 % / Rmerge(I) obs: 0.062 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 64 % / Mean I/σ(I) obs: 3.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→15 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 25 Å / Rfactor Rfree: 0.252 / Rfactor Rwork: 0.211 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |