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万見
- PDB-1nab: The crystal structure of the complex between a disaccharide anthr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nab
タイトルThe crystal structure of the complex between a disaccharide anthracycline and the DNA hexamer d(CGATCG) reveals two different binding sites involving two DNA duplexes
要素5'-D(*CP*GP*AP*TP*CP*G)-3'
キーワードDNA / right handed dna / double helix / complexed with drug
機能・相同性Chem-44D / DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Temperini, C. / Messori, L. / Orioli, P. / Di Bugno, C. / Animati, F. / Ughetto, G.
引用
ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2003
タイトル: The crystal structure of the complex between a disaccharide anthracycline and the DNA hexamer d(CGATCG) reveals two different binding sites involving two DNA duplexes
著者: Temperini, C. / Messori, L. / Orioli, P. / Di Bugno, C. / Animati, F. / Ughetto, G.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1990
タイトル: Structural comparison of anticancer drug-dna complexes: adriamycin and daunomycin
著者: Frederick, C.A. / Williams, L.D. / Ughetto, G. / van der Marel, G.A. / van Boom, J.H. / Rich, A. / Wang, A.H.
履歴
登録2002年11月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年2月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32012年2月8日Group: Derived calculations
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*CP*GP*AP*TP*CP*G)-3'
B: 5'-D(*CP*GP*AP*TP*CP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,9064
ポリマ－3,6182
非ポリマー1,2872
水63135
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)37.813, 37.813, 63.020
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*CP*GP*AP*TP*CP*G)-3'


分子量: 1809.217 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: automatic synthesis
#2: 化合物 ChemComp-44D / 7-[5-(4-AMINO-5-HYDROXY-6-METHYL-TETRAHYDRO-PYRAN-2-YLOXY)-4-HYDROXY-6-METHYL-TETRAHYDRO-PYRAN-2-YLOXY]-6,9,11-TRIHYDROXY-9-(2-HYDROXY-ACETYL)-7,8,9,10-TETRAHYDRO-NAPHTHACENE-5,12-DIONE / 4'-(O-ALPHA-L-DAUNOSAMINYL)-4-DEMETHOXYDOXORUBICIN / サバルビシン


分子量: 643.635 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H37NO13
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.49 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: magnesium chloride, cacodylate, spermine hydrochloride, MPD, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1magnesium chloride11
2cacodylate11
3spermine hydrochloride11
4MPD11
5magnesium chloride12
6MPD12
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
140 mMsodium cacodylate1droppH6.5
20.9 mMDNA1drop
34.2 mM1dropMgCl2
48.3 mMspermine hydrocloride1drop
52 mMMEN 107551drop
760 %MPD1reservoir
61drop20%(by vol)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1.03 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年3月27日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 Channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→18.9 Å / Num. all: 28812 / Num. obs: 28737 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 10.9 % / Biso Wilson estimate: 41.56 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.118 / Net I/σ(I): 5.4
反射 シェル解像度: 2.1→2.17 Å / Rmerge(I) obs: 0.0874 / % possible all: 75.6
反射
*PLUS
最低解像度: 8 Å / Num. obs: 2621
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.15 Å / % possible obs: 75.6 % / Rmerge(I) obs: 0.531 / Mean I/σ(I) obs: 1.37

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
NUCLSQ精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.15→8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Hendrickson, W.A.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.233 216 -random
Rwork0.224 ---
all0.266 2621 --
obs0.226 2321 69.7 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 240 92 35 367
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.13
LS精密化 シェル解像度: 2→2.2 Å /
Rfactor%反射
Rwork0.455 -
obs-3.7 %
精密化
*PLUS
最低解像度: 8 Å / % reflection Rfree: 10 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.15 Å / 最低解像度: 2.17 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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