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万見
- PDB-1r68: Role of the amino sugar in DNA binding of disaccharide anthracycl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1r68
タイトルRole of the amino sugar in DNA binding of disaccharide anthracyclines: crystal structure of MAR70/d(CGATCG) complex
要素5'-D(*CP*GP*AP*TP*CP*G)-3'
キーワードDNA / right handed DNA / double helix / drug-DNA complex
機能・相同性4'-EPI-4'-(2-DEOXYFUCOSE)DAUNOMYCIN / DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Temperini, C. / Cirilli, M. / Aschi, M. / Ughetto, G.
引用
ジャーナル: BIOORG.MED.CHEM. / 年: 2005
タイトル: Role of the amino sugar in DNA binding of disaccharide anthracyclines: crystal structure of the complex MAR70/d(CGATCG).
著者: Temperini, C. / Cirilli, M. / Aschi, M. / Ughetto, G.
#1: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2003
タイトル: The crystal structure of the complex between a disaccharide anthracycline and the DNA hexamer d(CGATCG) reveals two different binding sites involving two DNA duplexes
著者: Temperini, C. / Messori, L. / Orioli, P. / Di Bugno, C. / Animati, F. / Ughetto, G.
履歴
登録2003年10月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*CP*GP*AP*TP*CP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,4672
ポリマ－1,8091
非ポリマー6581
水37821
1
A: 5'-D(*CP*GP*AP*TP*CP*G)-3'
ヘテロ分子

A: 5'-D(*CP*GP*AP*TP*CP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,9344
ポリマ－3,6182
非ポリマー1,3152
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)28.190, 28.190, 53.250
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*CP*GP*AP*TP*CP*G)-3'


分子量: 1809.217 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物 ChemComp-MAR / 4'-EPI-4'-(2-DEOXYFUCOSE)DAUNOMYCIN / MAR70 / DAUNOMYCIN DERIVATIVE / MAR-70


分子量: 657.662 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H39NO13
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.93 %
結晶化温度: 298 K / pH: 6
詳細: Magnesium chloride, cacodylate, spermine, MPD, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K, pH 6.00
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1Magnesium chloride11
2cacodylate11
3spermine11
4MPD11
5H2O11
6Magnesium chloride12
7cacodylate12
8spermine12
9MPD12
10H2O12

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54
検出器タイプ: RIGAKU AFC-5R / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 2003年2月15日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→15 Å / Num. obs: 6369 / % possible obs: 97.8 % / Biso Wilson estimate: 15.34 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Net I/σ(I): 4.3
反射 シェル解像度: 1.2→1.3 Å / % possible all: 87

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解析

ソフトウェア
名称分類
TEXANデータ収集
TEXANデータ削減
AMoRE位相決定
SHELXL-97精密化
TEXSANデータ削減
TEXSANデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.2→10 Å / σ(F): 4 /
%反射Selection details
obs97.8 %-
Rfree-RANDOM
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 120 47 21 188
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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