PDB-1na3: Design of Stable alpha-Helical Arrays from an Idealized TPR Motif

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1na3

タイトル

Design of Stable alpha-Helical Arrays from an Idealized TPR Motif

要素

designed protein CTPR2

キーワード

DE NOVO PROTEIN / design / TPR

機能・相同性

Tetratricopeptide repeat domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha / 1-methylethyl 1-thio-beta-D-galactopyranoside

機能・相同性情報

生物種

unidentified (未定義)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Main, E. / Xiong, Y. / Cocco, M. / D'Andrea, L. / Regan, L.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2003
タイトル: Design of Stable alpha-Helical Arrays from an Idealized TPR Motif
著者: Main, E. / Xiong, Y. / Cocco, M. / D'Andrea, L. / Regan, L.

履歴

登録	2002年11月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年6月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月28日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description ..._chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.4	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1na3.cif.gz	48.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1na3.ent.gz	36.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1na3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1na3_validation.pdf.gz	400.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1na3_full_validation.pdf.gz	401.5 KB	表示
XML形式データ	1na3_validation.xml.gz	5.1 KB	表示
CIF形式データ	1na3_validation.cif.gz	7.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/na/1na3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/na/1na3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1na0C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5d6v-d 1fw4-d 4znn-1 1bj6-d 2ugi-2 1ugi-8 1kdu-d 6prj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: designed protein CTPR2

B: designed protein CTPR2

ヘテロ分子

21.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: designed protein CTPR2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
10.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: designed protein CTPR2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
10.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.986, 54.941, 66.938
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Cell setting	orthorhombic
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質

designed protein CTPR2

分子量: 10351.989 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) unidentified (未定義) / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)

#2: 化合物

ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム

分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM

#3: 糖

ChemComp-IPT / 1-methylethyl 1-thio-beta-D-galactopyranoside / ISOPROPYL-1-BETA-D-THIOGALACTOSIDE / 1-(ISOPROPYLTHIO)-BETA-GALACTOPYRANSIDE / 1-methylethyl 1-thio-beta-D-galactoside / 1-methylethyl 1-thio-D-galactoside / 1-methylethyl 1-thio-galactoside / IPTG

タイプ: D-saccharide / 分子量: 238.301 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₈O₅S

#4: 化合物

ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン

分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.41 %

結晶化

温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: Tris, PEG 4000, MgCl2, IPTG, NaCl, pH 8., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 277K

結晶化

*PLUS

温度: 4 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細	化学式
1	25 mg/ml	protein	1	drop
2	10 mM	Tris	1	drop	pH7.5
3	50 mM		1	drop		NaCl
4	100 mM	Tris	1	reservoir	pH8.
5	40 %	PEG4000	1	reservoir
6	0.1 M		1	reservoir		MgCl2
7	10 %	IPTG	1	reservoir

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→34.7 Å / Num. obs: 22285 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 0.042 / R_sym value: 0.042 / Net I/σ(I): 43.3
反射シェル	解像度: 1.55→1.61 Å / R_merge(I) obs: 0.86 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / R_sym value: 0.86 / % possible all: 100
反射シェル	PLUS % possible obs*: 100 %

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定
REFMAC	5.1.24	精密化
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.55→34.71 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.954 / SU B: 1.919 / SU ML: 0.069 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.088 / ESU R Free: 0.087 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20731	2396	9.7 %	RANDOM
R_work	0.17815	-	-	-
obs	0.18102	22285	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.877 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.58 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.31 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.89 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→34.71 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1402	0	30	90	1522

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.021	1462
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1134
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.511	1.955	1980
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.881	3	2683
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.712	5	170
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.122	0.2	184
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	1704
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	282
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.229	0.2	334
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.238	0.2	1227
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.089	0.2	737
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.195	0.2	58
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.171	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.28	0.2	44
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.095	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.903	1.5	854
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.7	2	1326
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.055	3	608
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.872	4.5	654
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.55→1.634 Å / Total num. of bins used: 10 /

	R_factor	反射数
R_free	0.272	333
R_work	0.236	3182

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6308	1.2992	-0.036	4.6323	0.0255	3.766	0.0583	0.0244	-0.0652	-0.0526	-0.0353	0.042	0.1496	-0.0273	-0.023	0.0742	-0.0004	-0.0139	0.0463	0.0015	0.0273	20.472	21.732	0.41
2	1.1791	-0.8104	0.0804	7.6005	-0.4523	2.5766	-0.1095	-0.14	-0.0534	0.3344	0.092	0.1938	-0.0757	-0.1571	0.0176	0.1046	0.0092	-0.0006	0.0445	-0.0037	0.043	19.367	21.297	12.972
3	2.7624	-2.5659	0.6876	12.908	-0.3958	2.3423	-0.3955	-0.3109	0.3502	1.1211	0.2708	-0.2288	-0.4045	-0.0869	0.1247	0.2679	0.0384	-0.0463	0.0986	-0.0185	0.0824	24.147	20.65	20.18
4	3.4217	-1.2781	-0.2	4.0909	-0.4454	2.9278	-0.014	-0.1113	-0.0246	-0.0402	0.006	0.1213	-0.0397	-0.0252	0.008	0.09	-0.0209	0.0177	0.0494	0.0041	0.0274	23.749	47.736	46.633
5	3.2708	-1.9548	-0.1274	3.8875	-0.9731	3.5479	0.0488	-0.1084	0.1569	0.2757	-0.1433	-0.0586	-0.1992	-0.0134	0.0946	0.1246	-0.0509	0.0157	0.0936	-0.0137	0.0648	21.371	48.097	58.972
6	8.6059	-3.8248	1.0772	4.241	-0.3439	-0.0248	0.0142	-0.511	-0.208	0.2361	0.0727	0.0654	-0.0867	-0.1118	-0.0869	0.1689	-0.0144	0.0543	0.1545	0.0023	0.0795	16.6	43.937	64.972

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 34	6 - 39
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	35 - 66	40 - 71
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	67 - 86	72 - 91
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	1 - 34	6 - 39
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	35 - 66	40 - 71
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	67 - 86	72 - 91

精密化

*PLUS

最低解像度: 34.7 Å / % reflection R_free: 10 % / R_factor R_free: 0.207 / R_factor R_work: 0.176

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.017
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.5

LS精密化シェル

*PLUS

最高解像度: 1.55 Å / 最低解像度: 1.63 Å / R_factor R_free: 0.261 / R_factor R_work: 0.226

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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