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万見
- PDB-1n9j: Solution Structure of the 3D domain swapped dimer of Stefin A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1n9j
タイトルSolution Structure of the 3D domain swapped dimer of Stefin A
要素Cystatin A
キーワードHYDROLASE INHIBITOR / domain swapped / stefin A / cystatins / amyloid
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of peptidase activity / peptidase inhibitor complex / Formation of the cornified envelope / peptide cross-linking / cornified envelope / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / keratinocyte differentiation / negative regulation of proteolysis / cell-cell adhesion / protease binding ...negative regulation of peptidase activity / peptidase inhibitor complex / Formation of the cornified envelope / peptide cross-linking / cornified envelope / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / keratinocyte differentiation / negative regulation of proteolysis / cell-cell adhesion / protease binding / extracellular space / nucleoplasm / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Proteinase inhibitor I25A, stefin / Proteinase inhibitor I25, cystatin, conserved site / Cysteine proteases inhibitors signature. / Cystatin domain / Cystatin-like domain / Cystatin domain / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #10 / Cystatin superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model type detailsminimized average
データ登録者Staniforth, R.A. / Giannini, S. / Higgins, L.D. / Conroy, M.J. / Hounslow, A.M. / Jerala, R. / Craven, C.J. / Waltho, J.P.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2001
タイトル: Three-dimensional domain swapping in the folded and molten-globule states of cystatins, an amyloid-forming structural superfamily
著者: Staniforth, R.A. / Giannini, S. / Higgins, L.D. / Conroy, M.J. / Hounslow, A.M. / Jerala, R. / Craven, C.J. / Waltho, J.P.
履歴
登録2002年11月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年2月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cystatin A
B: Cystatin A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0412
ポリマ－22,0412
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / -
代表モデルモデル #1minimized average structure

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要素

#1: タンパク質 Cystatin A / Stefin A / Cystatin AS


分子量: 11020.464 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET3A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3 / 参照: UniProt: P01040

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111HNCA
121HNCO
131HN(CA)CB
141TOCSY-HSQC
151NOESY-HSQC
16215N-isotope-filtered NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.2mM Stefin A U-15N; 50mM phosphate buffer pH 5.5, 100mM KCl, 5mM Azide; 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
21mM Stefin A U-15N,13C,2H; 50mM phosphate buffer pH 5.5, 100mM KCl, 5mM Azide; 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
試料状態pH: 5.5 / 圧: ambient / 温度: 308 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX6001
Bruker DRXBrukerDRX8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR2.6Brukercollection
Felix2000MSIデータ解析
X-PLOR3.1BRUNGER精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: Distance restraints (NOEs and hydrogen bonds) were taken from the data used for the stefin A monomer structure (Martin et al., 1995), except those involving residues V48-G50 and N77-L80 where ...詳細: Distance restraints (NOEs and hydrogen bonds) were taken from the data used for the stefin A monomer structure (Martin et al., 1995), except those involving residues V48-G50 and N77-L80 where chemical shift perturbation was observed following resonance assignment. The NOEs were specified as intermolecular and intramolecular according to domain-swapped topology inferred from isotope filtering experiments. An additional hydrogen bond restraint was included between 48 and 50 based on evidence from protection experiments on the dimer (Jerala and Zerovnik, 1999). Dihedral restraints (phi and psi) were determined using the 1H-alpha, 15N, 13C-alpha, 13C-beta and 13C' chemical shifts and the program TALOS (Cornilescu et al., 1999). Where TALOS gave a `poor' match, the experimental phi dihedral angle was taken from the data used for the stefin A monomer structure calculation.
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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