PDB-1n97: Crystal Structure of CYP175A1 from Thermus thermophillus strain HB27

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1n97

タイトル

Crystal Structure of CYP175A1 from Thermus thermophillus strain HB27

要素

CYP175A1

キーワード

ELECTRON TRANSPORT / P450

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermus thermophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Yano, J.K. / Blasco, F. / Li, H. / Schmid, R.D. / Henne, A. / Poulos, T.L.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Preliminary Characterization and Crystal Structure of a Thermostable Cytochrome P450 from Thermus thermophilus
著者: Yano, J.K. / Blasco, F. / Li, H. / Schmid, R.D. / Henne, A. / Poulos, T.L.

履歴

登録	2002年11月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年2月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2007年10月16日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2017年2月1日	Group: Structure summary
改定 1.4	2023年8月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_sheet / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1n97.cif.gz	183.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1n97.ent.gz	144 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1n97.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1n97_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1n97_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	1n97_validation.xml.gz	39.1 KB	表示
CIF形式データ	1n97_validation.cif.gz	56.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n9/1n97 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n9/1n97	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1fagS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1gzs-1 3ik1-d 6dvv-2 3log-3 1lce-d 3gcg-d 4fbg-14 2g5f-2 3rv8-1 5z4c-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CYP175A1

B: CYP175A1

ヘテロ分子

91.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CYP175A1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
45.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: CYP175A1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
45.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.538, 90.699, 74.516
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.68, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	CYP175A1 分子量: 44322.285 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Cytochrome P450 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア) 株: HB27 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 codon plus / 参照: UniProt: Q746J6
#2: 化合物	ChemComp-SRT / S,R MESO-TARTARIC ACID / meso-酒石酸分子量: 150.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆
#3: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 528 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.85 %

結晶化

温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 0.4 M Na/K Tartrate, 100 mM Na Phosphate/citrate, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

結晶化

*PLUS

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細
1	0.4 M	sodium potassium tartrate	1	reservoir
2	100 mM	sodium citrate/phosphate	1	reservoir	pH4.2
3	1 mM	1-phenylimidazole	1	reservoir	or 4-phenylimidazole
4	20 mg/ml	protein	1	drop

-
データ収集

回折	平均測定温度: 160 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.1003 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年6月22日詳細: a front end, vertically collimating premirror, double-crystal silicon (111) monochromator with a fixed-height exit beam, toroidal focusing mirror
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1003 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 78342 / Num. obs: 77717 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1000
反射シェル	解像度: 1.8→1.86 Å / R_merge(I) obs: 0.405 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 89.4
反射	PLUS 最低解像度: 50 Å / Num. obs: 84011 / % possible obs: 94.1 % / Num. measured all: 314845 / R_merge(I) obs*: 0.057
反射シェル	PLUS % possible obs: 72.5 % / R_merge(I) obs: 0.354 / Mean I/σ(I) obs*: 1.94

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定
REFMAC	5.1.24	精密化
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1FAG

1fag

解像度: 1.8→19.99 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / SU B: 3.222 / SU ML: 0.097 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.14 / ESU R Free: 0.133 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22229	3639	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18167	-	-	-
all	0.207	78342	-	-
obs	0.18376	67977	91.99 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.861 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.49 Å²	0 Å²	-1.52 Å²
2-	-	-0.77 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.23 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6126	0	178	528	6832

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.027	0.021	6438
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	6170
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.035	2.032	8733
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.004	3	14185
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.776	5	764
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.145	0.2	926
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	7046
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	1421
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.229	0.2	1403
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.256	0.2	7100
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.09	0.2	3913
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.195	0.2	378
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.244	0.2	40
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.343	0.2	175
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.35	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.436	1.5	3849
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.292	2	6135
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.122	3	2589
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.515	4.5	2598

LS精密化シェル

解像度: 1.804→1.85 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.385	234
R_work	0.314	4082

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 16.8837 Å / Origin y: 23.7479 Å / Origin z: 17.1449 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0331 Å²	0.0115 Å²	0.0008 Å²	-	0.0278 Å²	-0.022 Å²	-	-	0.021 Å²
L	0.0674 °²	0.0977 °²	-0.0201 °²	-	0.1451 °²	-0.0771 °²	-	-	0.0445 °²
S	-0.0017 Å °	-0.0118 Å °	0.0201 Å °	-0.015 Å °	-0.0015 Å °	0.0176 Å °	0.0016 Å °	-0.0009 Å °	0.0032 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 385	1 - 385
2	X-RAY DIFFRACTION	1	B	B	1 - 385	1 - 385

精密化

*PLUS

最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 50 Å / R_factor R_free: 0.228 / R_factor R_work: 0.182

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.028
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	2.1

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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