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- PDB-1n8m: Solution structure of Pi4, a four disulfide bridged scorpion toxi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1n8m
タイトルSolution structure of Pi4, a four disulfide bridged scorpion toxin active on potassium channels
要素Potassium channel blocking toxin 4
キーワードTOXIN / potassium channel blocker / disulfide bridge stabilized alpha beta motif
機能・相同性Scorpion short toxins signature. / Scorpion short chain toxin, potassium channel inhibitor / Scorpion short toxin, BmKK2 / Knottin, scorpion toxin-like superfamily / ion channel inhibitor activity / potassium channel regulator activity / toxin activity / extracellular region / Potassium channel toxin alpha-KTx 6.4
機能・相同性情報
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Guijarro, J.I. / M'Barek, S. / Olamendi-Portugal, T. / Gomez-Lagunas, F. / Garnier, D. / Rochat, H. / Possani, L.D. / Sabatier, J.M. / Delepierre, M.
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2003
タイトル: Solution structure of Pi4, a short four-disulfide-bridged scorpion toxin specific of potassium channels.
著者: Guijarro, J.I. / M'Barek, S. / Gomez-Lagunas, F. / Garnier, D. / Rochat, H. / Sabatier, J.M. / Possani, L.D. / Delepierre, M.
#1: ジャーナル: Toxicon / 年: 1998
タイトル: Two similar peptides from the venom of the scorpion Pandinus imperator, one highly effective blocker and the other inactive on K+ channels
著者: Olamendi-Portugal, T. / Gomez-Lagunas, F. / Gurrola, G.B. / Possani, L.D.
履歴
登録2002年11月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Potassium channel blocking toxin 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,1961
ポリマ－4,1961
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 20structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Potassium channel blocking toxin 4 / Pi4


分子量: 4195.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: This sequence occurs naturally in the venom of Pandinus imperator scorpions, with an amidated C-terminus. It was established by NMR that the structure of the natural toxin extracted from ...詳細: This sequence occurs naturally in the venom of Pandinus imperator scorpions, with an amidated C-terminus. It was established by NMR that the structure of the natural toxin extracted from scorpion venom is effectively identical to the structure of the synthetic toxin, which has a carboxylated C-terminus.
参照: UniProt: P58498
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
121P-COSY
1322D NOESY
NMR実験の詳細Text: Disulfide bridges were determined by NMR and by N-terminal sequencing of proteolysis peptides. Distance constraints were derived from initial nOe build up rates using 2D NOESY experiments with ...Text: Disulfide bridges were determined by NMR and by N-terminal sequencing of proteolysis peptides. Distance constraints were derived from initial nOe build up rates using 2D NOESY experiments with mixing times of 70, 100, 150, 200 and 250 ms in H2O and D2O.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
12.5 mM Pi4, 5 mM CD3COONa, pH 4.0, 10% D2O90% H2O/10% D2O
23.2 mM Pi4, 5 mM CD3COONa, pD 4.0, 100% D2O100% D2O
試料状態イオン強度: 5 / pH: 4 / 圧: ambient / 温度: 303 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMR6.1CVarian Inc.collection
NMRView5.03Johnsonデータ解析
ARIA1.2Nilges構造決定
CNS1.1Brunger構造決定
CNS1.1Brunger精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: Structures are based on a total of 705 constraints, 679 are meaningful nOe derived constraints (642 unambiguous, 37 ambiguous), 16 are dihedral (phi) angle constraints and 10 are hydrogen ...詳細: Structures are based on a total of 705 constraints, 679 are meaningful nOe derived constraints (642 unambiguous, 37 ambiguous), 16 are dihedral (phi) angle constraints and 10 are hydrogen bonds. The four disulfide bridges (CYS 6-27, 12-32, 16-34, 22-37) were included in the topology file used for the calculations.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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