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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1n7p | ||||||
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タイトル | Streptococcus pneumoniae Hyaluronate Lyase W292A/F343V Double Mutant | ||||||
要素 | HYALURONIDASE | ||||||
キーワード | LYASE / protein mutant | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 hyaluronate lyase / hyaluronate lyase activity / hydrolase activity, acting on glycosyl bonds / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å | ||||||
データ登録者 | Nukui, M. / Taylor, K.B. / McPherson, D.T. / Shigenaga, M. / Jedrzejas, M.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003 タイトル: The function of hydrophobic residues in the catalytic cleft of Streptococcus pneumoniae hyaluronate lyase. Kinetic characterization of mutant enzyme forms 著者: Nukui, M. / Taylor, K.B. / McPherson, D.T. / Shigenaga, M. / Jedrzejas, M.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1n7p.cif.gz | 171.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1n7p.ent.gz | 131.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1n7p.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n7/1n7p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n7/1n7p | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 82154.469 Da / 分子数: 1 / 変異: W292A/F343V / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌) プラスミド: pET20 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q54873, hyaluronate lyase |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.93 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: AMMONIUM SULFATE, SODIUM CACODYLATE, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1.1 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD |
放射 | モノクロメーター: SI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.55→50 Å / Num. obs: 127182 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rsym value: 0.062 |
反射 シェル | 解像度: 1.55→1.61 Å / Rmerge(I) obs: 0.67 / Rsym value: 0.67 / % possible all: 98.5 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 50 Å / Num. obs: 127336 / Num. measured all: 723619 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 98.5 % / Rmerge(I) obs: 0.67 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1LOH 解像度: 1.55→20 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.55→20 Å
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.55→1.61 Å / Rfactor Rfree: 0.351 / Rfactor Rwork: 0.105 | ||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 50 Å / Rfactor obs: 0.19 / Rfactor Rwork: 0.19 | ||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rwork: 0.305 |