[日本語] English
万見
- PDB-1n6b: Microsomal Cytochrome P450 2C5/3LVdH Complex with a dimethyl deri... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1n6b
タイトルMicrosomal Cytochrome P450 2C5/3LVdH Complex with a dimethyl derivative of sulfaphenazole
要素Cytochrome P450 2C5
キーワードOXIDOREDUCTASE / MEMBRANE PROTEIN / PROGESTERONE 21-HYDROXYLASE / BENZO(A) / PYRENE HYDROXYLASE / ESTRADIOL 2-HYDROXYLASE / P450 / CYP2C5 / DIMETHYLSULFAPHENAZOLE COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


organic acid metabolic process / unspecific monooxygenase / aromatase activity / xenobiotic metabolic process / iron ion binding / heme binding / endoplasmic reticulum membrane
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, E-class, group I / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DMZ / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Cytochrome P450 2C5
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Wester, M.R. / Johnson, E.F. / Marques-Soares, C. / Dansette, P.M. / Mansuy, D. / Stout, C.D.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003
タイトル: Structure of a Substrate Complex of Mammalian Cytochrome P450 2C5 at 2.3 A Resolution: Evidence for Multiple Substrate Binding Modes
著者: Wester, M.R. / Johnson, E.F. / Marques-Soares, C. / Dansette, P.M. / Mansuy, D. / Stout, C.D.
#1: ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2000
タイトル: Mammalian Microsomal Cytochrome P450 Monooxygenase: Structural Adaptations for Membrane Binding and Functional Diversity
著者: Williams, P.A. / Cosme, J. / Sridhar, V. / Johnson, E.F. / McRee, D.E.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2000
タイトル: Engineering Microsomal Cytochrome P450 2C5 to be a Soluble, Monomeric Enzyme. Mutations that Alter Aggregation, Phospholipid Dependence of Catalysis, and Membrane Binding
著者: Cosme, J. / Johnson, E.F.
履歴
登録2002年11月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450 2C5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,0205
ポリマ－53,8841
非ポリマー1,1364
水2,126118
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
A: Cytochrome P450 2C5
ヘテロ分子

A: Cytochrome P450 2C5
ヘテロ分子

A: Cytochrome P450 2C5
ヘテロ分子

A: Cytochrome P450 2C5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)220,08120
ポリマ－215,5374
非ポリマー4,54416
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area15900 Å2
ΔGint-242 kcal/mol
Surface area75480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.330, 134.290, 171.840
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-678-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Cytochrome P450 2C5 / CYPIIC5 / P450 1 / Progesterone 21-hydroxylase / P450IIC5


分子量: 53884.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: CYP2C5 / 器官: LIVER / プラスミド: PCW / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00179, unspecific monooxygenase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 化合物 ChemComp-DMZ / 4-METHYL-N-METHYL-N-(2-PHENYL-2H-PYRAZOL-3-YL)BENZENESULFONAMIDE / DIMETHYLSULFAPHENAZOLE / N,4-ジメチル-N-(1-フェニル-1H-ピラゾ-ル-5-イル)ベンゼンスルホンアミド


分子量: 327.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H17N3O2S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.07 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: AMMONIUM SULFATE, CYMAL5, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K
結晶化
*PLUS
温度: 24 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
10.24 mMP4501drop
20.24 mMDMZ1drop
32.4 mMCYMAL-5 detergent1drop
41.1 Mammonium sulfate1drop
50.05 MHEPES1droppH7.5
60.5 %PEG4001drop
720 mMpotassium phosphate1droppH7.4
8200 mM1dropNaCl
90.4 mMEDTA1drop
100.08 mMdithiothreitol1drop
118 %glycerol1drop
122.2 Mammonium sulfate1reservoir
130.1 MHEPES1reservoirpH7.5
141 %PEG4001reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年1月1日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 37253 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rsym value: 0.058 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.479 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Rsym value: 0.479 / % possible all: 78.5
反射
*PLUS
Num. measured all: 153575
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 78.5 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNS精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1DT6

1dt6


解像度: 2.3→50 Å / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.292 1698 -RANDOM
Rwork0.257 ---
obs0.257 37253 96.6 %-
all-37253 --
原子変位パラメータBiso mean: 60.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3697 0 76 118 3891
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.29
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る