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- PDB-1n65: FAMILY OF NMR SOLUTION STRUCTURES OF CA CE CALBINDIN D9K IN DENAT... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1n65
タイトルFAMILY OF NMR SOLUTION STRUCTURES OF CA CE CALBINDIN D9K IN DENATURATING CONDITIONS
要素Vitamin D-dependent calcium-binding protein, intestinal
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / CALCIUM BINDING PROTEINS / NMR SOLUTION STRUCTURE / PARAMAGNETISM-BASED CONSTRAINTS / DENATURATING AGENTS / GUANIDINIUM CHLORIDE
機能・相同性
機能・相同性情報


vitamin D binding / calcium-dependent protein binding / calcium ion binding / extracellular space / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
S-100/ICaBP type calcium binding protein signature. / S100/Calcium binding protein 7/8-like, conserved site / S100/CaBP-9k-type, calcium binding, subdomain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / EF hand / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site ...S-100/ICaBP type calcium binding protein signature. / S100/Calcium binding protein 7/8-like, conserved site / S100/CaBP-9k-type, calcium binding, subdomain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / EF hand / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CERIUM (III) ION / Protein S100-G
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法溶液NMR / TAD Simulated annealing
データ登録者Jimenez, B. / Poggi, L. / Piccioli, M.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003
タイトル: Monitoring the Early Steps of Unfolding of Dicalcium and Mono-Ce(3+)-Substituted Forms of P43M Calbindin D(9k).
著者: Jimenez, B. / Poggi, L. / Piccioli, M.
履歴
登録2002年11月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_spectrometer ...database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vitamin D-dependent calcium-binding protein, intestinal
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,6852
ポリマ－8,5451
非ポリマー1401
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200target function
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Vitamin D-dependent calcium-binding protein, intestinal / CABP / Calbindin D9K


分子量: 8544.637 Da / 分子数: 1 / 変異: P43M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: CALB3 OR S100D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02633
#2: 化合物 ChemComp-CE / CERIUM (III) ION


分子量: 140.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ce

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1111H-15N HSQC
2223D 15N-separated NOESY
NMR実験の詳細Text: NOESY constraints were obtained on the native form of the protein, while paramagnetic constraints were collected in the presence of 2M Guanidinium Chloride

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
1Uniform labeling with 15N, H2O/D20 90/10H2O/D20 90/10 Denaturating Conditions
2Uniform labeling with 15N, H2O/D20 90/10H2O/D20 90/10
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
12M Guanidinium Chloride (GmdHCl) 61 atm298 K
2pure water 61 atm298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8001
Bruker DMXBrukerDMX5002
Bruker AVANCEBrukerAVANCE7003
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6004
Bruker AVANCEBrukerAVANCE4005

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
PARAMAGNETIC-DYANA1Barbieri R., Bertini I., Cavallaro G., Lee Y.-M., Luchinat C., Rosato A.構造決定
PSEUDYANA3.1L.BANCI,I.BERTINI,M.A.CREMONINI,G.GORI SAVELLINI,C.LUCHINAT,K.WUTHRICH AND P.GUNTERT精密化
精密化手法: TAD Simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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