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- PDB-1n61: Crystal Structure of the Cu,Mo-CO Dehydrogenase (CODH); Dithionit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1n61
タイトルCrystal Structure of the Cu,Mo-CO Dehydrogenase (CODH); Dithionite reduced state
要素(Carbon monoxide dehydrogenase ...) x 3
キーワードOXIDOREDUCTASE / CODH / molybdenum / molybdopterin
機能・相同性
機能・相同性情報


aerobic carbon monoxide dehydrogenase / carbon-monoxide oxygenase activity / : / molybdenum ion binding / FAD binding / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / iron ion binding / copper ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Carbon-monoxide dehydrogenase, large subunit / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead / CO dehydrogenase flavoprotein, C-terminal domain / CO dehydrogenase flavoprotein C-terminal domain / Aldehyde Oxidoreductase; domain 4 / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, molybdopterin binding domain / [2Fe-2S]-binding domain / Molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding / CO dehydrogenase flavoprotein, C-terminal / CO dehydrogenase flavoprotein, C-terminal domain superfamily ...Carbon-monoxide dehydrogenase, large subunit / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead / CO dehydrogenase flavoprotein, C-terminal domain / CO dehydrogenase flavoprotein C-terminal domain / Aldehyde Oxidoreductase; domain 4 / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, molybdopterin binding domain / [2Fe-2S]-binding domain / Molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding / CO dehydrogenase flavoprotein, C-terminal / CO dehydrogenase flavoprotein, C-terminal domain superfamily / FAD binding domain in molybdopterin dehydrogenase / CO dehydrogenase flavoprotein C-terminal domain / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, second molybdopterin binding domain / Molybdopterin cofactor-binding domain / Aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead domain / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead / [2Fe-2S]-binding / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, first molybdopterin binding domain / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead superfamily / [2Fe-2S]-binding domain superfamily / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, molybdopterin binding domain superfamily / [2Fe-2S] binding domain / Molybdopterin cofactor-binding domain / Aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead domain / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase, domain 2 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 2 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 - #10 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 / FAD-binding, type PCMH, subdomain 1 / Aldehyde Oxidoreductase; domain 3 / FAD-binding domain, PCMH-type / PCMH-type FAD-binding domain profile. / Beta-grasp domain / FAD-binding, type PCMH, subdomain 2 / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / FAD-binding, type PCMH-like superfamily / Enolase-like; domain 1 / Beta-grasp domain superfamily / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / DNA polymerase; domain 1 / Roll / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CU(I)-S-MO(IV)(=O)OH CLUSTER / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / PTERIN CYTOSINE DINUCLEOTIDE / PHOSPHATE ION / Carbon monoxide dehydrogenase large chain / Carbon monoxide dehydrogenase medium chain / Carbon monoxide dehydrogenase small chain
類似検索 - 構成要素
生物種Oligotropha carboxidovorans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Dobbek, H. / Gremer, L. / Kiefersauer, R. / Huber, R. / Meyer, O.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2002
タイトル: Catalysis at a dinuclear [CuSMo(=O)OH] cluster in a CO dehydrogenase resolved at 1.1-A resolution
著者: Dobbek, H. / Gremer, L. / Kiefersauer, R. / Huber, R. / Meyer, O.
履歴
登録2002年11月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02002年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbon monoxide dehydrogenase small chain
B: Carbon monoxide dehydrogenase large chain
C: Carbon monoxide dehydrogenase medium chain
D: Carbon monoxide dehydrogenase small chain
E: Carbon monoxide dehydrogenase large chain
F: Carbon monoxide dehydrogenase medium chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)278,08117
ポリマ－273,8696
非ポリマー4,21111
水53,9552995
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area28670 Å2
ΔGint-235 kcal/mol
Surface area77820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.162, 131.375, 160.318
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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Carbon monoxide dehydrogenase ... , 3種, 6分子 ADBECF

#1: タンパク質 Carbon monoxide dehydrogenase small chain / CO dehydrogenase subunit S


分子量: 17810.428 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Oligotropha carboxidovorans (バクテリア)
株: OM5
参照: UniProt: P19921, carbon-monoxide dehydrogenase (acceptor)
#2: タンパク質 Carbon monoxide dehydrogenase large chain / CO dehydrogenase subunit L


分子量: 88847.219 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Oligotropha carboxidovorans (バクテリア)
株: OM5
参照: UniProt: P19919, carbon-monoxide dehydrogenase (acceptor)
#3: タンパク質 Carbon monoxide dehydrogenase medium chain / CO dehydrogenase subunit M


分子量: 30276.939 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Oligotropha carboxidovorans (バクテリア)
株: OM5
参照: UniProt: P19920, carbon-monoxide dehydrogenase (acceptor)

-
非ポリマー , 6種, 3006分子

#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物
ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#6: 化合物 ChemComp-CUN / CU(I)-S-MO(IV)(=O)OH CLUSTER


分子量: 224.558 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CuHMoO2S
#7: 化合物 ChemComp-MCN / PTERIN CYTOSINE DINUCLEOTIDE


分子量: 696.501 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H22N8O13P2S2
#8: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2995 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.28 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: sodium, potassium phosphate, MPD, HEPES, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
詳細: Dobbek, H., (1999) Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 96, 8884.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
10.8 M11KH2PO4
20.8 M11NaH2PO4
32 %MPD11
4100 mMHEPES11pH7.3

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.06 Å
放射モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.06 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→17 Å / Num. all: 632876 / Num. obs: 632876 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 1.28→1.32 Å / % possible all: 97.6
反射
*PLUS
最高解像度: 1.28 Å / 最低解像度: 17 Å / Num. measured all: 2011470 / Rmerge(I) obs: 0.066
反射 シェル
*PLUS
Mean I/σ(I) obs: 1.9

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
REFMAC精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.3→17 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.184 31264 RANDOM
Rwork0.142 --
all0.145 593088 -
obs0.145 593088 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18918 0 225 2995 22138
精密化
*PLUS
最低解像度: 17 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.18 / Rfactor Rwork: 0.148
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg1.747
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.24 / Rfactor Rwork: 0.19

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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