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万見
- PDB-3hrd: Crystal structure of nicotinate dehydrogenase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hrd
タイトルCrystal structure of nicotinate dehydrogenase
要素(Nicotinate dehydrogenase ...) x 4
キーワードOXIDOREDUCTASE / Selenium ligand / 2Fe-2S / Iron / Iron-sulfur / Metal-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


nicotinate dehydrogenase / nicotinate dehydrogenase activity / nicotinate catabolic process / FAD binding / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / iron ion binding / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / : / [2Fe-2S]-binding domain / CO dehydrogenase flavoprotein C-terminal domain / Aldehyde Oxidoreductase; domain 4 / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, molybdopterin binding domain / Molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding / CO dehydrogenase flavoprotein, C-terminal / CO dehydrogenase flavoprotein, C-terminal domain superfamily / FAD binding domain in molybdopterin dehydrogenase ...: / : / [2Fe-2S]-binding domain / CO dehydrogenase flavoprotein C-terminal domain / Aldehyde Oxidoreductase; domain 4 / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, molybdopterin binding domain / Molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding / CO dehydrogenase flavoprotein, C-terminal / CO dehydrogenase flavoprotein, C-terminal domain superfamily / FAD binding domain in molybdopterin dehydrogenase / CO dehydrogenase flavoprotein C-terminal domain / CO dehydrogenase flavoprotein, C-terminal domain / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase / Aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead domain / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead / [2Fe-2S]-binding / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, first molybdopterin binding domain / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead superfamily / [2Fe-2S]-binding domain superfamily / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, molybdopterin binding domain superfamily / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, second molybdopterin binding domain / [2Fe-2S] binding domain / Molybdopterin cofactor-binding domain / Molybdopterin cofactor-binding domain / Aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead domain / FAD-binding, type PCMH, subdomain 1 / 2Fe-2S ferredoxin, iron-sulphur binding site / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / Beta-grasp domain / FAD-binding domain, PCMH-type / PCMH-type FAD-binding domain profile. / FAD-binding, type PCMH, subdomain 2 / FAD-binding, type PCMH-like superfamily / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Enolase-like; domain 1 / Beta-grasp domain superfamily / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / DNA polymerase; domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / PTERIN CYTOSINE DINUCLEOTIDE / DIOXOTHIOMOLYBDENUM(VI) ION / NICOTINIC ACID / NITRATE ION / SELENIUM ATOM / Nicotinate dehydrogenase medium molybdopterin subunit / Nicotinate dehydrogenase large molybdopterin subunit / Nicotinate dehydrogenase small FeS subunit / Nicotinate dehydrogenase FAD-subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Eubacterium barkeri (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Wagener, N. / Pierik, A.J. / Hille, R. / Dobbek, H.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: The Mo-Se active site of nicotinate dehydrogenase
著者: Wagener, N. / Pierik, A.J. / Ibdah, A. / Hille, R. / Dobbek, H.
履歴
登録2009年6月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nicotinate dehydrogenase large molybdopterin subunit
B: Nicotinate dehydrogenase medium molybdopterin subunit
C: Nicotinate dehydrogenase FAD-subunit
D: Nicotinate dehydrogenase small FeS subunit
E: Nicotinate dehydrogenase large molybdopterin subunit
F: Nicotinate dehydrogenase medium molybdopterin subunit
G: Nicotinate dehydrogenase FAD-subunit
H: Nicotinate dehydrogenase small FeS subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)266,09228
ポリマ－261,4248
非ポリマー4,66820
水17,186954
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area46660 Å2
ΔGint-352 kcal/mol
Surface area75640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.069, 71.700, 214.485
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.230, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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Nicotinate dehydrogenase ... , 4種, 8分子 AEBFCGDH

#1: タンパク質 Nicotinate dehydrogenase large molybdopterin subunit


分子量: 46549.070 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Eubacterium barkeri (バクテリア) / 参照: UniProt: Q0QLF2
#2: タンパク質 Nicotinate dehydrogenase medium molybdopterin subunit


分子量: 34506.055 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Eubacterium barkeri (バクテリア) / 参照: UniProt: Q0QLF1
#3: タンパク質 Nicotinate dehydrogenase FAD-subunit


分子量: 32663.508 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Eubacterium barkeri (バクテリア) / 参照: UniProt: Q0QLF4
#4: タンパク質 Nicotinate dehydrogenase small FeS subunit


分子量: 16993.441 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Eubacterium barkeri (バクテリア) / 参照: UniProt: Q0QLF3

-
非ポリマー , 10種, 974分子

#5: 化合物 ChemComp-SE / SELENIUM ATOM


分子量: 78.960 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Se
#6: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#7: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 化合物 ChemComp-MOS / DIOXOTHIOMOLYBDENUM(VI) ION


分子量: 161.012 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: HMoO2S
#9: 化合物 ChemComp-MCN / PTERIN CYTOSINE DINUCLEOTIDE


分子量: 696.501 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H22N8O13P2S2
#10: 化合物 ChemComp-NIO / NICOTINIC ACID


分子量: 123.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5NO2
#11: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#12: 化合物
ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#13: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#14: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 954 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.92 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG3350, Tris-HCl, NaNO3, glycerol, pH7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 296K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年7月26日 / 詳細: Osmic mirrors
放射モノクロメーター: Osmic Mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→30 Å / Num. all: 150056 / Num. obs: 148377 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 10.73
反射 シェル解像度: 2.2→2.3 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.532 / Mean I/σ(I) obs: 2.28 / Num. unique all: 18035 / % possible all: 96.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
MAR345dtbデータ収集
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1RM6

1rm6


解像度: 2.2→29.43 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: Random / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射
Rfree0.251 7408 4.9 %
Rwork0.213 --
all0.224 148377 -
obs0.224 148159 98.6 %
溶媒の処理Bsol: 34.825 Å2
原子変位パラメータBiso max: 131.92 Å2 / Biso mean: 35.689 Å2 / Biso min: 1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.388 Å20 Å2-1.91 Å2
2--1.148 Å20 Å2
3----4.536 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→29.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18079 0 251 954 19284
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.2111.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.762
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.9752
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.5112.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2MoSe.param
X-RAY DIFFRACTION3fes.param
X-RAY DIFFRACTION4fad_oc.param
X-RAY DIFFRACTION5water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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