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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1n5b | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure Of The Yersinia enterocolitica Molecular Chaperone Syce | |||||||||
要素 | YOPE regulator | |||||||||
キーワード | CHAPERONE / yersinia enterocolitica / molecular chaperone / type III secretion system | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Yersinia enterocolitica (腸炎エルシニア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | |||||||||
データ登録者 | Trame, C.B. / McKay, D.B. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2003 タイトル: Structure of the Yersinia enterocolitica molecular-chaperone protein SycE. 著者: Trame, C.B. / McKay, D.B. #1: ジャーナル: NAT.STRUCT.BIOL. / 年: 2001 タイトル: Structure of the Yersinia Type III Secretory System Chaperone Syce 著者: Birtalan, S. / Ghosh, P. #2: ジャーナル: ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.D / 年: 2002 タイトル: Three-Dimensional Structure of the Type III Secretion Chaperone SycE from Yersinia Pestis 著者: Evdokimov, A.G. / Tropea, J.E. / Routzahn, K.M. / Waugh, D.S. #3: ジャーナル: MOL.CELL / 年: 2002 タイトル: Three-Dimensional Secretion Signals in Chaperone-Effector Complexes of Bacterial Pathogens 著者: Birtalan, S.C. / Phillips, R.M. / Ghosh, P. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1n5b.cif.gz | 108.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1n5b.ent.gz | 85.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1n5b.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1n5b_validation.pdf.gz | 453.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1n5b_full_validation.pdf.gz | 465.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1n5b_validation.xml.gz | 21.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1n5b_validation.cif.gz | 28.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n5/1n5b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n5/1n5b | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1k6zS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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詳細 | there are 4 molecules in AU, packed as 2 dimers with an ncs translation peak in the native patterson (0.5,~0.,0.5) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14839.753 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Yersinia enterocolitica (腸炎エルシニア) 遺伝子: YERA / プラスミド: pTYB / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P31490 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.98 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.7 詳細: PEG 400, ammonium sulphate, sodium chloride, hepes, TCEP, pH 7.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.98 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2002年5月27日 詳細: vertical focusing flat mirror, single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focussing) |
放射 | モノクロメーター: horizontally focusing bent Si(111) crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.98→45.72 Å / Num. obs: 34752 / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 21.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Rsym value: 0.037 / Net I/σ(I): 30.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.98→2.01 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.235 / Mean I/σ(I) obs: 5 / Rsym value: 0.235 / % possible all: 89.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1K6Z 解像度: 2→29.54 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 1519681.15 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 41.8009 Å2 / ksol: 0.357917 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 48.4 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→29.54 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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