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- PDB-1n5b: Crystal Structure Of The Yersinia enterocolitica Molecular Chaper... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1n5b
タイトルCrystal Structure Of The Yersinia enterocolitica Molecular Chaperone Syce
要素YOPE regulator
キーワードCHAPERONE / yersinia enterocolitica / molecular chaperone / type III secretion system
機能・相同性Type III secretion chaperone SycE / Tir chaperone protein (CesT) family / Tir chaperone protein (CesT) family / Yope Regulator; Chain: A, - #10 / Yope Regulator; Chain: A, / protein secretion by the type III secretion system / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / YopE regulator
機能・相同性情報
生物種Yersinia enterocolitica (腸炎エルシニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Trame, C.B. / McKay, D.B.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2003
タイトル: Structure of the Yersinia enterocolitica molecular-chaperone protein SycE.
著者: Trame, C.B. / McKay, D.B.
#1: ジャーナル: NAT.STRUCT.BIOL. / 年: 2001
タイトル: Structure of the Yersinia Type III Secretory System Chaperone Syce
著者: Birtalan, S. / Ghosh, P.
#2: ジャーナル: ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.D / 年: 2002
タイトル: Three-Dimensional Structure of the Type III Secretion Chaperone SycE from Yersinia Pestis
著者: Evdokimov, A.G. / Tropea, J.E. / Routzahn, K.M. / Waugh, D.S.
#3: ジャーナル: MOL.CELL / 年: 2002
タイトル: Three-Dimensional Secretion Signals in Chaperone-Effector Complexes of Bacterial Pathogens
著者: Birtalan, S.C. / Phillips, R.M. / Ghosh, P.
履歴
登録2002年11月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2002年11月20日ID: 1MD1
改定 1.02002年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: YOPE regulator
B: YOPE regulator
C: YOPE regulator
D: YOPE regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,3594
ポリマ－59,3594
非ポリマー00
水1,60389
1
A: YOPE regulator
B: YOPE regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6802
ポリマ－29,6802
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2710 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area14130 Å2
手法PISA
2
C: YOPE regulator
D: YOPE regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6802
ポリマ－29,6802
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2800 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area14020 Å2
手法PISA
3
A: YOPE regulator
B: YOPE regulator

C: YOPE regulator
D: YOPE regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,3594
ポリマ－59,3594
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
Buried area7770 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area25900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.550, 92.670, 101.050
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細there are 4 molecules in AU, packed as 2 dimers with an ncs translation peak in the native patterson (0.5,~0.,0.5)

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要素

#1: タンパク質
YOPE regulator / secretion chaperone SycE


分子量: 14839.753 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Yersinia enterocolitica (腸炎エルシニア)
遺伝子: YERA / プラスミド: pTYB / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P31490
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.98 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.7
詳細: PEG 400, ammonium sulphate, sodium chloride, hepes, TCEP, pH 7.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2002年5月27日
詳細: vertical focusing flat mirror, single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focussing)
放射モノクロメーター: horizontally focusing bent Si(111) crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→45.72 Å / Num. obs: 34752 / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 21.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Rsym value: 0.037 / Net I/σ(I): 30.6
反射 シェル解像度: 1.98→2.01 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.235 / Mean I/σ(I) obs: 5 / Rsym value: 0.235 / % possible all: 89.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP(CCP4)位相決定
CNS1.1精密化
CCP4(MOLREP)位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1K6Z

1k6z


解像度: 2→29.54 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 1519681.15 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29 3223 9.9 %RANDOM
Rwork0.248 ---
obs0.248 32538 95.4 %-
all-32546 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 41.8009 Å2 / ksol: 0.357917 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 48.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.28 Å20 Å20 Å2
2--8.92 Å20 Å2
3----1.64 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.35 Å0.29 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.26 Å0.23 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→29.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3950 0 0 89 4039
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.75
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.325 510 10.1 %
Rwork0.3 4545 -
obs--90.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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