PDB-1n5a: Crystal structure of the Murine class I Major Histocompatibility ...

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登録情報

データベース: PDB / ID: 1n5a

タイトル

Crystal structure of the Murine class I Major Histocompatibility Complex of H-2DB, B2-Microglobulin, and A 9-Residue immunodominant peptide epitope gp33 derived from LCMV

要素

Beta-2-microglobulin
H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
nonameric peptide, gp33 derived from lymphocytic choriomeningitis virus

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Murine MHC / viral escape / LCMV / immunodominant epitope

機能・相同性

機能・相同性情報

Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / host cell Golgi membrane / cellular defense response / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell ...Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / host cell Golgi membrane / cellular defense response / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Neutrophil degranulation / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / negative regulation of forebrain neuron differentiation / iron ion transport / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cellular response to nicotine / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / phagocytic vesicle membrane / negative regulation of epithelial cell proliferation / sensory perception of smell / positive regulation of cellular senescence / T cell differentiation in thymus / negative regulation of neuron projection development / protein refolding / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / host cell endoplasmic reticulum membrane / external side of plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / metal ion binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.85 Å

データ登録者

Achour, A. / Michaelsson, J. / Harris, R.A. / Odeberg, J. / Grufman, P. / Sandberg, J.K. / Levitsky, V. / Karre, K. / Sandalova, T. / Schneider, G.

引用

ジャーナル: Immunity / 年: 2002
タイトル: A Structural Basis for LCMV Immune Evasion. Subversion of H-2D(b) and H-2K(b) Presentation of gp33 Revealed by Comparative Crystal Structure Analyses.
著者: Achour, A. / Michaelsson, J. / Harris, R.A. / Odeberg, J. / Grufman, P. / Sandberg, J.K. / Levitsky, V. / Karre, K. / Sandalova, T. / Schneider, G.

履歴

登録	2002年11月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年1月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月28日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2018年3月7日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.4	2021年10月27日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.5	2024年10月30日	Group: Data collection / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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文書・詳細版	1n5a_full_validation.pdf.gz	590.2 KB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n5/1n5a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n5/1n5a	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1n59C 1hocS 1fg2 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7lgd-1 3rwd-1 3v5k-1 3v5d-1 4l8d-1 4nqv-5 3tbw-2 5bxf-1 3vfs-d 6l9n-3 3bvn-1 1n3n-3 1s7w-1 6gb7-4 1uxs-d 6lf9-1 6gl1-2 6y28-d 5w6a-2 6vb1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (10)
#63 - 2005年3月
T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
類似性 (10)
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抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
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インスリン受容体 (Insulin receptor)
類似性 (1)
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クラスリン (Clathrin)
類似性 (1)
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Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (1)
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プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (1)
#176 - 2014年8月
ダイニン (Dynein)
類似性 (1)
#177 - 2014年9月
アポトソーム (Apoptosomes)
類似性 (1)

登録構造単位

A: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain

B: Beta-2-microglobulin

C: nonameric peptide, gp33 derived from lymphocytic choriomeningitis virus

D: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain

E: Beta-2-microglobulin

F: nonameric peptide, gp33 derived from lymphocytic choriomeningitis virus

G: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain

H: Beta-2-microglobulin

I: nonameric peptide, gp33 derived from lymphocytic choriomeningitis virus

J: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain

K: Beta-2-microglobulin

L: nonameric peptide, gp33 derived from lymphocytic choriomeningitis virus

179 kDa, 12 ポリマー
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1

A: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain

B: Beta-2-microglobulin

C: nonameric peptide, gp33 derived from lymphocytic choriomeningitis virus

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
44.8 kDa, 3 ポリマー
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2

D: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain

E: Beta-2-microglobulin

F: nonameric peptide, gp33 derived from lymphocytic choriomeningitis virus

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3

G: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain

H: Beta-2-microglobulin

I: nonameric peptide, gp33 derived from lymphocytic choriomeningitis virus

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4

J: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain

K: Beta-2-microglobulin

L: nonameric peptide, gp33 derived from lymphocytic choriomeningitis virus

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単位格子

Length a, b, c (Å)	91.998, 122.657, 99.180
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 103.34, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	HIS	HIS	SER	SER	1	A	A	3 - 13	3 - 13
2	1	1	HIS	HIS	SER	SER	1	D	D	3 - 13	3 - 13
3	1	1	HIS	HIS	SER	SER	1	G	G	3 - 13	3 - 13
4	1	1	HIS	HIS	SER	SER	1	J	J	3 - 13	3 - 13
5	2	1	PRO	PRO	VAL	VAL	1	A	A	20 - 28	20 - 28
6	2	1	PRO	PRO	VAL	VAL	1	D	D	20 - 28	20 - 28
7	2	1	PRO	PRO	VAL	VAL	1	G	G	20 - 28	20 - 28
8	2	1	PRO	PRO	VAL	VAL	1	J	J	20 - 28	20 - 28
9	3	1	ASP	ASP	ASN	ASN	3	A	A	29 - 30	29 - 30
10	3	1	ASP	ASP	ASN	ASN	3	D	D	29 - 30	29 - 30
11	3	1	ASP	ASP	ASN	ASN	3	G	G	29 - 30	29 - 30
12	3	1	ASP	ASP	ASN	ASN	3	J	J	29 - 30	29 - 30
13	4	1	LYS	LYS	ALA	ALA	1	A	A	31 - 40	31 - 40
14	4	1	LYS	LYS	ALA	ALA	1	D	D	31 - 40	31 - 40
15	4	1	LYS	LYS	ALA	ALA	1	G	G	31 - 40	31 - 40
16	4	1	LYS	LYS	ALA	ALA	1	J	J	31 - 40	31 - 40
17	5	1	GLU	GLU	GLU	GLU	3	A	A	41	41
18	5	1	GLU	GLU	GLU	GLU	3	D	D	41	41
19	5	1	GLU	GLU	GLU	GLU	3	G	G	41	41
20	5	1	GLU	GLU	GLU	GLU	3	J	J	41	41
21	6	1	ASN	ASN	PRO	PRO	1	A	A	42 - 43	42 - 43
22	6	1	ASN	ASN	PRO	PRO	1	D	D	42 - 43	42 - 43
23	6	1	ASN	ASN	PRO	PRO	1	G	G	42 - 43	42 - 43
24	6	1	ASN	ASN	PRO	PRO	1	J	J	42 - 43	42 - 43
25	7	1	ARG	ARG	ARG	ARG	3	A	A	44	44
26	7	1	ARG	ARG	ARG	ARG	3	D	D	44	44
27	7	1	ARG	ARG	ARG	ARG	3	G	G	44	44
28	7	1	ARG	ARG	ARG	ARG	3	J	J	44	44
29	8	1	TYR	TYR	MET	MET	1	A	A	45 - 52	45 - 52
30	8	1	TYR	TYR	MET	MET	1	D	D	45 - 52	45 - 52
31	8	1	TYR	TYR	MET	MET	1	G	G	45 - 52	45 - 52
32	8	1	TYR	TYR	MET	MET	1	J	J	45 - 52	45 - 52
33	9	1	GLU	GLU	GLU	GLU	3	A	A	53	53
34	9	1	GLU	GLU	GLU	GLU	3	D	D	53	53
35	9	1	GLU	GLU	GLU	GLU	3	G	G	53	53
36	9	1	GLU	GLU	GLU	GLU	3	J	J	53	53
37	10	1	GLN	GLN	PRO	PRO	1	A	A	54 - 57	54 - 57
38	10	1	GLN	GLN	PRO	PRO	1	D	D	54 - 57	54 - 57
39	10	1	GLN	GLN	PRO	PRO	1	G	G	54 - 57	54 - 57
40	10	1	GLN	GLN	PRO	PRO	1	J	J	54 - 57	54 - 57
1	1	2	GLU	GLU	GLU	GLU	3	A	A	58	58
2	1	2	GLU	GLU	GLU	GLU	3	D	D	58	58
3	1	2	GLU	GLU	GLU	GLU	3	G	G	58	58
4	1	2	GLU	GLU	GLU	GLU	3	J	J	58	58
5	2	2	TYR	TYR	GLN	GLN	1	A	A	59 - 65	59 - 65
6	2	2	TYR	TYR	GLN	GLN	1	D	D	59 - 65	59 - 65
7	2	2	TYR	TYR	GLN	GLN	1	G	G	59 - 65	59 - 65
8	2	2	TYR	TYR	GLN	GLN	1	J	J	59 - 65	59 - 65
9	3	2	LYS	LYS	LYS	LYS	3	A	A	66	66
10	3	2	LYS	LYS	LYS	LYS	3	D	D	66	66
11	3	2	LYS	LYS	LYS	LYS	3	G	G	66	66
12	3	2	LYS	LYS	LYS	LYS	3	J	J	66	66
13	4	2	ALA	ALA	GLU	GLU	1	A	A	67 - 71	67 - 71
14	4	2	ALA	ALA	GLU	GLU	1	D	D	67 - 71	67 - 71
15	4	2	ALA	ALA	GLU	GLU	1	G	G	67 - 71	67 - 71
16	4	2	ALA	ALA	GLU	GLU	1	J	J	67 - 71	67 - 71
17	5	2	GLN	GLN	GLN	GLN	3	A	A	72	72
18	5	2	GLN	GLN	GLN	GLN	3	D	D	72	72
19	5	2	GLN	GLN	GLN	GLN	3	G	G	72	72
20	5	2	GLN	GLN	GLN	GLN	3	J	J	72	72
21	6	2	TRP	TRP	PHE	PHE	1	A	A	73 - 74	73 - 74
22	6	2	TRP	TRP	PHE	PHE	1	D	D	73 - 74	73 - 74
23	6	2	TRP	TRP	PHE	PHE	1	G	G	73 - 74	73 - 74
24	6	2	TRP	TRP	PHE	PHE	1	J	J	73 - 74	73 - 74
25	7	2	ARG	ARG	ARG	ARG	3	A	A	75	75
26	7	2	ARG	ARG	ARG	ARG	3	D	D	75	75
27	7	2	ARG	ARG	ARG	ARG	3	G	G	75	75
28	7	2	ARG	ARG	ARG	ARG	3	J	J	75	75
29	8	2	VAL	VAL	LEU	LEU	1	A	A	76 - 78	76 - 78
30	8	2	VAL	VAL	LEU	LEU	1	D	D	76 - 78	76 - 78
31	8	2	VAL	VAL	LEU	LEU	1	G	G	76 - 78	76 - 78
32	8	2	VAL	VAL	LEU	LEU	1	J	J	76 - 78	76 - 78
33	9	2	ARG	ARG	ARG	ARG	3	A	A	79	79
34	9	2	ARG	ARG	ARG	ARG	3	D	D	79	79
35	9	2	ARG	ARG	ARG	ARG	3	G	G	79	79
36	9	2	ARG	ARG	ARG	ARG	3	J	J	79	79
1	1	3	GLY	GLY	TRP	TRP	1	A	A	83 - 107	83 - 107
2	1	3	GLY	GLY	TRP	TRP	1	D	D	83 - 107	83 - 107
3	1	3	GLY	GLY	TRP	TRP	1	G	G	83 - 107	83 - 107
4	1	3	GLY	GLY	TRP	TRP	1	J	J	83 - 107	83 - 107
5	2	3	ARG	ARG	ARG	ARG	3	A	A	108	108
6	2	3	ARG	ARG	ARG	ARG	3	D	D	108	108
7	2	3	ARG	ARG	ARG	ARG	3	G	G	108	108
8	2	3	ARG	ARG	ARG	ARG	3	J	J	108	108
9	3	3	LEU	LEU	LEU	LEU	1	A	A	109 - 110	109 - 110
10	3	3	LEU	LEU	LEU	LEU	1	D	D	109 - 110	109 - 110
11	3	3	LEU	LEU	LEU	LEU	1	G	G	109 - 110	109 - 110
12	3	3	LEU	LEU	LEU	LEU	1	J	J	109 - 110	109 - 110
13	4	3	ARG	ARG	ARG	ARG	3	A	A	111	111
14	4	3	ARG	ARG	ARG	ARG	3	D	D	111	111
15	4	3	ARG	ARG	ARG	ARG	3	G	G	111	111
16	4	3	ARG	ARG	ARG	ARG	3	J	J	111	111
17	5	3	GLY	GLY	ALA	ALA	1	A	A	112 - 139	112 - 139
18	5	3	GLY	GLY	ALA	ALA	1	D	D	112 - 139	112 - 139
19	5	3	GLY	GLY	ALA	ALA	1	G	G	112 - 139	112 - 139
20	5	3	GLY	GLY	ALA	ALA	1	J	J	112 - 139	112 - 139
21	6	3	ALA	ALA	THR	THR	1	A	A	140 - 143	140 - 143
22	6	3	ALA	ALA	THR	THR	1	D	D	140 - 143	140 - 143
23	6	3	ALA	ALA	THR	THR	1	G	G	140 - 143	140 - 143
24	6	3	ALA	ALA	THR	THR	1	J	J	140 - 143	140 - 143
25	7	3	ARG	ARG	LYS	LYS	3	A	A	144 - 146	144 - 146
26	7	3	ARG	ARG	LYS	LYS	3	D	D	144 - 146	144 - 146
27	7	3	ARG	ARG	LYS	LYS	3	G	G	144 - 146	144 - 146
28	7	3	ARG	ARG	LYS	LYS	3	J	J	144 - 146	144 - 146
29	8	3	TRP	TRP	GLU	GLU	1	A	A	147 - 148	147 - 148
30	8	3	TRP	TRP	GLU	GLU	1	D	D	147 - 148	147 - 148
31	8	3	TRP	TRP	GLU	GLU	1	G	G	147 - 148	147 - 148
32	8	3	TRP	TRP	GLU	GLU	1	J	J	147 - 148	147 - 148
1	1	4	GLN	GLN	GLN	GLN	3	A	A	149	149
2	1	4	GLN	GLN	GLN	GLN	3	D	D	149	149
3	1	4	GLN	GLN	GLN	GLN	3	G	G	149	149
4	1	4	GLN	GLN	GLN	GLN	3	J	J	149	149
5	2	4	SER	SER	GLU	GLU	1	A	A	150 - 154	150 - 154
6	2	4	SER	SER	GLU	GLU	1	D	D	150 - 154	150 - 154
7	2	4	SER	SER	GLU	GLU	1	G	G	150 - 154	150 - 154
8	2	4	SER	SER	GLU	GLU	1	J	J	150 - 154	150 - 154
9	3	4	HIS	HIS	HIS	HIS	3	A	A	155	155
10	3	4	HIS	HIS	HIS	HIS	3	D	D	155	155
11	3	4	HIS	HIS	HIS	HIS	3	G	G	155	155
12	3	4	HIS	HIS	HIS	HIS	3	J	J	155	155
13	4	4	TYR	TYR	VAL	VAL	1	A	A	156 - 165	156 - 165
14	4	4	TYR	TYR	VAL	VAL	1	D	D	156 - 165	156 - 165
15	4	4	TYR	TYR	VAL	VAL	1	G	G	156 - 165	156 - 165
16	4	4	TYR	TYR	VAL	VAL	1	J	J	156 - 165	156 - 165
17	5	4	TRP	TRP	HIS	HIS	1	A	A	167 - 169	167 - 169
18	5	4	TRP	TRP	HIS	HIS	1	D	D	167 - 169	167 - 169
19	5	4	TRP	TRP	HIS	HIS	1	G	G	167 - 169	167 - 169
20	5	4	TRP	TRP	HIS	HIS	1	J	J	167 - 169	167 - 169
21	6	4	ARG	ARG	ARG	ARG	3	A	A	170	170
22	6	4	ARG	ARG	ARG	ARG	3	D	D	170	170
23	6	4	ARG	ARG	ARG	ARG	3	G	G	170	170
24	6	4	ARG	ARG	ARG	ARG	3	J	J	170	170
25	7	4	TYR	TYR	ASN	ASN	1	A	A	171 - 174	171 - 174
26	7	4	TYR	TYR	ASN	ASN	1	D	D	171 - 174	171 - 174
27	7	4	TYR	TYR	ASN	ASN	1	G	G	171 - 174	171 - 174
28	7	4	TYR	TYR	ASN	ASN	1	J	J	171 - 174	171 - 174
29	8	4	ASP	ASP	LYS	LYS	6	A	A	183 - 186	183 - 186
30	8	4	ASP	ASP	LYS	LYS	6	D	D	183 - 186	183 - 186
31	8	4	ASP	ASP	LYS	LYS	6	G	G	183 - 186	183 - 186
32	8	4	ASP	ASP	LYS	LYS	6	J	J	183 - 186	183 - 186
1	1	5	ALA	ALA	HIS	HIS	1	A	A	187 - 192	187 - 192
2	1	5	ALA	ALA	HIS	HIS	1	D	D	187 - 192	187 - 192
3	1	5	ALA	ALA	HIS	HIS	1	G	G	187 - 192	187 - 192
4	1	5	ALA	ALA	HIS	HIS	1	J	J	187 - 192	187 - 192
5	2	5	THR	THR	GLN	GLN	1	A	A	200 - 218	200 - 218
6	2	5	THR	THR	GLN	GLN	1	D	D	200 - 218	200 - 218
7	2	5	THR	THR	GLN	GLN	1	G	G	200 - 218	200 - 218
8	2	5	THR	THR	GLN	GLN	1	J	J	200 - 218	200 - 218
9	3	5	LEU	LEU	GLN	GLN	1	A	A	224 - 226	224 - 226
10	3	5	LEU	LEU	GLN	GLN	1	D	D	224 - 226	224 - 226
11	3	5	LEU	LEU	GLN	GLN	1	G	G	224 - 226	224 - 226
12	3	5	LEU	LEU	GLN	GLN	1	J	J	224 - 226	224 - 226
13	4	5	ASP	ASP	GLU	GLU	3	A	A	227 - 229	227 - 229
14	4	5	ASP	ASP	GLU	GLU	3	D	D	227 - 229	227 - 229
15	4	5	ASP	ASP	GLU	GLU	3	G	G	227 - 229	227 - 229
16	4	5	ASP	ASP	GLU	GLU	3	J	J	227 - 229	227 - 229
17	5	5	LEU	LEU	VAL	VAL	1	A	A	230 - 231	230 - 231
18	5	5	LEU	LEU	VAL	VAL	1	D	D	230 - 231	230 - 231
19	5	5	LEU	LEU	VAL	VAL	1	G	G	230 - 231	230 - 231
20	5	5	LEU	LEU	VAL	VAL	1	J	J	230 - 231	230 - 231
21	6	5	GLU	GLU	GLU	GLU	3	A	A	232	232
22	6	5	GLU	GLU	GLU	GLU	3	D	D	232	232
23	6	5	GLU	GLU	GLU	GLU	3	G	G	232	232
24	6	5	GLU	GLU	GLU	GLU	3	J	J	232	232
25	7	5	THR	THR	VAL	VAL	1	A	A	233 - 249	233 - 249
26	7	5	THR	THR	VAL	VAL	1	D	D	233 - 249	233 - 249
27	7	5	THR	THR	VAL	VAL	1	G	G	233 - 249	233 - 249
28	7	5	THR	THR	VAL	VAL	1	J	J	233 - 249	233 - 249
29	8	5	TYR	TYR	CYS	CYS	1	A	A	257 - 259	257 - 259
30	8	5	TYR	TYR	CYS	CYS	1	D	D	257 - 259	257 - 259
31	8	5	TYR	TYR	CYS	CYS	1	G	G	257 - 259	257 - 259
32	8	5	TYR	TYR	CYS	CYS	1	J	J	257 - 259	257 - 259
1	1	6	ARG	ARG	ARG	ARG	3	A	A	260	260
2	1	6	ARG	ARG	ARG	ARG	3	D	D	260	260
3	1	6	ARG	ARG	ARG	ARG	3	G	G	260	260
4	1	6	ARG	ARG	ARG	ARG	3	J	J	260	260
5	2	6	VAL	VAL	HIS	HIS	1	A	A	261 - 263	261 - 263
6	2	6	VAL	VAL	HIS	HIS	1	D	D	261 - 263	261 - 263
7	2	6	VAL	VAL	HIS	HIS	1	G	G	261 - 263	261 - 263
8	2	6	VAL	VAL	HIS	HIS	1	J	J	261 - 263	261 - 263
9	3	6	GLU	GLU	GLU	GLU	6	A	A	264	264
10	3	6	GLU	GLU	GLU	GLU	6	D	D	264	264
11	3	6	GLU	GLU	GLU	GLU	6	G	G	264	264
12	3	6	GLU	GLU	GLU	GLU	6	J	J	264	264
13	4	6	GLY	GLY	LEU	LEU	1	A	A	265 - 272	265 - 272
14	4	6	GLY	GLY	LEU	LEU	1	D	D	265 - 272	265 - 272
15	4	6	GLY	GLY	LEU	LEU	1	G	G	265 - 272	265 - 272
16	4	6	GLY	GLY	LEU	LEU	1	J	J	265 - 272	265 - 272
1	1	7	GLN	GLN	PRO	PRO	1	B	B	2 - 15	2 - 15
2	1	7	GLN	GLN	PRO	PRO	1	E	E	2 - 15	2 - 15
3	1	7	GLN	GLN	PRO	PRO	1	H	H	2 - 15	2 - 15
4	1	7	GLN	GLN	PRO	PRO	1	K	K	2 - 15	2 - 15
5	2	7	GLU	GLU	GLU	GLU	3	B	B	16	16
6	2	7	GLU	GLU	GLU	GLU	3	E	E	16	16
7	2	7	GLU	GLU	GLU	GLU	3	H	H	16	16
8	2	7	GLU	GLU	GLU	GLU	3	K	K	16	16
9	3	7	ASN	ASN	GLY	GLY	1	B	B	17 - 18	17 - 18
10	3	7	ASN	ASN	GLY	GLY	1	E	E	17 - 18	17 - 18
11	3	7	ASN	ASN	GLY	GLY	1	H	H	17 - 18	17 - 18
12	3	7	ASN	ASN	GLY	GLY	1	K	K	17 - 18	17 - 18
13	4	7	LYS	LYS	LYS	LYS	3	B	B	19	19
14	4	7	LYS	LYS	LYS	LYS	3	E	E	19	19
15	4	7	LYS	LYS	LYS	LYS	3	H	H	19	19
16	4	7	LYS	LYS	LYS	LYS	3	K	K	19	19
17	5	7	PRO	PRO	PRO	PRO	1	B	B	20 - 47	20 - 47
18	5	7	PRO	PRO	PRO	PRO	1	E	E	20 - 47	20 - 47
19	5	7	PRO	PRO	PRO	PRO	1	H	H	20 - 47	20 - 47
20	5	7	PRO	PRO	PRO	PRO	1	K	K	20 - 47	20 - 47
21	6	7	LYS	LYS	LYS	LYS	3	B	B	48	48
22	6	7	LYS	LYS	LYS	LYS	3	E	E	48	48
23	6	7	LYS	LYS	LYS	LYS	3	H	H	48	48
24	6	7	LYS	LYS	LYS	LYS	3	K	K	48	48
25	7	7	VAL	VAL	SER	SER	1	B	B	49 - 57	49 - 57
26	7	7	VAL	VAL	SER	SER	1	E	E	49 - 57	49 - 57
27	7	7	VAL	VAL	SER	SER	1	H	H	49 - 57	49 - 57
28	7	7	VAL	VAL	SER	SER	1	K	K	49 - 57	49 - 57
29	8	7	LYS	LYS	LYS	LYS	3	B	B	58	58
30	8	7	LYS	LYS	LYS	LYS	3	E	E	58	58
31	8	7	LYS	LYS	LYS	LYS	3	H	H	58	58
32	9	7	ASP	ASP	ALA	ALA	1	K	K	59 - 88	59 - 88
33	10	7	GLU	GLU	LYS	LYS	3	B	B	89 - 91	89 - 91
34	10	7	GLU	GLU	LYS	LYS	3	E	E	89 - 91	89 - 91
35	10	7	GLU	GLU	LYS	LYS	3	H	H	89 - 91	89 - 91
36	10	7	GLU	GLU	LYS	LYS	3	K	K	89 - 91	89 - 91
37	11	7	THR	THR	ASP	ASP	1	B	B	92 - 98	92 - 98
38	11	7	THR	THR	ASP	ASP	1	E	E	92 - 98	92 - 98
39	11	7	THR	THR	ASP	ASP	1	H	H	92 - 98	92 - 98
40	11	7	THR	THR	ASP	ASP	1	K	K	92 - 98	92 - 98
1	1	8	LYS	LYS	MET	MET	6	C	C	1 - 9	1 - 9
2	1	8	LYS	LYS	MET	MET	6	F	F	1 - 9	1 - 9
3	1	8	LYS	LYS	MET	MET	6	I	I	1 - 9	1 - 9
4	1	8	LYS	LYS	MET	MET	6	L	L	1 - 9	1 - 9

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8

#1: タンパク質	H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain / H-2DB 分子量: 32087.703 Da / 分子数: 4 / 断片: Extracellular part / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: H2-D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01899
#2: タンパク質	Beta-2-microglobulin 分子量: 11704.359 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: B2M / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01887
#3: タンパク質・ペプチド	nonameric peptide, gp33 derived from lymphocytic choriomeningitis virus 分子量: 1045.232 Da / 分子数: 4 / Mutation: C9M / 由来タイプ: 合成 / 詳細: THE PEPTIDE WAS CHEMICALLY SYNTHESIZED / 参照: UniProt: Q9QDK7
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 3.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.73 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Ammonium sulfate, ethylene glycol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

結晶化

*PLUS

pH: 7

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細
1	1.8 M	ammonium sulfate	1	reservoir
2	0.1 M	Tris-Cl	1	reservoir	pH8.5
3	3-4 %	ethylene glycol	1	reservoir
4	6 mg/ml	protein	1	drop
5	20 mM	Tris-Cl	1	drop	pH7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 1.0292 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年9月28日
放射	モノクロメーター: Si(III) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0292 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.85→20 Å / Num. all: 46560 / Num. obs: 46560 / % possible obs: 92.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.9 % / B_iso Wilson estimate: 63.9 Å² / R_sym value: 0.096 / Net I/σ(I): 12
反射シェル	解像度: 2.85→2.9 Å / 冗長度: 2.9 % / Mean I/σ(I) obs: 9.8 / Num. unique all: 2453 / R_sym value: 0.254 / % possible all: 94.4
反射	PLUS 最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 135354 / R_merge(I) obs*: 0.096
反射シェル	PLUS % possible obs: 98 % / R_merge(I) obs*: 0.254

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定
REFMAC	5	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1HOC

1hoc

解像度: 2.85→19.92 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.868 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.835 / SU B: 16.738 / SU ML: 0.338 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.438

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27861	2277	5 %	RANDOM
R_work	0.25128	-	-	-
all	0.2526	43227	-	-
obs	0.25264	43227	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.109 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.34 Å²	0 Å²	-2.6 Å²
2-	-	1.53 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.39 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.85→19.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12568	0	0	65	12633

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.031	0.021	12956
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.282	1.93	17585
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.38	3	1515
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	22.018	15	2288
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.133	0.2	1773
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	10168
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.31	0.3	6353
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.179	0.5	1223
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.428	0.3	157
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.355	0.5	16
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.672	1.5	7633
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.305	2	12310
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.912	3	5323
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.298	4.5	5275

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	392	tight positional	0.27	0.05
1	2	D	392	tight positional	0.24	0.05
1	3	G	392	tight positional	0.18	0.05
1	4	J	392	tight positional	0.16	0.05
2	1	A	594	tight positional	0.38	0.05
2	2	D	594	tight positional	0.43	0.05
2	3	G	594	tight positional	0.44	0.05
2	4	J	594	tight positional	0.36	0.05
3	1	A	1127	tight positional	0.15	0.05
3	2	D	1127	tight positional	0.1	0.05
3	3	G	1127	tight positional	0.11	0.05
3	4	J	1127	tight positional	0.12	0.05
4	1	A	1366	tight positional	0.11	0.05
4	2	D	1366	tight positional	0.12	0.05
4	3	G	1366	tight positional	0.13	0.05
4	4	J	1366	tight positional	0.2	0.05
5	1	A	1800	tight positional	0.15	0.05
5	2	D	1800	tight positional	0.14	0.05
5	3	G	1800	tight positional	0.1	0.05
5	4	J	1800	tight positional	0.09	0.05
6	1	A	1907	tight positional	0.08	0.05
6	2	D	1907	tight positional	0.09	0.05
6	3	G	1907	tight positional	0.06	0.05
6	4	J	1907	tight positional	0.05	0.05
7	1	B	2711	tight positional	0.09	0.05
7	2	E	2711	tight positional	0.05	0.05
7	3	H	2711	tight positional	0.06	0.05
7	4	K	2711	tight positional	0.05	0.05
8	1	C	2784	tight positional	0.06	0.05
8	2	F	2784	tight positional	0.11	0.05
8	3	I	2784	tight positional	0.09	0.05
8	4	L	2784	tight positional	0.07	0.05
1	1	A	21	loose positional	0.17	5
1	2	D	21	loose positional	0.15	5
1	3	G	21	loose positional	0.12	5
1	4	J	21	loose positional	0.14	5
2	1	A	21	loose positional	0.09	5
2	2	D	21	loose positional	0.09	5
2	3	G	21	loose positional	0.07	5
2	4	J	21	loose positional	0.08	5
3	1	A	21	loose positional	0.07	5
3	2	D	21	loose positional	0.06	5
3	3	G	21	loose positional	0.06	5
3	4	J	21	loose positional	0.06	5
4	1	A	21	loose positional	0.06	5
4	2	D	21	loose positional	0.06	5
4	3	G	21	loose positional	0.05	5
4	4	J	21	loose positional	0.05	5
5	1	A	21	loose positional	0.05	5
5	2	D	21	loose positional	0.05	5
5	3	G	21	loose positional	0.05	5
5	4	J	21	loose positional	0.05	5
6	1	A	21	loose positional	0.05	5
6	2	D	21	loose positional	0.05	5
6	3	G	21	loose positional	0.05	5
6	4	J	21	loose positional	0.05	5
7	1	B	21	loose positional	0.05	5
7	2	E	21	loose positional	0.05	5
7	3	H	21	loose positional	0.05	5
7	4	K	21	loose positional	0.05	5
8	1	C	21	loose positional	0.05	5
8	2	F	21	loose positional	0.05	5
8	3	I	21	loose positional	0.05	5
8	4	L	21	loose positional	0.05	5
1	1	A	392	tight thermal	0.13	0.5
1	2	D	392	tight thermal	0.15	0.5
1	3	G	392	tight thermal	0.13	0.5
1	4	J	392	tight thermal	0.14	0.5
2	1	A	594	tight thermal	1.19	0.5
2	2	D	594	tight thermal	1.25	0.5
2	3	G	594	tight thermal	1.16	0.5
2	4	J	594	tight thermal	1.2	0.5
3	1	A	1127	tight thermal	2.57	0.5
3	2	D	1127	tight thermal	2.63	0.5
3	3	G	1127	tight thermal	2.54	0.5
3	4	J	1127	tight thermal	2.58	0.5
4	1	A	1366	tight thermal	3.43	0.5
4	2	D	1366	tight thermal	3.46	0.5
4	3	G	1366	tight thermal	3.4	0.5
4	4	J	1366	tight thermal	3.43	0.5
5	1	A	1800	tight thermal	3.44	0.5
5	2	D	1800	tight thermal	3.46	0.5
5	3	G	1800	tight thermal	3.43	0.5
5	4	J	1800	tight thermal	3.45	0.5
6	1	A	1907	tight thermal	3.36	0.5
6	2	D	1907	tight thermal	3.37	0.5
6	3	G	1907	tight thermal	3.35	0.5
6	4	J	1907	tight thermal	3.36	0.5
7	1	B	2711	tight thermal	2.78	0.5
7	2	E	2711	tight thermal	2.78	0.5
7	3	H	2711	tight thermal	2.78	0.5
7	4	K	2711	tight thermal	2.78	0.5
8	1	C	2784	tight thermal	2.49	0.5
8	2	F	2784	tight thermal	2.5	0.5
8	3	I	2784	tight thermal	2.49	0.5
8	4	L	2784	tight thermal	2.5	0.5
1	1	A	21	loose thermal	1.81	10
1	2	D	21	loose thermal	1.61	10
1	3	G	21	loose thermal	2.99	10
1	4	J	21	loose thermal	1.44	10
2	1	A	21	loose thermal	23.18	10
2	2	D	21	loose thermal	21.88	10
2	3	G	21	loose thermal	29.81	10
2	4	J	21	loose thermal	20.66	10
3	1	A	21	loose thermal	82.96	10
3	2	D	21	loose thermal	80.6	10
3	3	G	21	loose thermal	94.07	10
3	4	J	21	loose thermal	78.32	10
4	1	A	21	loose thermal		10
4	2	D	21	loose thermal		10
4	3	G	21	loose thermal		10
4	4	J	21	loose thermal		10
5	1	A	21	loose thermal		10
5	2	D	21	loose thermal		10
5	3	G	21	loose thermal		10
5	4	J	21	loose thermal		10
6	1	A	21	loose thermal		10
6	2	D	21	loose thermal		10
6	3	G	21	loose thermal		10
6	4	J	21	loose thermal		10
7	1	B	21	loose thermal		10
7	2	E	21	loose thermal		10
7	3	H	21	loose thermal		10
7	4	K	21	loose thermal		10
8	1	C	21	loose thermal		10
8	2	F	21	loose thermal		10
8	3	I	21	loose thermal		10
8	4	L	21	loose thermal		10

LS精密化シェル

解像度: 2.85→2.922 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.376	146
R_work	0.313	3204

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1488	-0.3333	0.6446	1.4622	0.4155	2.1229	0.0614	0.1427	-0.0399	0.2995	-0.0167	-0.2761	0.1479	0.4298	-0.0446	0.223	-0.0765	0.1033	0.3426	0.0193	0.4295	-5.17	-2.968	25.896
2	3.5635	1.1666	3.9475	4.2004	3.4412	6.4711	-0.1386	0.0817	0.1029	-0.1815	0.1718	0.0838	-0.363	0.0628	-0.0332	0.1371	-0.105	0.1343	0.3945	0.0541	0.2561	-2.738	10.696	40.333
3	25.378	-8.1144	3.8234	3.9255	-0.8202	0.096	0.34	0.5698	1.1036	-0.7213	-0.7229	-0.3491	0.1676	0.4085	0.3829	0.3164	-0.0408	0.215	0.5278	0.2317	0.2749	-13.62	0.307	7.695
4	0.4573	0.2966	0.6183	1.2213	-0.0296	2.8327	0.0439	0.1821	-0.0867	0.1116	0.021	-0.2925	0.1561	0.5144	-0.0649	0.1869	-0.0127	0.1062	0.3651	-0.0532	0.3844	30.998	56.248	74.911
5	2.19	1.4896	2.9257	4.433	2.5361	7.1749	-0.0548	0.1782	0.0874	0.0962	0.1636	-0.2534	-0.5336	0.5734	-0.1087	0.2381	-0.083	0.18	0.3858	-0.0432	0.2352	34.648	69.627	89.321
6	33.3649	-8.271	3.3703	7.8424	0.1379	2.6091	-0.0496	2.0398	1.2777	-0.6834	-0.1241	-0.2388	0.2598	0.5179	0.1736	0.2713	-0.1322	0.1446	0.4364	0.0725	0.1442	23.717	60.863	56.799
7	3.4912	0.1215	-0.9127	3.1011	0.3947	2.4169	0.0921	0.0744	0.2563	-0.3244	0.0307	-0.6531	-0.017	0.541	-0.1228	0.216	0.0819	0.0985	0.3938	-0.0043	0.3877	-3.442	86.656	24.481
8	6.0463	-2.1595	-5.4938	2.4063	3.9214	7.1399	0.0912	0.1537	-0.4565	0.0387	0.0896	-0.139	0.2568	0.0279	-0.1809	0.3158	0.1228	0.0387	0.3999	-0.0163	0.3953	1.796	72.418	11.182
9	3.5351	10.0436	-8.664	8.0377	0.0954	-5.1287	1.0758	-3.089	-1.7138	0.6893	-1.2002	-0.6922	-0.014	0.9304	0.1244	0.2922	-0.0053	-0.0691	0.6149	0.1233	0.2693	-12.72	83.058	41.658
10	2.7811	0.7006	-0.6825	2.5104	0.2681	1.4335	-0.072	0.0208	-0.0125	0.0814	0.2465	-0.6373	-0.0309	0.3131	-0.1744	0.2324	0.1308	-0.0077	0.2832	-0.0885	0.3895	29.265	23.183	72.776
11	4.1758	-1.6838	-4.1673	1.6186	1.6585	6.2953	-0.1726	0.0461	-0.1338	0.1659	0.2403	-0.2794	0.5139	0.1414	-0.0677	0.2245	0.0792	0.0473	0.3626	-0.0907	0.312	33.392	9.565	58.822
12	50.4747	22.7172	-8.1796	9.5466	0.1284	-6.7831	1.1061	-2.8336	-1.7215	1.6552	-0.6715	-0.2798	-0.1386	0.4534	-0.4345	0.606	0.187	-0.0211	0.4027	0.1126	0.2072	19.681	19.147	89.807

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	2 - 182	2 - 182
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	183 - 273	183 - 273
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	1 - 98	1 - 98
4	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	1 - 9	1 - 9
5	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	2 - 182	2 - 182
6	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	183 - 273	183 - 273
7	X-RAY DIFFRACTION	5	E	E	1 - 98	1 - 98
8	X-RAY DIFFRACTION	6	F	F	1 - 9	1 - 9
9	X-RAY DIFFRACTION	7	G	G	2 - 182	2 - 182
10	X-RAY DIFFRACTION	7	G	G	183 - 273	183 - 273
11	X-RAY DIFFRACTION	8	H	H	1 - 98	1 - 98
12	X-RAY DIFFRACTION	9	I	I	1 - 9	1 - 9
13	X-RAY DIFFRACTION	10	J	J	2 - 182	2 - 182
14	X-RAY DIFFRACTION	10	J	J	183 - 273	183 - 273
15	X-RAY DIFFRACTION	11	K	K	1 - 98	1 - 98
16	X-RAY DIFFRACTION	12	L	L	1 - 9	1 - 9

精密化

*PLUS

R_factor R_free: 0.279 / R_factor R_work: 0.241 / 最低解像度: 20 Å

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.019
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.92

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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