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- PDB-1n4r: Protein Geranylgeranyltransferase type-I Complexed with a Geranyl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1n4r
タイトルProtein Geranylgeranyltransferase type-I Complexed with a Geranylgeranylated KKKSKTKCVIL Peptide Product
要素
  • Fusion protein consisting of transforming protein p21b and Ras related protein Rap-2b
  • Geranylgeranyl transferase type-1 subunit beta
  • Protein farnesyltransferase/geranylgeranyltransferase type-1 subunit alpha
キーワードTRANSFERASE / protein geranylgeranyltransferase type-I / GGTase / geranylgeranyl / protein prenylation / CaaX / lipid modification / rap2b
機能・相同性
機能・相同性情報


Apoptotic cleavage of cellular proteins / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / RAS processing / protein geranylgeranyltransferase activity / CAAX-protein geranylgeranyltransferase activity / CAAX-protein geranylgeranyltransferase complex / protein farnesylation / protein geranylgeranyltransferase type I / positive regulation of tubulin deacetylation / protein farnesyltransferase ...Apoptotic cleavage of cellular proteins / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / RAS processing / protein geranylgeranyltransferase activity / CAAX-protein geranylgeranyltransferase activity / CAAX-protein geranylgeranyltransferase complex / protein farnesylation / protein geranylgeranyltransferase type I / positive regulation of tubulin deacetylation / protein farnesyltransferase / protein farnesyltransferase activity / protein farnesyltransferase complex / Rab geranylgeranyltransferase activity / protein geranylgeranylation / positive regulation of skeletal muscle acetylcholine-gated channel clustering / negative regulation of nitric-oxide synthase biosynthetic process / microtubule associated complex / forebrain astrocyte development / heterocyclic compound binding / negative regulation of epithelial cell differentiation / regulation of synaptic transmission, GABAergic / type I pneumocyte differentiation / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / enzyme-linked receptor protein signaling pathway / Rac protein signal transduction / positive regulation of nitric-oxide synthase biosynthetic process / positive regulation of Rac protein signal transduction / skeletal muscle cell differentiation / Signaling by RAS GAP mutants / Signaling by RAS GTPase mutants / Activation of RAS in B cells / RAS signaling downstream of NF1 loss-of-function variants / RUNX3 regulates p14-ARF / SOS-mediated signalling / Activated NTRK3 signals through RAS / Activated NTRK2 signals through RAS / SHC1 events in ERBB4 signaling / alpha-tubulin binding / Signalling to RAS / positive regulation of cell cycle / SHC-related events triggered by IGF1R / Activated NTRK2 signals through FRS2 and FRS3 / glial cell proliferation / SHC-mediated cascade:FGFR2 / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / SHC-mediated cascade:FGFR3 / MET activates RAS signaling / Signaling by PDGFRA transmembrane, juxtamembrane and kinase domain mutants / Signaling by PDGFRA extracellular domain mutants / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / SHC-mediated cascade:FGFR4 / Signaling by FGFR4 in disease / Erythropoietin activates RAS / Signaling by CSF3 (G-CSF) / SHC-mediated cascade:FGFR1 / FRS-mediated FGFR2 signaling / protein-membrane adaptor activity / FRS-mediated FGFR3 signaling / Signaling by FLT3 ITD and TKD mutants / positive regulation of glial cell proliferation / Signaling by FGFR2 in disease / FRS-mediated FGFR4 signaling / p38MAPK events / Signaling by FGFR3 in disease / homeostasis of number of cells within a tissue / Tie2 Signaling / FRS-mediated FGFR1 signaling / striated muscle cell differentiation / GRB2 events in EGFR signaling / FLT3 Signaling / SHC1 events in EGFR signaling / EGFR Transactivation by Gastrin / Signaling by FLT3 fusion proteins / Signaling by FGFR1 in disease / GRB2 events in ERBB2 signaling / CD209 (DC-SIGN) signaling / Ras activation upon Ca2+ influx through NMDA receptor / NCAM signaling for neurite out-growth / SHC1 events in ERBB2 signaling / Downstream signal transduction / Constitutive Signaling by Overexpressed ERBB2 / Insulin receptor signalling cascade / response to cytokine / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / small monomeric GTPase / VEGFR2 mediated cell proliferation / FCERI mediated MAPK activation / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / RAF activation / Constitutive Signaling by EGFRvIII / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / Signaling by ERBB2 ECD mutants / MAP2K and MAPK activation / visual learning / Signaling by ERBB2 KD Mutants / Signaling by SCF-KIT / response to organic cyclic compound / G protein activity / receptor tyrosine kinase binding
類似検索 - 分子機能
Geranylgeranyl transferase type-1 subunit beta / Protein prenylyltransferase / Prenyltransferase subunit beta / Protein prenyltransferase, alpha subunit / Protein prenyltransferase alpha subunit repeat / Protein prenyltransferases alpha subunit repeat profile. / PFTB repeat / Prenyltransferase and squalene oxidase repeat / Glycosyltransferase - #20 / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid ...Geranylgeranyl transferase type-1 subunit beta / Protein prenylyltransferase / Prenyltransferase subunit beta / Protein prenyltransferase, alpha subunit / Protein prenyltransferase alpha subunit repeat / Protein prenyltransferases alpha subunit repeat profile. / PFTB repeat / Prenyltransferase and squalene oxidase repeat / Glycosyltransferase - #20 / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Glycosyltransferase / Alpha/alpha barrel / Small GTPase, Ras-type / small GTPase Ras family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
GERAN-8-YL GERAN / GTPase KRas / Geranylgeranyl transferase type-1 subunit beta / Protein farnesyltransferase/geranylgeranyltransferase type-1 subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Taylor, J.S. / Reid, T.S. / Casey, P.J. / Beese, L.S.
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 2003
タイトル: Structure of mammalian protein geranylgeranyltransferase type-I
著者: Taylor, J.S. / Reid, T.S. / Terry, K.L. / Casey, P.J. / Beese, L.S.
履歴
登録2002年11月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年6月28日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn / struct_ref / struct_ref_seq
Item: _entity.details / _entity.pdbx_description ..._entity.details / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Protein farnesyltransferase/geranylgeranyltransferase type-1 subunit alpha
B: Geranylgeranyl transferase type-1 subunit beta
C: Protein farnesyltransferase/geranylgeranyltransferase type-1 subunit alpha
D: Geranylgeranyl transferase type-1 subunit beta
E: Protein farnesyltransferase/geranylgeranyltransferase type-1 subunit alpha
F: Geranylgeranyl transferase type-1 subunit beta
G: Protein farnesyltransferase/geranylgeranyltransferase type-1 subunit alpha
H: Geranylgeranyl transferase type-1 subunit beta
I: Protein farnesyltransferase/geranylgeranyltransferase type-1 subunit alpha
J: Geranylgeranyl transferase type-1 subunit beta
K: Protein farnesyltransferase/geranylgeranyltransferase type-1 subunit alpha
L: Geranylgeranyl transferase type-1 subunit beta
M: Fusion protein consisting of transforming protein p21b and Ras related protein Rap-2b
N: Fusion protein consisting of transforming protein p21b and Ras related protein Rap-2b
O: Fusion protein consisting of transforming protein p21b and Ras related protein Rap-2b
P: Fusion protein consisting of transforming protein p21b and Ras related protein Rap-2b
Q: Fusion protein consisting of transforming protein p21b and Ras related protein Rap-2b
R: Fusion protein consisting of transforming protein p21b and Ras related protein Rap-2b
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)531,10549
ポリマ－527,07018
非ポリマー4,03531
水10,629590
1
A: Protein farnesyltransferase/geranylgeranyltransferase type-1 subunit alpha
B: Geranylgeranyl transferase type-1 subunit beta
M: Fusion protein consisting of transforming protein p21b and Ras related protein Rap-2b
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,4767
ポリマ－87,8453
非ポリマー6314
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8700 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area25490 Å2
手法PISA
2
C: Protein farnesyltransferase/geranylgeranyltransferase type-1 subunit alpha
D: Geranylgeranyl transferase type-1 subunit beta
N: Fusion protein consisting of transforming protein p21b and Ras related protein Rap-2b
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,5479
ポリマ－87,8453
非ポリマー7026
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9030 Å2
ΔGint-95 kcal/mol
Surface area25750 Å2
手法PISA
3
E: Protein farnesyltransferase/geranylgeranyltransferase type-1 subunit alpha
F: Geranylgeranyl transferase type-1 subunit beta
O: Fusion protein consisting of transforming protein p21b and Ras related protein Rap-2b
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,5128
ポリマ－87,8453
非ポリマー6675
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8920 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area25710 Å2
手法PISA
4
G: Protein farnesyltransferase/geranylgeranyltransferase type-1 subunit alpha
H: Geranylgeranyl transferase type-1 subunit beta
P: Fusion protein consisting of transforming protein p21b and Ras related protein Rap-2b
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,5479
ポリマ－87,8453
非ポリマー7026
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9050 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area25640 Å2
手法PISA
5
I: Protein farnesyltransferase/geranylgeranyltransferase type-1 subunit alpha
J: Geranylgeranyl transferase type-1 subunit beta
Q: Fusion protein consisting of transforming protein p21b and Ras related protein Rap-2b
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,5128
ポリマ－87,8453
非ポリマー6675
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8970 Å2
ΔGint-86 kcal/mol
Surface area26030 Å2
手法PISA
6
K: Protein farnesyltransferase/geranylgeranyltransferase type-1 subunit alpha
L: Geranylgeranyl transferase type-1 subunit beta
R: Fusion protein consisting of transforming protein p21b and Ras related protein Rap-2b
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,5128
ポリマ－87,8453
非ポリマー6675
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9020 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area26260 Å2
手法PISA
7
A: Protein farnesyltransferase/geranylgeranyltransferase type-1 subunit alpha
B: Geranylgeranyl transferase type-1 subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,9215
ポリマ－86,5642
非ポリマー3573
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
8
C: Protein farnesyltransferase/geranylgeranyltransferase type-1 subunit alpha
D: Geranylgeranyl transferase type-1 subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,9927
ポリマ－86,5642
非ポリマー4285
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
9
E: Protein farnesyltransferase/geranylgeranyltransferase type-1 subunit alpha
F: Geranylgeranyl transferase type-1 subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,9566
ポリマ－86,5642
非ポリマー3924
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
10
G: Protein farnesyltransferase/geranylgeranyltransferase type-1 subunit alpha
H: Geranylgeranyl transferase type-1 subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,9927
ポリマ－86,5642
非ポリマー4285
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
11
I: Protein farnesyltransferase/geranylgeranyltransferase type-1 subunit alpha
J: Geranylgeranyl transferase type-1 subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,9566
ポリマ－86,5642
非ポリマー3924
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
12
K: Protein farnesyltransferase/geranylgeranyltransferase type-1 subunit alpha
L: Geranylgeranyl transferase type-1 subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,9566
ポリマ－86,5642
非ポリマー3924
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)272.068, 268.801, 185.310
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 131.55, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11L-867-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 12分子 ACEGIKBDFHJL

#1: タンパク質
Protein farnesyltransferase/geranylgeranyltransferase type-1 subunit alpha / CAAX farnesyltransferase subunit alpha / FTase-alpha / Ras proteins prenyltransferase subunit alpha ...CAAX farnesyltransferase subunit alpha / FTase-alpha / Ras proteins prenyltransferase subunit alpha / Type I protein geranyl-geranyltransferase subunit alpha / GGTase-I-alpha


分子量: 44098.145 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Fnta / プラスミド: ATCC 63134
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q04631, protein farnesyltransferase, protein geranylgeranyltransferase type I
#2: タンパク質
Geranylgeranyl transferase type-1 subunit beta / Geranylgeranyl transferase type I subunit beta / GGTase-I-beta / Type I protein geranyl- ...Geranylgeranyl transferase type I subunit beta / GGTase-I-beta / Type I protein geranyl-geranyltransferase subunit beta


分子量: 42466.176 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Pggt1b / プラスミド: ATCC 63134
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P53610, protein geranylgeranyltransferase type I

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 6分子 MNOPQR

#3: タンパク質・ペプチド
Fusion protein consisting of transforming protein p21b and Ras related protein Rap-2b / KKKSKTKCVIL Peptide Product


分子量: 1280.685 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成
詳細: THE PEPTIDE WAS CHEMICALLY SYNTHESIZED. THE GERANYLGERANYL LIPID WAS ADDED BY THE ENZYME.
由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01116*PLUS

-
非ポリマー , 6種, 621分子

#4: 化合物
ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 化合物
ChemComp-GER / GERAN-8-YL GERAN / (6E,10E)-3,7,11,15-テトラメチル-2,6,10,14-ヘキサデカテトラエン


分子量: 274.484 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H34
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 590 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 5.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.32 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3
詳細: ammonium sulfate, sodium citrate, dithiothreitol , pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
結晶化
*PLUS
温度: 17 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
115 mg/mlprotein1drop
21.3 Mammonium sulfate1reservoir
3175 mM1reservoirpH6.5Na3 citrate
420 mMdithiothreitol1reservoir
5100 mMMES1reservoirpH6.3

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12B / 波長: 1.00008 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年6月12日 / 詳細: toroidal mirror
放射モノクロメーター: Si(III) crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00008 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→29.86 Å / Num. all: 242134 / Num. obs: 242134 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 55.1 Å2 / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Rsym value: 0.432 / % possible all: 98
反射
*PLUS
最低解像度: 30 Å / Num. obs: 240519 / Num. measured all: 785048 / Rmerge(I) obs: 0.074
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98 % / Rmerge(I) obs: 0.432

-
解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→29.86 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: ncs restraints employed during refinement
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.218 12102 5 %RANDOM
Rwork0.2 ---
obs0.2 241366 99.1 %-
all-242097 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 46.5361 Å2 / ksol: 0.357209 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 54.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.56 Å20 Å2-4.7 Å2
2--11.3 Å20 Å2
3----5.73 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.36 Å0.33 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.55 Å0.51 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→29.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数32304 0 235 590 33129
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
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X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
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X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
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X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.79
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.241.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.142
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.882
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.012.5
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.327 1934 4.9 %
Rwork0.31 37653 -
obs--97.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER_REP.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMMES.TOP
X-RAY DIFFRACTION4MES.PARION.TOP
X-RAY DIFFRACTION5GG-CYS.PARGG-CYS.TOP
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.217 / Rfactor Rwork: 0.198
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.18
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg20.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.79
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.329 / Rfactor Rwork: 0.314

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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