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万見
- PDB-1n4n: Structure of the Plant Defensin PhD1 from Petunia Hybrida -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1n4n
タイトルStructure of the Plant Defensin PhD1 from Petunia Hybrida
要素floral defensin-like protein 1
キーワードPLANT PROTEIN / Cysteine-stabilised alpha-beta motif / fifth disulfide bond
機能・相同性
機能・相同性情報


vacuole / defense response to fungus / killing of cells of another organism / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Gamma-thionin family / Knottin, scorpion toxin-like / Knottin, scorpion toxin-like / Knottin, scorpion toxin-like superfamily / Defensin A-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Floral defensin-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Petunia x hybrida (ナス科)
手法溶液NMR / Torsion angle simulated annealing protocol, incorporated in CNS. Refinement in a box with explicit water molecules using the method of Linge, Nilges (1999)
データ登録者Janssen, B.J.C. / Schirra, H.J. / Lay, F.T. / Anderson, M.A. / Craik, D.J.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003
タイトル: Structure of Petunia hybrida defensin 1, a novel plant defensin with five disulfide bonds
著者: Janssen, B.J.C. / Schirra, H.J. / Lay, F.T. / Anderson, M.A. / Craik, D.J.
履歴
登録2002年11月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年11月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: floral defensin-like protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,2221
ポリマ－5,2221
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 50structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
代表モデルモデル #19lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド floral defensin-like protein 1 / PhD1


分子量: 5222.335 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-47 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Petunia x hybrida (ナス科) / 参照: UniProt: Q8H6Q1
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
121DQF-COSY
1322D NOESY
142E-COSY
2512D NOESY
261DQF-COSY
NMR実験の詳細Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.94mM 1H-PhD190% H2O/10% D2O
20.94mM 1H-PhD199% D2O, 1% H2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
10.94mM 3.1ambient 310 K
20.94mM 3.1ambient 280 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DMX / 製造業者: Bruker / モデル: DMX / 磁場強度: 750 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR2.6Brukercollection
XwinNMR2.6Bruker解析
CCNMRglxccExplorerCieslar & Kalusデータ解析
X-PLOR3.851Brunger構造決定
CNS1.1Brunger構造決定
CNS1.1Brunger精密化
精密化手法: Torsion angle simulated annealing protocol, incorporated in CNS. Refinement in a box with explicit water molecules using the method of Linge, Nilges (1999)
ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are based on 407 NOE-derived inter-residual distance constraints, 26 phi- and 28 chi1- angle constraints, and 30 distance constraints for 15 hydrogen bonds.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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