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- PDB-1n4k: Crystal structure of the inositol 1,4,5-trisphosphate receptor bi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1n4k
タイトルCrystal structure of the inositol 1,4,5-trisphosphate receptor binding core in complex with IP3
要素Inositol 1,4,5-trisphosphate receptor type 1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / IP3 RECEPTOR / IP3-BINDING CORE / CALCIUM CHANNEL / PROTEIN-LIGAND COMPLEX / B-TREFOIL FOLD / ARMADILLO-LIKE FOLD
機能・相同性
機能・相同性情報


cGMP effects / Effects of PIP2 hydrolysis / inositol 1,4,5-trisphosphate receptor activity involved in regulation of postsynaptic cytosolic calcium levels / Elevation of cytosolic Ca2+ levels / release of sequestered calcium ion into cytosol by endoplasmic reticulum / platelet dense tubular network / calcineurin complex / platelet dense granule membrane / : / epithelial fluid transport ...cGMP effects / Effects of PIP2 hydrolysis / inositol 1,4,5-trisphosphate receptor activity involved in regulation of postsynaptic cytosolic calcium levels / Elevation of cytosolic Ca2+ levels / release of sequestered calcium ion into cytosol by endoplasmic reticulum / platelet dense tubular network / calcineurin complex / platelet dense granule membrane / : / epithelial fluid transport / phospholipase C-activating G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / inositol 1,4,5-trisphosphate-gated calcium channel activity / calcium import into the mitochondrion / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / voluntary musculoskeletal movement / inositol 1,4,5 trisphosphate binding / Ion homeostasis / negative regulation of calcium-mediated signaling / endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / nuclear inner membrane / transport vesicle membrane / ligand-gated ion channel signaling pathway / intracellularly gated calcium channel activity / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / single fertilization / regulation of cytosolic calcium ion concentration / calcium channel inhibitor activity / release of sequestered calcium ion into cytosol / phosphatidylinositol binding / sarcoplasmic reticulum / post-embryonic development / cell morphogenesis / positive regulation of insulin secretion / Schaffer collateral - CA1 synapse / calcium ion transport / nuclear envelope / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / protein homotetramerization / response to hypoxia / postsynaptic density / positive regulation of apoptotic process / protein domain specific binding / synapse / endoplasmic reticulum membrane / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / protein-containing complex / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
IP3 receptor type 1 binding core, RIH domain / Inositol 1,4,5-trisphosphate receptor / RyR/IP3 receptor binding core, RIH domain superfamily / RyR/IP3R Homology associated domain / Inositol 1,4,5-trisphosphate/ryanodine receptor / RIH domain / RyR and IP3R Homology associated / Inositol 1,4,5-trisphosphate/ryanodine receptor / RIH domain / : ...IP3 receptor type 1 binding core, RIH domain / Inositol 1,4,5-trisphosphate receptor / RyR/IP3 receptor binding core, RIH domain superfamily / RyR/IP3R Homology associated domain / Inositol 1,4,5-trisphosphate/ryanodine receptor / RIH domain / RyR and IP3R Homology associated / Inositol 1,4,5-trisphosphate/ryanodine receptor / RIH domain / : / MIR motif / MIR domain / MIR domain profile. / Domain in ryanodine and inositol trisphosphate receptors and protein O-mannosyltransferases / Mir domain superfamily / Leucine-rich Repeat Variant / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Ion transport domain / Ion transport protein / Alpha Horseshoe / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
D-MYO-INOSITOL-1,4,5-TRIPHOSPHATE / Inositol 1,4,5-trisphosphate-gated calcium channel ITPR1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Bosanac, I. / Alattia, J.R. / Mal, T.K. / Chan, J. / Talarico, S. / Tong, F.K. / Tong, K.I. / Yoshikawa, F. / Furuichi, T. / Iwai, M. ...Bosanac, I. / Alattia, J.R. / Mal, T.K. / Chan, J. / Talarico, S. / Tong, F.K. / Tong, K.I. / Yoshikawa, F. / Furuichi, T. / Iwai, M. / Michikawa, T. / Mikoshiba, K. / Ikura, M.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2002
タイトル: Structure of the inositol 1,4,5-trisphosphate receptor binding core in complex with its ligand.
著者: Bosanac, I. / Alattia, J.R. / Mal, T.K. / Chan, J. / Talarico, S. / Tong, F.K. / Tong, K.I. / Yoshikawa, F. / Furuichi, T. / Iwai, M. / Michikawa, T. / Mikoshiba, K. / Ikura, M.
履歴
登録2002年10月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inositol 1,4,5-trisphosphate receptor type 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,0232
ポリマ－43,6031
非ポリマー4201
水2,522140
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)44.101, 90.420, 207.117
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Inositol 1,4,5-trisphosphate receptor type 1 / Type 1 inositol 1 / 4 / 5- trisphosphate receptor / Type 1 InsP3 receptor / IP3 receptor isoform 1 ...Type 1 inositol 1 / 4 / 5- trisphosphate receptor / Type 1 InsP3 receptor / IP3 receptor isoform 1 / InsP3R1 / Inositol 1 / 4 / 5-trisphosphate-binding protein P400 / Purkinje cell protein 1


分子量: 43603.270 Da / 分子数: 1 / 断片: IP3-binding core / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: ITPR1 OR INSP3R / プラスミド: PGEX-2T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21-CodonPlus(DE3) / 参照: UniProt: P11881
#2: 化合物 ChemComp-I3P / D-MYO-INOSITOL-1,4,5-TRIPHOSPHATE / イノシト-ル1,4,5-トリスりん酸


分子量: 420.096 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15O15P3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.03 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: MES, PEG 3350, ammonium formate, TCEP, dioxane, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
結晶化
*PLUS
pH: 8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
120 mg/mlprotein1drop
215 mMTris-HCl1droppH8.0
3300 mM1dropNa2SO4
42 mMTris(2-carboxyethyl)phosphine1drop
550 %InsP31dropmolar excess
6100 mMMES1reservoirpH6.0
720 %PEG33501reservoir
80.2 M1reservoirCH5NO3
92-5 %dioxane1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.95 Å
検出器タイプ: OXFORD PX210 / 検出器: CCD / 日付: 2001年11月12日
放射モノクロメーター: rotated-inclined double crystal as a monochrometer
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→37.82 Å / Num. all: 21569 / Num. obs: 20991 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 20.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / Rmerge(I) obs: 0.219 / Mean I/σ(I) obs: 8.4 / % possible all: 80.8
反射
*PLUS
最低解像度: 42 Å / Num. measured all: 136748
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 80.8 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
d*TREKデータスケーリング
d*TREKデータ削減
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.2→37.82 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 2424922.97 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 2060 9.8 %RANDOM
Rwork0.224 ---
obs0.224 20935 97.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 41.0907 Å2 / ksol: 0.36677 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 34.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.05 Å20 Å20 Å2
2--0.99 Å20 Å2
3----2.04 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.31 Å / Luzzati sigma a free: 0.23 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→37.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2355 0 24 140 2519
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.63
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.581.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.552
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.42
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.552.5
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 281 9.3 %
Rwork0.226 2745 -
obs-3026 86 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2I3P_XPLOR_PAR.TXTI3P_XPLOR_TOP.TXT
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER_REP.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 40 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rfree: 0.25
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.066
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg21.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.63

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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