+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1n43 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Streptavidin Mutant N23A with biotin at 1.89A | ||||||
![]() | Streptavidin | ||||||
![]() | Biotin-binding protein / tetramer | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Le Trong, I. / Freitag, S. / Klumb, L.A. / Chu, V. / Stayton, P.S. / Stenkamp, R.E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural studies of hydrogen bonds in the high-affinity streptavidin-biotin complex: mutations of amino acids interacting with the ureido oxygen of biotin. 著者: Le Trong, I. / Freitag, S. / Klumb, L.A. / Chu, V. / Stayton, P.S. / Stenkamp, R.E. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 107.9 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 82.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 460.9 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 470.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 24.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 34.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13238.311 Da / 分子数: 4 / 断片: core streptavidin, residues 13-139 / 変異: N23A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: core streptavidin / プラスミド: pET21a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-BTN / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.06 % | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: MPD, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K | |||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年9月19日 / 詳細: mirrors |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.89→50 Å / Num. obs: 42295 / % possible obs: 71 % / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.07 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / Num. obs: 27213 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 43 % / Rmerge(I) obs: 0.25 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 同系置換 開始モデル: PDB ENTRY 1SWE 解像度: 1.89→10 Å / Num. parameters: 15735 / Num. restraintsaints: 14947 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Num. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 3923 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.89→10 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 10 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rfree: 0.301 / Rfactor Rwork: 0.195 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |