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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1n2c | ||||||
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タイトル | NITROGENASE COMPLEX FROM AZOTOBACTER VINELANDII STABILIZED BY ADP-TETRAFLUOROALUMINATE | ||||||
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![]() | COMPLEX OF NITROGENASE PROTEINS / NITROGENASE / NITROGEN FIXATION / SIGNAL TRANSDUCTION / ELECTRON TRANSFER / ATP HYDROLYSIS | ||||||
機能・相同性 | ![]() molybdenum-iron nitrogenase complex / nitrogenase / : / nitrogenase activity / nitrogen fixation / iron-sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Schindelin, H. / Kisker, C. / Rees, D.C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of ADP x AIF4(-)-stabilized nitrogenase complex and its implications for signal transduction. 著者: Schindelin, H. / Kisker, C. / Schlessman, J.L. / Howard, J.B. / Rees, D.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 544.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 444.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1min S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCS oper:
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要素
-NITROGENASE MOLYBDENUM-IRON ... , 2種, 4分子 ACBD
#1: タンパク質 | 分子量: 55231.848 Da / 分子数: 2 断片: CHAINS A AND C ARE THE ALPHA CHAINS, CHAINS B AND D ARE THE BETA CHAINS 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 59404.684 Da / 分子数: 2 断片: CHAINS A AND C ARE THE ALPHA CHAINS, CHAINS B AND D ARE THE BETA CHAINS 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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-タンパク質 , 1種, 4分子 EFGH
#3: タンパク質 | 分子量: 31417.045 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 詳細: 2\:1 COMPLEX OF HOMODIMERIC FE-PROTEIN AND HETEROTETRAMERIC MOFE-PROTEIN 由来: (天然) ![]() |
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-非ポリマー , 8種, 22分子 ![](data/chem/img/HCA.gif)
![](data/chem/img/CFM.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/CLF.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
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![](data/chem/img/CFM.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/CLF.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ALF.gif)
![](data/chem/img/ADP.gif)
![](data/chem/img/SF4.gif)
#4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 化合物 | #8: 化合物 | ChemComp-MG / #9: 化合物 | ChemComp-ALF / #10: 化合物 | ChemComp-ADP / #11: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.5 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.5 詳細: 16-20% PEG 8000, 0.1 M CACODYLATE PH 6.5 AND 20-50 MM MGCL2 | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: batch method | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年4月1日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→50 Å / Num. obs: 57735 / % possible obs: 73.8 % / 冗長度: 1.8 % / Rsym value: 0.098 / Net I/σ(I): 9.8 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.11 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.245 / % possible all: 28.8 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 104037 / Rmerge(I) obs: 0.098 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 28.8 % / Rmerge(I) obs: 0.245 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1MIN ![]() 1min 解像度: 3→50 Å / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: ONE B-FACTOR PER RESIDUE / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→50 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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