PDB-1n0s: ENGINEERED LIPOCALIN FLUA IN COMPLEX WITH FLUORESCEIN

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1n0s

タイトル

ENGINEERED LIPOCALIN FLUA IN COMPLEX WITH FLUORESCEIN

要素

Bilin-binding protein

キーワード

BINDING PROTEIN / PIERIS BRASSICAE / LIPOCALIN / ANTICALIN / PROTEIN ENGINEERING / fluorescein

機能・相同性

機能・相同性情報

pigment binding / response to reactive oxygen species / lipid metabolic process / extracellular region / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Pieris brassicae (オオモンシロチョウ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Korndoerfer, I.P. / Skerra, A.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2003
タイトル: Crystallographic analysis of an "anticalin" with tailored specificity for fluorescein reveals high structural plasticity of the lipocalin loop region.
著者: Korndorfer, I.P. / Beste, G. / Skerra, A.

履歴

登録	2002年10月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年8月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月28日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 999

SEQUENCE Swiss-Prot entry P09464 BBP_PIEBR is the sequence of the Bilin-binding protein (BBP) from ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1n0s.cif.gz	87 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1n0s.ent.gz	65.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1n0s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n0/1n0s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n0/1n0s	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1kxoS 1bbp 1lke 1lnm S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4tpw-2 4zhf-3 3t1d-1 4qae-5 4zhf-5 4zhh-6 4zhg-3 3tzs-3 3cbc-3 3tzs-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (4) #78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Bilin-binding protein

B: Bilin-binding protein

ヘテロ分子

42.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Bilin-binding protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
21.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Bilin-binding protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
21.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.797, 85.039, 66.059
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 106.18, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	A
4	1	B
5	1	A
6	1	B
7	1	A
8	1	B
9	1	A
10	1	B
11	1	A
12	1	B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 6

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ASP	ASP	TYR	TYR	A	A	1 - 32	1 - 32
2	1	ASP	ASP	TYR	TYR	B	B	1 - 32	1 - 32
3	2	LYS	LYS	THR	THR	A	A	41 - 48	41 - 48
4	2	LYS	LYS	THR	THR	B	B	41 - 48	41 - 48
5	3	VAL	VAL	ILE	ILE	A	A	54 - 62	54 - 62
6	3	VAL	VAL	ILE	ILE	B	B	54 - 62	54 - 62
7	4	TYR	TYR	ASP	ASP	A	A	67 - 118	67 - 118
8	4	TYR	TYR	ASP	ASP	B	B	67 - 118	67 - 118
9	5	LYS	LYS	SER	SER	A	A	121 - 132	121 - 132
10	5	LYS	LYS	SER	SER	B	B	121 - 132	121 - 132
11	6	THR	THR	GLY	GLY	A	A	143 - 151	143 - 151
12	6	THR	THR	GLY	GLY	B	B	143 - 151	143 - 151

詳細

FluA is a monomer in solution. The crystallographic dimer has probably no physiological relevance.

#1: タンパク質	Bilin-binding protein / BBP / anticalin flua 分子量: 21059.465 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pieris brassicae (オオモンシロチョウ) プラスミド: pbbp21-flua / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): jm83 / 参照: UniProt: P09464
#2: 化合物	ChemComp-FLU / 2-(6-HYDROXY-3-OXO-3H-XANTHEN-9-YL)-BENZOIC ACID / FLUORESCEIN / 2-(3-オキソ-6-ヒドロキシ-3H-キサンテン-9-イル)安息香酸分子量: 332.306 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₁₂O₅
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.1
詳細: 2.0 M (NH4)2SO4, 2% (w/v) PEG 400, 10 mM hepes/naoh, pH 8.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298 KK

結晶化

*PLUS

手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細
1	23 mg/ml	protein	1	drop
2	1 mM	fluorescein	1	drop
3	2.0 M	ammonium sulfate	1	reservoir
4	2 %(w/v)	PEG400	1	reservoir
5	10 mM	HEPES-NaOH	1	reservoir	pH8.1

-
データ収集

放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 2001年5月15日 / 詳細: osmic confocal maxflux
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→99 Å / Num. all: 29552 / Num. obs: 29552 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 5.39 % / R_sym value: 0.05 / Net I/σ(I): 17.64
反射シェル	解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 2.73 % / Mean I/σ(I) obs: 2.73 / Num. unique all: 2956 / R_sym value: 0.47 / % possible all: 96.1
反射	PLUS Num. measured all: 79526 / R_merge(I) obs*: 0.05
反射シェル	PLUS % possible obs: 96.1 % / R_merge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs*: 2.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345		データ収集
SCALEPACK		データスケーリング
EPMR		位相決定
REFMAC	5.1.19	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1kxo

1kxo

解像度: 2→63.25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / SU B: 4.365 / SU ML: 0.121 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.17 / ESU R Free: 0.163 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24328	1482	5 %	RANDOM
R_work	0.19314	-	-	-
obs	0.19562	27943	95.66 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.125 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.18 Å²	0 Å²	-0.09 Å²
2-	-	-0.6 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.73 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→63.25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2780	0	55	98	2933

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.021	2930
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.671	1.914	3984
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.472	5	344
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.147	0.2	390
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2282
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.24	0.3	979
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.182	0.5	258
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.273	0.3	34
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.248	0.5	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.072	2	1710
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.459	3	2758
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.454	2	1220
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.858	3	1226
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 1009 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
loose positional	0.3	5
loose thermal	1.31	10

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.295	114
R_work	0.244	2068

精密化

*PLUS

最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 99 Å / R_factor R_free: 0.243 / R_factor R_work: 0.193

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.015
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	2.671

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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