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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1mzw | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a U4/U6 snRNP complex between human spliceosomal cyclophilin H and a U4/U6-60K peptide | ||||||
![]() |
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![]() | ISOMERASE / cyclophilin / peptidyl-prolyl-cis/trans isomerase / spliceosome / snRNP / U4/U6-60K protein / WD protein | ||||||
機能・相同性 | ![]() spliceosomal snRNP complex / U4/U6 snRNP / RNA splicing, via transesterification reactions / U4 snRNA binding / U2-type precatalytic spliceosome / cyclosporin A binding / positive regulation of viral genome replication / RNA processing / U6 snRNA binding / protein peptidyl-prolyl isomerization ...spliceosomal snRNP complex / U4/U6 snRNP / RNA splicing, via transesterification reactions / U4 snRNA binding / U2-type precatalytic spliceosome / cyclosporin A binding / positive regulation of viral genome replication / RNA processing / U6 snRNA binding / protein peptidyl-prolyl isomerization / Cajal body / ribonucleoprotein complex binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / protein folding / protein-containing complex assembly / nuclear speck / intracellular membrane-bounded organelle / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Reidt, U. / Wahl, M.C. / Horowitz, D.S. / Luehrmann, R. / Ficner, R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of a complex between human spliceosomal cyclophilin H and a U4/U6 snRNP-60K peptide 著者: Reidt, U. / Wahl, M.C. / Fasshauer, D. / Horowitz, D.S. / Luehrmann, R. / Ficner, R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 57.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 41.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 360.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 361.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1qoiS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19230.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3498.044 Da / 分子数: 1 / Fragment: residues 107-137, internal domain / 由来タイプ: 合成 / 詳細: peptide B106-B136 was chemically synthesized / 参照: UniProt: O43172 |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.88 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: PEG 8000, magnesium acetate, HEPES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294.0K | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 21 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年11月10日 / 詳細: Osmic Mirrors |
放射 | モノクロメーター: Osmic Mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→100 Å / Num. obs: 55492 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Rsym value: 0.063 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.1 Å / Rsym value: 0.236 / % possible all: 99 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.1 Å / Num. obs: 13762 / Num. measured all: 55492 / Rmerge(I) obs: 0.063 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 2.2 Å / % possible obs: 99 % / Rmerge(I) obs: 0.236 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1QOI 解像度: 2→15 Å / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→15 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.1 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rfree: 0.257 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.275 / Rfactor Rwork: 0.212 |