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万見
- PDB-1mzr: Structure of dkga from E.coli at 2.13 A resolution solved by mole... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mzr
タイトルStructure of dkga from E.coli at 2.13 A resolution solved by molecular replacement
要素2,5-diketo-D-gluconate reductase A
キーワードOXIDOREDUCTASE / alpha/beta-barrel / aldo-ketoreductase / NADPH dependant / Bacterial targets at IGS-CNRS / France / BIGS / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


2,5-didehydrogluconate reductase (2-dehydro-D-gluconate-forming) / 2,5-didehydrogluconate reductase activity / methylglyoxal catabolic process / alcohol dehydrogenase (NADP+) activity / L-ascorbic acid biosynthetic process / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / aldose reductase (NADPH) activity / oxidoreductase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
Aldo/keto reductase family putative active site signature. / Aldo/keto reductase family signature 1. / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family signature 2. / Aldo/keto reductase, conserved site / Aldo-keto reductase / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily / TIM Barrel ...Aldo/keto reductase family putative active site signature. / Aldo/keto reductase family signature 1. / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family signature 2. / Aldo/keto reductase, conserved site / Aldo-keto reductase / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / 2,5-diketo-D-gluconic acid reductase A
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.13 Å
データ登録者Abergel, C. / Jeudy, S. / Monchois, V. / Claverie, J.M. / Bacterial targets at IGS-CNRS, France (BIGS)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2006
タイトル: Crystal structure of Escherichia coli DkgA, a broad-specificity aldo-keto reductase.
著者: Jeudy, S. / Monchois, V. / Maza, C. / Claverie, J.M. / Abergel, C.
履歴
登録2002年10月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2,5-diketo-D-gluconate reductase A
B: 2,5-diketo-D-gluconate reductase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,0329
ポリマ－67,3732
非ポリマー6597
水10,503583
1
A: 2,5-diketo-D-gluconate reductase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0615
ポリマ－33,6861
非ポリマー3744
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: 2,5-diketo-D-gluconate reductase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,9714
ポリマ－33,6861
非ポリマー2853
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)139.177, 145.697, 79.511
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-730-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 2,5-diketo-D-gluconate reductase A


分子量: 33686.398 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: yqhe / プラスミド: pDEST17 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q46857, 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 583 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.87 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: potassium phosphate, sodium phosphate, hepes, glycerol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110.2 mg/mlprotein1drop
220 mMMOPS1droppH8.0
31 mMbetaine1drop
42 Msodium potassium phosphate1reservoir
50.1 MHEPES1reservoirpH7.0
62.5 %glycerol1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年9月15日
放射モノクロメーター: monochromator 0.98 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.13→37.1 Å / Num. all: 43958 / Num. obs: 43958 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(F): 9 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 26.751 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 2.13→2.2 Å / 冗長度: 4.8 % / Num. unique all: 4340 / Rsym value: 0.282 / % possible all: 98.3
反射
*PLUS
最高解像度: 2.16 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. obs: 39423
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 96.7 % / Num. unique obs: 3932 / Rmerge(I) obs: 0.82 / Mean I/σ(I) obs: 2.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1A80

1a80


解像度: 2.13→19.91 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22 4271 -RANDOM
Rwork0.175 ---
all-43958 --
obs-43824 96.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 27 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.75 Å20 Å20 Å2
2--9.71 Å20 Å2
3----2.96 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.27 Å0.21 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.24 Å0.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.13→19.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4388 0 37 583 5008
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.89
LS精密化 シェル解像度: 2.13→2.2 Å / Rfactor Rfree error: 0.01
Rfactor反射数%反射
Rfree0.259 726 -
Rwork0.212 --
obs-6313 98.3 %
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.172 / Rfactor Rfree: 0.221 / Rfactor Rwork: 0.172 / 最高解像度: 2.16 Å / 最低解像度: 20 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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