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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1mwl | ||||||||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of geneticin bound to the eubacterial 16S rRNA A site | ||||||||||||||||||
要素 | 5'-R(*キーワード | RNA (リボ核酸) / AMINOGLYCOSIDE ANTIBIOTIC / GENETICIN-A-SITE COMPLEX / 16S RIBOSOMAL RNA (16SリボソームRNA) / Bulged adenines / UoU pairs | 機能・相同性 | G418 / リボ核酸 / RNA (> 10) | 機能・相同性情報 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | データ登録者 | Vicens, Q. / Westhof, E. | 引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003 タイトル: Crystal structure of geneticin bound to a bacterial 16S ribosomal RNA A site oligonucleotide 著者: Vicens, Q. / Westhof, E. #1: ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2002 タイトル: Crystal structure of a complex between the aminoglycoside tobramycin and an oligonucleotide containing the ribosomal decoding A site 著者: Vicens, Q. / Westhof, E. #2: ジャーナル: Structure / 年: 2001 タイトル: Crystal structure of paromomycin docked into the eubacterial ribosomal decoding A site 著者: Vicens, Q. / Westhof, E. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1mwl.cif.gz | 37 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1mwl.ent.gz | 26.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1mwl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mw/1mwl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mw/1mwl | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1lc4S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 7048.259 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 詳細: eubacterial 16S rRNA A site. The oligonucleotide contains two A sites. #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.91 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 310 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4 詳細: MPD, MAGNESIUM SULPHATE, POTASSIUM CHLORIDE, SODIUM CHLORIDE, SODIUM CACODYLATE, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 310K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 37 ℃ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 | 波長: 0.934 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.4→25 Å / Num. obs: 5466 / % possible obs: 88.8 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 65.5 Å2 / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 39.3 | ||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.49 Å / Mean I/σ(I) obs: 6.7 / Num. unique all: 566 / Rsym value: 0.211 / % possible all: 92.8 | ||||||||||||||||||
反射 | *PLUS Num. measured all: 24145 / Rmerge(I) obs: 0.062 | ||||||||||||||||||
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.4 Å / % possible obs: 92.8 % / Num. unique obs: 566 / Rmerge(I) obs: 0.211 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1LC4 (RNA ONLY) 解像度: 2.4→22.61 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.5 立体化学のターゲット値: G. Parkinson, J. Vojtechovsky, L. Clowney, A.T. Brunger, H.M. Berman, New parameters for the refinement of nucleic acid containing structures, Acta Cryst, D, 52, 57-64 (1996)
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 36.9452 Å2 / ksol: 0.314673 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 57.4 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error free: 0.39 Å / Luzzati sigma a free: 0.45 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→22.61 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.49 Å / Rfactor Rfree error: 0.119 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 25 Å / Rfactor Rfree: 0.25 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.4 Å |