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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1mw9 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of H365R mutant of 67 kDA N-terminal fragment of E. coli DNA Topoisomerase I | ||||||
![]() | DNA Topoisomerase I | ||||||
![]() | ISOMERASE / DNA TOPOISOMERASE / DECATENASE ENZYME / TOPRIM DOMAIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() DNA topoisomerase activity / DNA topoisomerase / DNA topoisomerase type I (single strand cut, ATP-independent) activity / DNA topological change / chromosome / DNA binding / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Perry, K. / Mondragon, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of a Complex between E. coli DNA Topoisomerase I and Single-Stranded DNA. 著者: Perry, K. / Mondragon, A. #1: ![]() タイトル: Three-dimensional structure of the 67K N-terminal fragment of E. coli DNA topoisomerase I 著者: Lima, C.D. / Wang, J.C. / Mondragon, A. | ||||||
履歴 |
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Remark 999 | SEQUENCE THE AUTHOR'S SEQUENCE HAS ASN AT POSITION 549, WHICH HAS BEEN CONFIRMED BY SEQUENCING THE GENE. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 138.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 108.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 66930.812 Da / 分子数: 1 / 断片: 67 kDa N-terminal fragment / 変異: H365R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.31 % |
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結晶化 | 温度: 287 K / 手法: dialysis / pH: 8 / 詳細: ammonium sulfate, pH 8, DIALYSIS, temperature 287K |
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 |
溶液の組成 | *PLUS 濃度: 2.1 M / 一般名: ammonium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 103 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年8月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.67→50 Å / Num. all: 80202 / Num. obs: 79717 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): 10737.6 / Biso Wilson estimate: 26 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 8.2 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 398050 / Rmerge(I) obs: 0.057 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 98.4 % / Rmerge(I) obs: 0.407 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1ECL 解像度: 1.67→49.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 2.785 / SU ML: 0.094 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.11 / ESU R Free: 0.097 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.686 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.67→49.39 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.67→1.713 Å / Rfactor Rfree error: 0.11 / Total num. of bins used: 20 /
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ソフトウェア | *PLUS バージョン: 5 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 50 Å / Num. reflection obs: 75619 / Num. reflection Rfree: 4024 / Rfactor Rfree: 0.227 / Rfactor Rwork: 0.205 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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