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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mfv
タイトルCrystal structure of the Signal Transduction ATPase with Numerous Domains (STAND) protein with a tetratricopeptide repeat sensor PH0952 from Pyrococcus horikoshii
要素tetratricopeptide repeat sensor PH0952
キーワードSIGNALING PROTEIN / STAND / nucleotide-binding oligomerization domain / tetratricopeptide / signal transduction
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response / ADP binding / DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能
helix_turn_helix, Arsenical Resistance Operon Repressor / HTH ArsR-type DNA-binding domain / Disease resistance protein, plants / ArsR-like helix-turn-helix domain / NB-ARC / NB-ARC domain / Tetratricopeptide repeat / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat ...helix_turn_helix, Arsenical Resistance Operon Repressor / HTH ArsR-type DNA-binding domain / Disease resistance protein, plants / ArsR-like helix-turn-helix domain / NB-ARC / NB-ARC domain / Tetratricopeptide repeat / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / HTH arsR-type domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus horikoshii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Lisa, M.N. / Alzari, P.M. / Haouz, A. / Danot, O.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-08-BLAN-0204-01 フランス
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2019
タイトル: Double autoinhibition mechanism of signal transduction ATPases with numerous domains (STAND) with a tetratricopeptide repeat sensor.
著者: Lisa, M.N. / Cvirkaite-Krupovic, V. / Richet, E. / Andre-Leroux, G. / Alzari, P.M. / Haouz, A. / Danot, O.
履歴
登録2018年9月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年3月6日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32019年4月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tetratricopeptide repeat sensor PH0952
B: tetratricopeptide repeat sensor PH0952
C: tetratricopeptide repeat sensor PH0952
D: tetratricopeptide repeat sensor PH0952
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)308,1228
ポリマ－306,4134
非ポリマー1,7094
水00
1
A: tetratricopeptide repeat sensor PH0952
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,0312
ポリマ－76,6031
非ポリマー4271
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: tetratricopeptide repeat sensor PH0952
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,0312
ポリマ－76,6031
非ポリマー4271
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: tetratricopeptide repeat sensor PH0952
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,0312
ポリマ－76,6031
非ポリマー4271
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: tetratricopeptide repeat sensor PH0952
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,0312
ポリマ－76,6031
非ポリマー4271
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.126, 96.126, 584.259
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質
tetratricopeptide repeat sensor PH0952


分子量: 76603.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (strain ATCC 700860 / DSM 12428 / JCM 9974 / NBRC 100139 / OT-3) (古細菌)
株: ATCC 700860 / DSM 12428 / JCM 9974 / NBRC 100139 / OT-3
遺伝子: PH0952 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) / 参照: UniProt: O58663
#2: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.63 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 10% (v/v) 2-propanol, 0.1 M imidazole pH 8

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9801 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→48.69 Å / Num. all: 241031 / Num. obs: 41809 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.8 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rpim(I) all: 0.042 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 3.4→3.54 Å / Rmerge(I) obs: 0.791 / Num. unique all: 4743 / Num. unique obs: 27458 / CC1/2: 0.884 / Rpim(I) all: 0.355

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解析

ソフトウェア
名称分類
PHENIX精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Obtained by SAD phasing

解像度: 3.4→48.688 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 27.89
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2716 4183 5.08 %
Rwork0.2244 --
obs0.2263 41668 99.24 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→48.688 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21276 0 108 0 21384
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00221884
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.48229488
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.90213172
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0383124
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0033748
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.4-3.45860.32171830.28733931X-RAY DIFFRACTION95
3.4586-3.52150.35432000.28463951X-RAY DIFFRACTION94
3.5215-3.58920.27011930.28183882X-RAY DIFFRACTION95
3.5892-3.66240.34732060.28273879X-RAY DIFFRACTION94
3.6624-3.7420.33682420.27663907X-RAY DIFFRACTION94
3.742-3.8290.31532020.28293928X-RAY DIFFRACTION94
3.829-3.92460.28021820.27273917X-RAY DIFFRACTION95
3.9246-4.03070.27242290.26553980X-RAY DIFFRACTION94
4.0307-4.14920.29452300.25533866X-RAY DIFFRACTION94
4.1492-4.2830.29521770.24813916X-RAY DIFFRACTION95
4.283-4.43590.31211940.23453909X-RAY DIFFRACTION95
4.4359-4.61330.27282010.21883995X-RAY DIFFRACTION95
4.6133-4.82290.27922100.21133916X-RAY DIFFRACTION94
4.8229-5.07680.25131910.21933929X-RAY DIFFRACTION95
5.0768-5.39420.27522240.21533885X-RAY DIFFRACTION94
5.3942-5.80970.25862050.23363888X-RAY DIFFRACTION95
5.8097-6.39250.3022150.22463985X-RAY DIFFRACTION95
6.3925-7.31320.2292200.2033884X-RAY DIFFRACTION94
7.3132-9.19740.25572240.17043863X-RAY DIFFRACTION94
9.1974-41.62690.23052320.17473802X-RAY DIFFRACTION91
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1813-0.9083-1.89534.7707-0.39835.73250.2567-0.59760.88760.3414-0.21130.0234-1.04910.2992-0.0761.16040.05330.07121.4838-0.4050.4086-99.126-33.3269-98.4847
20.31190.15410.43221.47940.71680.79290.8217-2.2423-0.76451.0062-0.57860.16861.04940.5906-0.20832.19580.23790.27862.38170.36760.8098-103.7596-50.8011-71.9295
38.4538-0.7871-3.09114.1579-5.10198.2133-0.27850.2356-0.4765-0.4034-0.24940.2723-0.4247-0.14130.59351.387-0.22330.27221.4631-0.43610.6317-117.939-34.9916-78.9926
43.35470.2786-1.66766.1822-1.28856.0114-1.1147-1.09631.0565-0.75080.15581.14390.5887-0.48590.53470.58950.1463-0.3161.3839-0.29481.5289-125.8953-22.2178-102.9832
52.5960.40730.39111.8506-1.9452.3799-0.5212-0.02141.9207-0.79310.58080.7719-0.4715-0.3611-0.03411.6076-0.0667-0.41841.0594-0.07351.5213-107.2088-5.394-123.7457
63.1453-2.56712.05434.7484-2.0633.0077-0.33670.5348-0.00170.43520.46270.75240.38640.6342-0.16380.51160.0887-0.31291.4410.12710.121-45.5782-39.2773-64.3242
71.2905-0.4582-0.82513.0305-0.72113.47470.5001-1.0306-0.3491-0.1421-0.062-0.7118-0.56461.53920.19421.63370.3555-0.95231.5545-0.14530.4251-29.3735-54.4091-41.006
86.9518-5.24860.95814.0737-1.44856.19431.2555-0.06120.24341.4099-1.0172-0.77021.2170.2724-0.03931.0638-0.3893-0.3310.61320.21960.855-50.0931-46.5117-38.2274
95.77180.291.37832.79491.80423.15470.196-0.1459-0.47610.7649-0.08530.67840.6475-0.99220.15730.27320.27810.23362.0269-0.1391.0254-72.9165-40.2747-53.9646
105.36261.4246-3.36113.3769-2.20952.62310.2080.19070.28870.00570.17250.4277-0.9126-0.3451-0.3551.091-0.0069-0.15570.8511-0.08260.5827-74.8235-19.3669-79.0527
112.27941.5962-2.31248.6295-5.97959.04160.0532-0.1753-0.3470.0033-0.16360.48380.09651.09440.09210.65640.11580.10331.5130.04260.2428-50.6867-48.7671-93.9718
126.1275.14914.77018.57353.41243.8065-0.4991.0850.1374-0.3790.5393-0.1495-0.07020.76840.11081.11110.18430.10241.3524-0.04590.3891-57.1837-31.0106-119.9774
136.10372.7816-0.68962.93943.11297.17870.94460.8211-0.91341.392-0.5879-1.42750.3958-0.419-0.31190.7809-0.1111-0.34991.60180.03320.9753-70.0941-47.929-113.0453
140.778-2.24190.26886.8006-0.16135.23440.5373-0.8873-0.87260.548-0.12931.18970.5146-1.1554-0.27311.0954-0.5385-0.06391.63490.36641.0174-76.4624-61.8452-89.1637
151.5796-2.07250.23653.3075-1.63312.13910.33720.5843-0.89830.19760.35920.78451.7192-0.2423-0.78391.75370.041-0.22151.1619-0.14551.211-56.0345-77.7061-69.3657
163.34681.4459-1.8674.5732-2.57092.16630.10460.0192-0.0025-0.20550.33921.6561-0.25581.1373-0.12881.2595-0.3572-0.17481.2858-0.2046-0.0708-93.685-43.2322-127.9835
171.67191.24562.55112.96140.59984.9166-0.00230.26310.1704-0.0572-0.1961-0.6511-0.86261.16550.1271.4584-0.8346-0.58991.30270.42170.9124-78.589-27.8214-151.9388
187.3663-0.9681-1.29237.94973.59456.45580.10940.34550.2737-0.7516-0.8244-1.3941-0.9416-0.9450.47321.369-0.6769-0.05171.04650.24230.7574-99.0843-36.4777-154.0849
193.87630.2325-5.08432.19981.75068.69690.05851.0733-0.4420.6674-0.64930.5281-0.5663-0.64650.49570.68120.1065-0.09240.5806-0.1530.924-121.2651-43.318-137.6924
202.0372-0.8480.99552.4517-3.4715.61630.3234-0.2035-0.43140.06060.09850.64860.7943-0.573-0.43831.0542-0.36570.09040.8156-0.15260.9411-121.8518-63.9604-112.2479
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 102 through 262 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 263 through 316 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 317 through 393 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 394 through 496 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 497 through 748 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 102 through 262 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 263 through 316 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 317 through 393 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 394 through 496 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 497 through 748 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 102 through 262 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 263 through 316 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 317 through 393 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 394 through 496 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 497 through 748 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 102 through 262 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 263 through 316 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 317 through 393 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 394 through 496 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 497 through 748 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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