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- PDB-1mvu: SINGLE CHAIN FV OF C219 HEAVY CHAIN V101L MUTANT IN COMPLEX WITH ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mvu
タイトルSINGLE CHAIN FV OF C219 HEAVY CHAIN V101L MUTANT IN COMPLEX WITH SYNTHETIC EPITOPE PEPTIDE
要素
  • Ig VDJ-region (HEAVY CHAIN)
  • Ig kappa-chain VJ-region (Light chain)
  • P-GLYCOPROTEIN
キーワードIMMUNE SYSTEM / SINGLE CHAIN FV / MONOCLONAL ANTIBODY / C219 / P-GLYCOPROTEIN / IMMUNOGLOBULIN / SITE-DIRECTED MUTAGENESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


oligopeptide export from mitochondrion / terpenoid transport / ceramide floppase activity / floppase activity / ABC-type oligopeptide transporter activity / phosphatidylethanolamine flippase activity / phosphatidylcholine floppase activity / xenobiotic transport across blood-brain barrier / intercellular canaliculus / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane ...oligopeptide export from mitochondrion / terpenoid transport / ceramide floppase activity / floppase activity / ABC-type oligopeptide transporter activity / phosphatidylethanolamine flippase activity / phosphatidylcholine floppase activity / xenobiotic transport across blood-brain barrier / intercellular canaliculus / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane / P-type phospholipid transporter / ABC-type xenobiotic transporter / ABC-type xenobiotic transporter activity / phospholipid translocation / immunoglobulin complex / efflux transmembrane transporter activity / adaptive immune response / mitochondrial inner membrane / apical plasma membrane / ATP hydrolysis activity / extracellular region / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Type 1 protein exporter / : / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / Immunoglobulin V-Type ...: / Type 1 protein exporter / : / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / Immunoglobulin V-Type / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / ATP-dependent translocase ABCB1 / Igh protein / ScFv B8E5 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.78 Å
データ登録者Chan, D.C.M. / Kuntz, D.A. / Rose, D.R.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Single Chain C219 V(101H)L Mutant Antibody Complexed with a Helical Peptide
著者: Chan, D.C.M. / Hirama, T. / Mackenzie, C.R. / Kuntz, D.A. / Rose, D.R.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1999
タイトル: Antibody C19 Recognizes an Alpha-Helical Epitope on P-Glycoprotein
著者: Van den Elsen, J.M. / Kuntz, D.A. / Hoedemaeker, F.J. / Rose, D.R.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1997
タイトル: A Single Chain Fv Fragment of P-Glycoprotein-Specific Monoclonal Antibody C219. Design, Expression, and Crystal Structure at 2.4 A Resolution
著者: Hoedemaeker, F.J. / Signorelli, T. / Johns, K. / Kuntz, D.A. / Rose, D.R.
履歴
登録2002年9月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32013年9月18日Group: Derived calculations
改定 1.42024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE AT THE TIME OF PROCESSING, NO DATABASE REFERENCE SEQUENCE WAS AVAILABLE FOR C219 ANTIBODY ...SEQUENCE AT THE TIME OF PROCESSING, NO DATABASE REFERENCE SEQUENCE WAS AVAILABLE FOR C219 ANTIBODY HEAVY CHAIN. AUTHORS INFORMED THAT RESIDUE 101 OF THIS CHAIN WAS MUTATED FROM VAL TO LEU.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ig kappa-chain VJ-region (Light chain)
B: Ig VDJ-region (HEAVY CHAIN)
P: P-GLYCOPROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5394
ポリマ－27,4423
非ポリマー961
水3,423190
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2910 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area10890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.733, 50.967, 58.636
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.89, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 Ig kappa-chain VJ-region (Light chain) / C219 ANTIBODY LIGHT CHAIN


分子量: 12525.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: LIGHT AND HEAVY CHAINS LINKED WITH A SYNTHETIC (GGGGS)3 LINKER
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞内の位置: PERIPLASM / プラスミド: PSJF2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TG1 / 参照: GenBank: 196563, UniProt: Q6KB05*PLUS
#2: 抗体 Ig VDJ-region (HEAVY CHAIN) / C219 ANTIBODY HEAVY CHAIN


分子量: 13442.889 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: LIGHT AND HEAVY CHAINS LINKED WITH A SYNTHETIC (GGGGS)3 LINKER
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞内の位置: PERIPLASM / プラスミド: PSJF2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TG1 / 参照: UniProt: Q505N9*PLUS
#3: タンパク質・ペプチド P-GLYCOPROTEIN


分子量: 1473.654 Da / 分子数: 1 / Fragment: ATP-binding domain (Residues 1-13) / 由来タイプ: 合成
詳細: THE PEPTIDE WAS CHEMICALLY SYNTHESIZED. THE SEQUENCE OF THE PEPTIDE IS NATURALLY FOUND IN CRICETULUS GRISEUS (CHINESE HAMSTER).
参照: GenBank: 191155, UniProt: P21448*PLUS
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 190 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.72 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: PEG8000, lithium sulfate, pH 9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年6月10日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Quartz crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.78→20 Å / Num. obs: 23268 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 3 / Biso Wilson estimate: 17 Å2
反射 シェル解像度: 1.78→1.84 Å / % possible all: 96.9

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.78→19.27 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 385673.56 / Data cutoff high rms absF: 385673.56 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.223 1103 4.8 %RANDOM
Rwork0.197 ---
all0.2 23706 --
obs0.197 22806 96.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 47.8686 Å2 / ksol: 0.402656 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 23.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.32 Å20 Å20.96 Å2
2--4.52 Å20 Å2
3---3.8 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.22 Å0.2 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.1 Å0.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.78→19.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1909 0 5 190 2104
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.78→1.89 Å / Rfactor Rfree error: 0.023 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 157 4.4 %
Rwork0.259 3419 -
obs--90.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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