PDB-1mu5: Structure of topoisomerase subunit

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1mu5

タイトル

Structure of topoisomerase subunit

要素

Type II DNA topoisomerase VI Subunit B

キーワード

ISOMERASE / GHKL ATPase / helix two-turns helix

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / DNA binding / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Sulfolobus shibatae (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Corbett, K.D. / Berger, J.M.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2003
タイトル: Structure of the topoisomerase VI-B subunit: implications for type II topoisomerase mechanism and evolution
著者: Corbett, K.D. / Berger, J.M.

履歴

登録	2002年9月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年1月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2007年10月16日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 999

SEQUENCE The Authors state the residues Y303D and D435N are apparently caused by strain-specific ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1mu5.cif.gz	110.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1mu5.ent.gz	84.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1mu5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mu/1mu5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mu/1mu5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1mx0C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2hkj-d 1z59-d 7ltq-2 6axg-4 3gzx-d 3fdd-d 4qx3-d 4ocn-1 5bxs-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#73 - 2006年1月トポイソメラーゼ (Topoisomerase) 類似性 (1) #131 - 2010年11月インテイン (Inteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Type II DNA topoisomerase VI Subunit B

ヘテロ分子

53.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	94.091, 110.968, 54.544
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Type II DNA topoisomerase VI Subunit B 分子量: 53638.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus shibatae (古細菌) / 遺伝子: top6b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O05207, EC: 5.99.1.3
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 237 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.63 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7
詳細: PEG 3000, Tris, calcium acetate, pH 7.0, Microbatch, temperature 293K

結晶化

*PLUS

温度: 20 ℃ / 手法: batch method

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細	化学式
1	20 mM	Tris-HCl	1	1	pH7.0
2	100 mM		1	1		NaCl
3	12 mg/ml	protein	1	1
4	20 %	PEG3000	1	2
5	100 mM	Tris-HCl	1	2	pH7.0
6	200 mM		1	2		Ca(OAc)2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.127 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年12月20日
放射	モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.127 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→30 Å / Num. all: 39380 / Num. obs: 37738 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(F): 4 / Observed criterion σ(I): 4 / R_sym value: 0.058 / Net I/σ(I): 16.7
反射シェル	解像度: 2→2.07 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.65 / R_sym value: 0.405 / % possible all: 90.6
反射	PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 284447 / R_merge(I) obs*: 0.058
反射シェル	PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 2.07 Å / % possible obs: 90.6 % / R_merge(I) obs: 0.405 / Mean I/σ(I) obs*: 2.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHARP		位相決定
REFMAC	5	精密化

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.94 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / SU B: 4.541 / SU ML: 0.128 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.203 / ESU R Free: 0.167 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23809	3130	8.3 %	RANDOM
R_work	0.21375	-	-	-
all	0.21579	37738	-	-
obs	0.21579	34608	95.97 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.944 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.01 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.62 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.63 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3684	0	2	237	3923

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	3762
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.311	1.973	5091
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.28	3	458
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.841	15	737
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.107	0.2	567
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	2811
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.26	0.3	1839
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.167	0.5	370
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.338	0.3	58
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.247	0.5	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.734	1.5	2303
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.43	2	3756
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.558	3	1459
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.475	4.5	1335
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2→2.051 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.304	224
R_work	0.26	2342

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4568	-0.0405	0.0073	0.7145	0.0475	0.2223	0.0263	0.0154	0.0041	-0.0313	-0.0178	-0.0309	0.0222	0.0286	-0.0085	0.1551	0.0021	-0.0037	0.157	0.0048	0.1346	17.4735	55.5798	17.3587
2	5.2598	-0.7335	-3.0771	2.5606	1.2618	5.1089	-0.3496	0.1221	-0.3608	-0.1343	0.1186	-0.2013	0.1039	0.1137	0.2309	0.1689	-0.0338	0.1145	0.0797	0.0195	0.1022	36.6994	76.7733	-6.4591
3	0.7291	-0.5749	-0.2822	0.7139	0.3177	0.2624	-0.0058	-0.0523	0.0838	-0.0238	0.017	-0.0441	-0.0023	-0.0079	-0.0112	0.1509	-0.014	-0.0047	0.1554	-0.0093	0.1558	12.929	83.5247	24.5945

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	10 - 229	11 - 230
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	230 - 310	231 - 311
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	311 - 470	312 - 471

精密化

*PLUS

最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 20 Å / R_factor R_free: 0.239 / R_factor R_work: 0.214

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.011
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.313

LS精密化シェル

*PLUS

最高解像度: 2 Å / R_factor R_free: 0.302 / R_factor R_work: 0.26

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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