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- PDB-2hkj: Topoisomerase VI-B bound to radicicol -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hkj
タイトルTopoisomerase VI-B bound to radicicol
要素Type II DNA topoisomerase VI subunit B
キーワードISOMERASE / topoisomerase / ghkl / drug complex / radicicol
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / DNA binding / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
DNA topoisomerase VI, subunit B / DNA topoisomerase VI, subunit B, transducer / Topoisomerase VI B subunit, transducer / NFACT N-terminal and middle domains / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #50 / Ribosomal Protein S5; domain 2 - #10 / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Heat Shock Protein 90 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 ...DNA topoisomerase VI, subunit B / DNA topoisomerase VI, subunit B, transducer / Topoisomerase VI B subunit, transducer / NFACT N-terminal and middle domains / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #50 / Ribosomal Protein S5; domain 2 - #10 / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Heat Shock Protein 90 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RADICICOL / Type 2 DNA topoisomerase 6 subunit B
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus shibatae (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Corbett, K.D. / Berger, J.M.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2006
タイトル: Structural basis for topoisomerase VI inhibition by the anti-Hsp90 drug radicicol
著者: Corbett, K.D. / Berger, J.M.
履歴
登録2006年7月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE THE AUTHORS STATE THE RESIDUES Y303D AND D435N ARE APPARENTLY CAUSED BY STRAIN-SPECIFIC ...SEQUENCE THE AUTHORS STATE THE RESIDUES Y303D AND D435N ARE APPARENTLY CAUSED BY STRAIN-SPECIFIC DIFFERENCES BETWEEN THE STRAIN OF S. SHIBATAE AND THAT USED FOR GENOMIC SEQUENCING. THE AUTHORS STATE THEY HAVE CLONED THE GENE SEVERAL TIMES INDEPENDENTLY, AND THE RESIDUES ARE CONSISTENTLY DIFFERENT FROM THE DATABASE ENTRY.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Type II DNA topoisomerase VI subunit B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,9784
ポリマ－53,5101
非ポリマー4673
水6,395355
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)93.879, 111.398, 54.888
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
詳細The protein monomer is the relevant biological unit.

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要素

#1: タンパク質 Type II DNA topoisomerase VI subunit B / TopoVI-B


分子量: 53510.363 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 2-470 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus shibatae (古細菌) / 遺伝子: top6B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O05207, EC: 5.99.1.3
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-RDC / RADICICOL / MONORDEN / ラジシコ-ル


分子量: 364.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H17ClO6
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 355 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.11 %
結晶化温度: 292 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7.5
詳細: HEPES, Mg(HCO2)2, PEG 3350, NaCl, MgCl2, pH 7.5, microbatch, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1157 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年5月23日
放射モノクロメーター: Double Crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1157 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 39306 / Num. obs: 39306 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 22.4 Å2 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 2.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 5384 / Rsym value: 0.322 / % possible all: 94.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1MU5

1mu5


解像度: 2→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 6.404 / SU ML: 0.094 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R: 0.157 / ESU R Free: 0.145 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: The R-free set is the same as in PDB entry 1MU5, the molecular replacement search model
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20877 3236 8.3 %RANDOM
Rwork0.16674 ---
obs0.17025 35959 98.82 %-
all-35959 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.574 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.89 Å20 Å20 Å2
2---0.6 Å20 Å2
3---1.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3704 0 30 355 4089
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0223814
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.411.9915163
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5425460
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.29424.588170
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.17715700
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.961522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.2572
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022859
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2140.21830
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3120.22638
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1470.2320
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2920.258
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.4510.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1721.52401
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.58523772
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.06231644
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.7154.51388
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.272 227 -
Rwork0.224 2452 -
obs--92.96 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.59260.03060.08620.75360.01980.32980.0236-0.01010.02330.0151-0.0087-0.0391-0.040.0171-0.015-0.03330.00350.013-0.0180.0026-0.0317.605-0.101-17.467
24.32810.28292.30523.04620.72184.8944-0.2012-0.06030.21960.15750.0303-0.2818-0.18380.30230.1709-0.0565-0.0198-0.0953-0.05780.0259-0.093736.485-21.2746.545
30.74720.6640.25020.94990.36450.2034-0.01570.0364-0.0675-0.00980.0238-0.04710.0136-0.0325-0.0081-0.03680.01870.0055-0.0081-0.0037-0.011312.9-28.141-24.738
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA10 - 2299 - 228
2X-RAY DIFFRACTION2AA230 - 310229 - 309
3X-RAY DIFFRACTION3AA311 - 470310 - 469

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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