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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1mu2 | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF HIV-2 REVERSE TRANSCRIPTASE | ||||||
![]() | (HIV-2 RT) x 2 | ||||||
![]() | TRANSFERASE / HIV-2 REVERSE TRANSCRIPTASE / AIDS / POLYMERASE / DRUG DESIGN | ||||||
機能・相同性 | ![]() HIV-2 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus ...HIV-2 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / host cell / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ren, J. / Bird, L.E. / Chamberlain, P.P. / Stewart-Jones, G.B. / Stuart, D.I. / Stammers, D.K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of HIV-2 reverse transcriptase at 2.35-A resolution and the mechanism of resistance to non-nucleoside inhibitors 著者: Ren, J. / Bird, L.E. / Chamberlain, P.P. / Stewart-Jones, G.B. / Stuart, D.I. / Stammers, D.K. #1: ![]() タイトル: Cloning, Expression, Purification, and Crystallisation of HIV-2 Reverse Transcriptase 著者: Bird, L.E. / Chamberlain, P.P. / Stewart-Jones, G.B. / Ren, J. / Stuart, D.I. / Stammers, D.K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 217 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 170.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 64169.555 Da / 分子数: 1 / 変異: R286S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 属: Lentivirus / 株: pROD / 遺伝子: POL / プラスミド: pET21d / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 50181.730 Da / 分子数: 1 / Fragment: residues 6-431 / 変異: R286S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 属: Lentivirus / 株: pROD / 遺伝子: POL / プラスミド: pET21d / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 化合物 | ChemComp-GOL / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.57 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: (NH4)2SO4, TRIS, DMSO, GLYCEROL, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K |
結晶化 | *PLUS 手法: unknown詳細: Bird, L.E., (2003) Protein EExpression Purif., 27, 12. |
-データ収集
回折 |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年9月30日 | |||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||
放射波長 | 波長: 0.933 Å / 相対比: 1 | |||||||||
反射 | 解像度: 2.35→30 Å / Num. obs: 56142 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -1.5 / 冗長度: 11.3 % / Biso Wilson estimate: 53.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.128 / Net I/σ(I): 16 | |||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.35→2.43 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.747 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique all: 5520 / % possible all: 100 | |||||||||
反射 | *PLUS % possible obs: 100 % / Num. measured all: 631721 / Rmerge(I) obs: 0.128 | |||||||||
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 100 % / Num. unique obs: 5520 / Rmerge(I) obs: 0.747 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1hmv, 1rtj 解像度: 2.35→29.95 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 2050186.73 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 51.9425 Å2 / ksol: 0.343704 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 54.6 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.35→29.95 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.35→2.43 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 30 Å / Num. reflection obs: 53236 / Rfactor obs: 0.189 / Rfactor Rfree: 0.241 / Rfactor Rwork: 0.194 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.341 / Rfactor Rwork: 0.295 |