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万見
- PDB-1mtq: THREE-DIMENSIONAL SOLUTION STRUCTURE OF ALPHA-CONOTOXIN GID BY NM... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mtq
タイトルTHREE-DIMENSIONAL SOLUTION STRUCTURE OF ALPHA-CONOTOXIN GID BY NMR SPECTROSCOPY
要素alpha-conotoxin GID
キーワードTOXIN / Alpha-helix
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell postsynaptic membrane / acetylcholine receptor inhibitor activity / ion channel regulator activity / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Conotoxin, alpha-type / Alpha conotoxin precursor / Conotoxin, alpha-type, conserved site / Alpha-conotoxin family signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha-conotoxin GID
類似検索 - 構成要素
生物種synthetic construct (人工物)
手法溶液NMR / Initial structures were calculated using torsion angle dynamics, structures were refined in a water shell using cartesian dynamics.
データ登録者Nicke, A. / Loughnan, M.L. / Millard, E.L. / Alewood, P.F. / Adams, D.J. / Daly, N.L. / Craik, D.J. / Lewis, R.J.
引用ジャーナル: J.BIOL.CHEM. / 年: 2003
タイトル: Isolation, Structure, and Activity of GID, a Novel alpha 4/7-Conotoxin with an Extended N-terminal Sequence
著者: Nicke, A. / Loughnan, M.L. / Millard, E.L. / Alewood, P.F. / Adams, D.J. / Daly, N.L. / Craik, D.J. / Lewis, R.J.
履歴
登録2002年9月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年2月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年6月24日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: atom_site / pdbx_entity_src_syn ...atom_site / pdbx_entity_src_syn / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.12025年3月26日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 999 An appropriate sequence database match was not found using blast.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: alpha-conotoxin GID


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,1931
ポリマ－2,1931
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 50all calculated structures submitted, structures with the lowest energy
代表モデルモデル #16lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド alpha-conotoxin GID


分子量: 2193.446 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: This sequence occurs in naturally in conus geographus venom.
由来: (合成) synthetic construct (人工物)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D TOCSY
1212D NOESY
131DQF-COSY
141E-COSY
NMR実験の詳細Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques.

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試料調製

詳細内容: 2.5mM peptide; 90% H2O, 10% D2O / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 0 / pH: 2.8 / 圧: ambient / 温度: 287 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 750 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR2.6Brukercollection
XEASY1.3.7Xia and Bartelsデータ解析
DYANA1.5Guentert構造決定
CNS1Brunger et al.精密化
精密化手法: Initial structures were calculated using torsion angle dynamics, structures were refined in a water shell using cartesian dynamics.
ソフトェア番号: 1
詳細: the structures are based on a total of 183 NOE derived distance restraints, 15 dihedral angle restraints.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted, structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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