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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1mt1 | |||||||||
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タイトル | The Crystal Structure of Pyruvoyl-dependent Arginine Decarboxylase from Methanococcus jannaschii | |||||||||
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![]() | LYASE / pyruvoyl group / pyruvate / agmatine / arginine | |||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Tolbert, W.D. / Graham, D.E. / White, R.H. / Ealick, S.E. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Pyruvoyl-Dependent Arginine Decarboxylase from Methanococcus jannaschii: Crystal Structures of the Self-Cleaved and S53A Proenzyme Forms 著者: Tolbert, W.D. / Graham, D.E. / White, R.H. / Ealick, S.E. #1: ![]() タイトル: Methanococcus jannaschii uses a pyruvoyl-dependent arginine decarboxylase in polyamine biosynthesis. 著者: Graham, D.E. / Xu, H. / White, R.H. | |||||||||
履歴 |
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Remark 999 | SEQUENCE Each monomer undergoes an internal self cleavage reaction which generates a pyruvoyl ...SEQUENCE Each monomer undergoes an internal self cleavage reaction which generates a pyruvoyl cofactor. RESIDUE 53 IS CONVERTED TO A PYRUVOYL GROUP. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 204.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 165.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | Two (alpha beta)3 trimers are located in the asymmetric unit. Each monomer undergoes an internal self cleavage reaction which generates a pyruvoyl cofactor. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 5475.011 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: MJ0316 / プラスミド: pET19b (Novagen) / 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 12531.892 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: MJ0316 / プラスミド: pET19b (Novagen) / 発現宿主: ![]() ![]() #3: 化合物 | ChemComp-AG2 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.09 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: PEG 2000, 2-methyl-2,4-pentanediol, glycerol, n-[2-hydroxyethyl]piperazine-N'-[2-ethanesulfonic acid], beta octyl glucoside, putrescine, ethylenediaminetetraacetic acid dithiothreitol, pH 7. ...詳細: PEG 2000, 2-methyl-2,4-pentanediol, glycerol, n-[2-hydroxyethyl]piperazine-N'-[2-ethanesulfonic acid], beta octyl glucoside, putrescine, ethylenediaminetetraacetic acid dithiothreitol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2002年4月18日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.11→63.5 Å / Num. all: 57557 / Num. obs: 57557 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 14.7 Å2 / Rsym value: 0.142 / Net I/σ(I): 4.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.11→2.24 Å / 冗長度: 6.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 8398 / Rsym value: 0.383 / % possible all: 100 |
反射 | *PLUS Num. obs: 52185 / % possible obs: 100 % / Num. measured all: 368924 / Rmerge(I) obs: 0.142 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.383 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: none 解像度: 2.2→63.5 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: Data was refined to the MLHL target in CNS. The number of reflections reported includes anomalous data.
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 26.4748 Å2 / ksol: 0.361126 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.5 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→63.5 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / Rfactor Rwork: 0.19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS 最低解像度: 2.28 Å / Rfactor Rfree: 0.25 / Rfactor Rwork: 0.204 |