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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1mrv | ||||||
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タイトル | crystal structure of an inactive Akt2 kinase domain | ||||||
要素 | RAC-beta serine/threonine kinase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / AGC serine threonine kinase / AKT PKB kinase domain / tumorigenesis / x-ray crystal structure / signal transduction | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 retinal rod cell apoptotic process / PDE3B signalling / cellular response to high light intensity / Inhibition of TSC complex formation by PKB / AKT-mediated inactivation of FOXO1A / Negative regulation of the PI3K/AKT network / negative regulation of long-chain fatty acid import across plasma membrane / Activation of AKT2 / AKT phosphorylates targets in the nucleus / RUNX2 regulates genes involved in cell migration ...retinal rod cell apoptotic process / PDE3B signalling / cellular response to high light intensity / Inhibition of TSC complex formation by PKB / AKT-mediated inactivation of FOXO1A / Negative regulation of the PI3K/AKT network / negative regulation of long-chain fatty acid import across plasma membrane / Activation of AKT2 / AKT phosphorylates targets in the nucleus / RUNX2 regulates genes involved in cell migration / : / positive regulation of fatty acid beta-oxidation / mammary gland epithelial cell differentiation / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / positive regulation of glucose metabolic process / peripheral nervous system myelin maintenance / positive regulation of cell motility / glycogen biosynthetic process / AKT phosphorylates targets in the cytosol / Regulation of TP53 Activity through Association with Co-factors / CTLA4 inhibitory signaling / fat cell differentiation / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / Regulation of localization of FOXO transcription factors / positive regulation of glycogen biosynthetic process / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / Activation of BAD and translocation to mitochondria / positive regulation of protein targeting to membrane / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / Cyclin E associated events during G1/S transition / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / regulation of cell migration / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / FLT3 Signaling / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / VEGFR2 mediated vascular permeability / molecular function activator activity / protein localization to plasma membrane / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / positive regulation of glucose import / TP53 Regulates Metabolic Genes / protein modification process / ruffle membrane / Regulation of PTEN stability and activity / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / cellular response to insulin stimulus / glucose metabolic process / KEAP1-NFE2L2 pathway / Regulation of TP53 Degradation / insulin receptor signaling pathway / PIP3 activates AKT signaling / regulation of translation / cell cortex / early endosome / non-specific serine/threonine protein kinase / regulation of cell cycle / intracellular signal transduction / positive regulation of cell migration / phosphorylation / intracellular membrane-bounded organelle / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / signal transduction / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Huang, X. / Begley, M. / Morgenstern, K.A. / Gu, Y. / Rose, P. / Zhao, H. / Zhu, X. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2003 タイトル: Crystal structure of an inactive akt2 kinase domain 著者: Huang, X. / Begley, M. / Morgenstern, K.A. / Gu, Y. / Rose, P. / Zhao, H. / Zhu, X. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1mrv.cif.gz | 66.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1mrv.ent.gz | 48.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1mrv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1mrv_validation.pdf.gz | 367.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1mrv_full_validation.pdf.gz | 376.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1mrv_validation.xml.gz | 7.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1mrv_validation.cif.gz | 11.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mr/1mrv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mr/1mrv | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39313.008 Da / 分子数: 1 / 断片: kinase domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AKT2 Plasmid details: gene cloned between BamHI & EcoRI, has His6 tag with thrombin cleavage site. プラスミド: pFastBac1 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P31751, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ(アルコールにつなげるもの) |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.44 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Li2SO4, PEG4000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 170 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年3月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→100 Å / Num. obs: 17360 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.97 % / Biso Wilson estimate: 51.93 Å2 / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 8.7 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.8 Å / Num. obs: 11257 / % possible obs: 94.4 % / Num. measured all: 50158 / Rmerge(I) obs: 0.071 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PKA in ternary complex 解像度: 2.8→100 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→100 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.307 / Rfactor Rwork: 0.257 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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