[日本語] English
万見
- PDB-5d9g: Crystal structure of TIPRL, TOR signaling pathway regulator-like,... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5d9g
タイトルCrystal structure of TIPRL, TOR signaling pathway regulator-like, in complex with peptide
要素
  • TIP41-like protein
  • oligo peptide
キーワードPROTEIN BINDING / protein binding TIP41-like family PP2A
機能・相同性
機能・相同性情報


protein phosphatase inhibitor activity / TOR signaling / protein phosphatase activator activity / DNA damage checkpoint signaling / cytosol
類似検索 - 分子機能
TIP41-like protein / TIP41-like family / :
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / PHOSPHATE ION / TIP41-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 単波長異常分散 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Scorsato, V. / Sandy, J. / Brandao-Neto, J. / Pereira, H.M. / Smetana, J.H.C. / Aparicio, R.
資金援助 ブラジル, 3件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2011/03054-9 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2014/12445-0 ブラジル
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq)474402/2013-4 ブラジル
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Crystal structure of the human Tip41 orthologue, TIPRL, reveals a novel fold and a binding site for the PP2Ac C-terminus.
著者: Scorsato, V. / Lima, T.B. / Righetto, G.L. / Zanchin, N.I. / Brandao-Neto, J. / Sandy, J. / Pereira, H.D. / Ferrari, A.J. / Gozzo, F.C. / Smetana, J.H. / Aparicio, R.
履歴
登録2015年8月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月17日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: diffrn_source / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32017年11月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.42019年4月17日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: TIP41-like protein
B: TIP41-like protein
C: oligo peptide
D: oligo peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,6329
ポリマ－59,3134
非ポリマー3205
水4,197233
1
A: TIP41-like protein
C: oligo peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8455
ポリマ－29,6562
非ポリマー1893
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1250 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area12590 Å2
手法PISA
2
B: TIP41-like protein
D: oligo peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7874
ポリマ－29,6562
非ポリマー1302
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1130 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area13130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)145.307, 145.307, 95.950
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65
詳細THE BIOLOGICAL UNIT HAS BEEN DETERMINED BY SAXS AND GEL FILTRATION

-
要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 TIP41-like protein / Putative MAPK-activating protein PM10 / Type 2A-interacting protein / TIP


分子量: 28843.502 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TIPRL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O75663
#2: タンパク質・ペプチド oligo peptide


分子量: 812.866 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 4種, 238分子

#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 233 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.15 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 100mM SPG buffer, pH 5.5. 1.5M NaCl, TIPRL 90mg/mL / PH範囲: 5.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.99219 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99219 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→95.95 Å / Num. obs: 62695 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 15.2 % / Biso Wilson estimate: 44.69 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.119 / Rpim(I) all: 0.031 / Net I/σ(I): 12.1 / Num. measured all: 952365 / Scaling rejects: 241
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _ / % possible all: 100

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all
2.15-2.2515.11.5742.312566583010.760.413
7.13-95.9514.80.09527.62679718050.9930.025

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
Aimless0.5.1データスケーリング
SHELX位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.15→52.616 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.89 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1985 2520 4.03 %Random selection
Rwork0.1824 59995 --
obs0.1832 62515 99.78 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 163.94 Å2 / Biso mean: 58.5944 Å2 / Biso min: 29.84 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.15→52.616 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4001 0 13 233 4247
Biso mean--107.41 58.32 -
残基数----502
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034184
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6915677
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.026630
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003723
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.9771558
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.15-2.19140.37871570.3513277343499
2.1914-2.23610.35051550.311233063461100
2.2361-2.28470.33771740.300432633437100
2.2847-2.33790.34131670.28373271343899
2.3379-2.39630.33021400.288632983438100
2.3963-2.4611100000000.26513469100
2.4611-2.5335100000000.24573454100
2.5335-2.6153100000000.2483461100
2.6153-2.70880.24391260.230433533479100
2.7088-2.81720.25731720.228632933465100
2.8172-2.94540.25161870.222132753462100
2.9454-3.10070.24571820.214133313513100
3.1007-3.29490.22371790.192132913470100
3.2949-3.54930.19951790.161233153494100
3.5493-3.90640.2011540.144133083462100
3.9064-4.47140.1131570.125933393496100
4.4714-5.63240.15721980.127533193517100
5.6324-52.63160.17241930.166933723565100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.4264-0.1926-0.12984.5578-0.61392.2274-0.10040.7576-0.3901-0.2155-0.02550.29890.12350.09240.13620.3117-0.0865-0.05220.402-0.08280.2761-27.467763.3485-5.3033
24.3508-1.45750.99482.3213-0.29681.3651-0.13130.2025-0.0289-0.0214-0.03530.0144-0.07370.0120.14650.3195-0.06540.00290.2867-0.03620.2802-20.852465.8964.8147
34.2031-2.08272.94163.3346-2.89135.797-0.1957-0.02490.14640.09730.06410.2209-0.1156-0.11630.15760.3626-0.06480.01450.2648-0.08050.4082-24.10272.095913.319
42.23231.00820.09876.82681.85951.45960.1788-0.41750.04380.6208-0.1937-0.33670.1570.04080.01170.4244-0.0371-0.00220.49820.01960.309-46.91145.0853.5864
57.11411.44840.9870.3498-0.17382.1059-0.0632-0.70780.06740.5536-0.1015-0.31780.17360.13720.1980.58690.0008-0.00110.33880.05050.5061-50.635125.7272-1.0705
61.14530.29130.08214.40641.06851.42230.005-0.18960.1625-0.0832-0.03750.1944-0.0819-0.1960.01720.2817-0.05040.01120.4320.02180.3642-53.31650.5837-6.3714
72.1216-0.6979-1.53683.66333.22097.26270.024-0.09710.2291-0.0222-0.0970.3936-0.014-0.50320.10510.2219-0.0566-0.00410.3810.03860.4585-59.139250.3517-12.3688
85.2797-4.7007-4.94118.10680.30559.04450.3903-1.60970.21060.3783-0.07280.7523-0.8789-0.631-0.30680.6929-0.01320.10220.8746-0.03430.8464-37.103369.780114.6558
94.4792.85212.76363.5937-0.07273.5766-0.56341.19420.9506-0.83410.43910.1566-0.12730.13440.02780.5602-0.0199-0.05980.7261-0.0240.6071-50.689462.6129-13.5428
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 11 through 75 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 76 through 197 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 198 through 256 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 11 through 85 )B0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 86 through 105 )B0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 106 through 197 )B0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 198 through 256 )B0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 11 through 14 )C0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 9 through 14 )D0

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る