PDB-1mr9: Crystal structure of Streptogramin A Acetyltransferase with acety...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1mr9

タイトル

Crystal structure of Streptogramin A Acetyltransferase with acetyl-CoA bound

要素

Streptogramin A Acetyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / left-handed parallel-beta helix domain

機能・相同性

機能・相同性情報

acyltransferase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterococcus faecium (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Kehoe, L.E. / Snidwongse, J. / Courvalin, P. / Rafferty, J.B. / Murray, I.A.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Structural Basis of Synercid (Quinupristin-Dalfopristin) Resistance in Gram-positive Bacterial Pathogens
著者: Kehoe, L.E. / Snidwongse, J. / Courvalin, P. / Rafferty, J.B. / Murray, I.A.

履歴

登録	2002年9月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2003年8月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月28日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2023年10月25日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1mr9.cif.gz	222.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1mr9.ent.gz	179 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1mr9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1mr9_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1mr9_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	1mr9_validation.xml.gz	49 KB	表示
CIF形式データ	1mr9_validation.cif.gz	64.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mr/1mr9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mr/1mr9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1mr7SC 1mrlC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3dho-1 1mr7-2 4wvp-2 3dho-2 1kk4-2 4ic5-d 2h1i-4 1kk4-1 5ona-2 1fq0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (5) #165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (3) #49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Streptogramin A Acetyltransferase

B: Streptogramin A Acetyltransferase

C: Streptogramin A Acetyltransferase

X: Streptogramin A Acetyltransferase

Y: Streptogramin A Acetyltransferase

Z: Streptogramin A Acetyltransferase

ヘテロ分子

149 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Streptogramin A Acetyltransferase

B: Streptogramin A Acetyltransferase

C: Streptogramin A Acetyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
74.6 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

X: Streptogramin A Acetyltransferase

Y: Streptogramin A Acetyltransferase

Z: Streptogramin A Acetyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
74.6 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	181.516, 184.530, 186.268
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	22
Space group name H-M	F222

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	X
5	1	Y
6	1	Z

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	MSE	MSE	ARG	ARG	A	A	1 - 203	1 - 203
2	MSE	MSE	ARG	ARG	B	B	1 - 203	1 - 203
3	MSE	MSE	ILE	ILE	C	C	1 - 202	1 - 202
4	MSE	MSE	ARG	ARG	X	D	1 - 203	1 - 203
5	GLY	GLY	ILE	ILE	Y	E	2 - 202	2 - 202
6	GLY	GLY	ILE	ILE	Z	F	2 - 202	2 - 202

詳細

biological trimer

#1: タンパク質	Streptogramin A Acetyltransferase 分子量: 24050.486 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterococcus faecium (バクテリア) プラスミド: pET28A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 (DE3) 参照: UniProt: P50870, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-ACO / ACETYL COENZYME A / アデノシン3′-りん酸5′-[二りん酸P²-[(R)-3-ヒドロキシ-2,2-ジメチル-3-[[(以下略) 分子量: 809.571 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ*: 合成 / 式: C₂₃H₃₈N₇O₁₇P₃S

#1: タンパク質

Streptogramin A Acetyltransferase

分子量: 24050.486 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Enterococcus faecium (バクテリア)
プラスミド: pET28A / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 (DE3)
参照: UniProt: P50870, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの

#2: 化合物

ChemComp-ACO / ACETYL COENZYME *A / アデノシン3′-りん酸5′-[二りん酸P²-[(R)-3-ヒドロキシ-2,2-ジメチル-3-[[(以下略)

分子量: 809.571 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₃₈N₇O₁₇P₃S

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.95 %

結晶化

温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 2.9M Sodium Formate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

結晶化

*PLUS

pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細
1	0.15-0.25 mM	protein	1	reservoir
2	1 mM	Tris-HCl	1	reservoir	pH7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 2001年3月14日 / 詳細: Mirrors
放射	モノクロメーター: Yale Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→20 Å / Num. obs: 31022 / 冗長度: 2.62 % / B_iso Wilson estimate: 70 Å² / R_merge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 11.4
反射シェル	解像度: 3→3.07 Å / R_merge(I) obs: 0.446 / Mean I/σ(I) obs: 2.25
反射	PLUS 最低解像度: 20 Å / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 3.18 % / Num. measured all: 173203 / R_merge(I) obs*: 0.08
反射シェル	PLUS 最高解像度: 3 Å / % possible obs: 98 % / R_merge(I) obs: 0.353 / Mean I/σ(I) obs*: 3.82

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定
REFMAC	5	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1MR7

1mr7

解像度: 3→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.893 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.843 / SU ML: 0.656 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.563 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.29506	1425	5.1 %	RANDOM
R_work	0.24282	-	-	-
all	0.24557	-	-	-
obs	0.24557	26609	89.73 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 62.715 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.87 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.79 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9370	0	302	0	9672

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	9916
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	8783
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.629	1.983	13542
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.794	3	20554
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.342	3	1202
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	24.784	15	1692
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.314	0.2	1461
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	10835
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1770
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.261	0.3	3000
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.239	0.3	10763
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.219	0.5	1048
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.124	0.5	45
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.241	0.3	20
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.25	0.3	78
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.139	0.5	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 2821 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: medium positional / Weight position: 0.5

Dom-ID	Auth asym-ID	Rms dev position (Å)
1	A	0.61
2	B	0.6
3	C	0.64
4	X	0.62
5	Y	0.64
6	Z	0.63

LS精密化シェル

解像度: 3→3.076 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.366	98
R_work	0.298	2019

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8228	2.3478	0.2413	4.0302	0.54	0.7003	-0.0631	0.0724	-0.2659	-0.0966	-0.0253	-0.3012	0.2762	-0.0066	0.0883	0.2963	-0.0474	0.0577	0.2876	-0.0244	0.2393	27.1322	53.8306	14.4805
2	3.2573	2.4684	-1.9547	3.2044	-0.97	2.5346	0.3027	-0.2969	0.3303	0.4965	-0.2975	0.012	0.0104	0.1535	-0.0052	0.1868	-0.1013	-0.0528	0.2431	-0.017	0.284	37.16	81.0355	27.1489
3	0.8915	0.1379	-0.3693	1.6756	1.0401	2.3115	0.2634	-0.3523	0.0758	0.316	-0.3258	0.2689	0.0534	-0.4071	0.0624	0.3973	-0.2786	0.1139	0.4824	-0.0658	0.2798	13.5075	65.2532	40.6256
4	2.2659	-0.1521	0.2893	1.5483	-0.3856	0.9577	-0.093	0.1032	-0.207	-0.1273	0.0791	-0.1755	-0.0189	0.0778	0.0139	0.1677	0.0394	0.0277	0.1455	-0.0325	0.2124	39.8463	107.3462	66.0048
5	0.9756	0.484	-0.241	2.7192	1.8061	2.6849	0.0764	0.2576	0.1211	-0.401	-0.1726	0.493	-0.1426	-0.5484	0.0962	0.2108	0.0746	-0.1113	0.3932	0.0179	0.2913	12.9268	119.5332	55.7098
6	3.6794	-2.3592	-0.3082	3.1219	0.0424	0.111	-0.0488	-0.3854	0.4232	0.4571	0.1349	-0.0637	-0.0671	-0.0076	-0.086	0.3755	-0.0142	0.0322	0.2461	-0.0995	0.2228	26.354	131.5274	80.8784
7	20.3034	-20.9779	-0.062	56.7312	-11.9721	10.7375	2.1725	-0.0192	-0.697	-1.7885	-0.3645	0.9092	3.3081	0.77	-1.8081	0.2283	-0.1697	0.0076	0.2407	0.0003	0.4738	40.0124	64.1573	21.3837
8	12.3254	24.4361	-15.3191	-3.6962	-4.0584	6.2125	-0.3399	1.3584	1.2823	0.5614	-0.7129	-1.9693	1.8903	-2.0747	1.0528	0.2352	-0.1152	0.0052	0.9047	-0.162	0.4424	29.6852	72.9051	41.1323
9	13.6373	25.2875	-17.4595	-21.4784	28.2944	56.3158	-0.3727	-2.6282	0.7052	-0.0286	0.2061	-1.3317	-0.7824	-0.0357	0.1667	0.5004	-0.2162	-0.0511	0.2898	-0.1273	0.5207	21.8807	52.3217	31.7602
10	137.6246	74.4494	-14.2364	60.1264	-8.6854	8.9669	-1.1488	0.7802	-3.4032	-1.4787	-0.4811	-3.0256	0.0028	0.1383	1.6299	0.1748	0.0589	-0.1671	0.2488	-0.0481	0.16	30.1598	114.9776	53.1954
11	44.8697	4.7294	-26.7822	-15.7494	21.0325	22.3936	0.2713	-0.0648	-0.023	-1.353	-0.2784	-0.0838	-1.6194	-1.3455	0.0071	0.5554	0.1167	0.2276	0.3827	-0.0905	0.5387	20.4626	133.6191	63.3177
12	21.2611	15.5359	-2.9738	8.7623	2.2264	15.3683	-0.282	-0.6065	-0.744	0.7558	-0.1334	-1.9144	-0.9565	0.5682	0.4154	0.1844	0.1227	-0.0113	0.1614	-0.124	0.5737	40.2149	124.2815	72.782

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 203	1 - 203
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	1 - 203	1 - 203
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	1 - 202	1 - 202
4	X-RAY DIFFRACTION	4	X	D	1 - 203	1 - 203
5	X-RAY DIFFRACTION	5	Y	E	2 - 202	2 - 202
6	X-RAY DIFFRACTION	6	Z	F	2 - 202	2 - 202
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	G	300
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	H	301
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	I	302
10	X-RAY DIFFRACTION	10	Y	J	303
11	X-RAY DIFFRACTION	11	Z	K	304
12	X-RAY DIFFRACTION	12	X	L	305

精密化

*PLUS

最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 20 Å / % reflection R_free: 5 % / R_factor R_free: 0.295 / R_factor R_work: 0.245

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.011
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.63

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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