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- PDB-1mph: PLECKSTRIN HOMOLOGY DOMAIN FROM MOUSE BETA-SPECTRIN, NMR, 50 STRU... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mph
タイトルPLECKSTRIN HOMOLOGY DOMAIN FROM MOUSE BETA-SPECTRIN, NMR, 50 STRUCTURES
要素BETA SPECTRIN
キーワードSIGNAL TRANSDUCTION / INOSITOL PHOSPHATES
機能・相同性
機能・相同性情報


Interaction between L1 and Ankyrins / regulation of SMAD protein signal transduction / RHOV GTPase cycle / NCAM signaling for neurite out-growth / membrane assembly / central nervous system formation / RHOU GTPase cycle / spectrin / COPI-mediated anterograde transport / cuticular plate ...Interaction between L1 and Ankyrins / regulation of SMAD protein signal transduction / RHOV GTPase cycle / NCAM signaling for neurite out-growth / membrane assembly / central nervous system formation / RHOU GTPase cycle / spectrin / COPI-mediated anterograde transport / cuticular plate / RAF/MAP kinase cascade / plasma membrane organization / actin filament capping / Golgi to plasma membrane protein transport / M band / ankyrin binding / cortical cytoskeleton / mitotic cytokinesis / axolemma / positive regulation of interleukin-2 production / endomembrane system / central nervous system development / protein localization to plasma membrane / positive regulation of protein localization to plasma membrane / phospholipid binding / structural constituent of cytoskeleton / actin binding / GTPase binding / actin cytoskeleton organization / calmodulin binding / postsynaptic density / protein-containing complex binding / nucleolus / glutamatergic synapse / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Pleckstrin homology domain, spectrin-type / Pleckstrin homology domain 9 / Pleckstrin homology domain / Spectrin, beta subunit / Spectrin repeat / Spectrin repeat / Actinin-type actin-binding domain signature 1. / Actinin-type actin-binding domain signature 2. / Actinin-type actin-binding domain, conserved site / Spectrin/alpha-actinin ...Pleckstrin homology domain, spectrin-type / Pleckstrin homology domain 9 / Pleckstrin homology domain / Spectrin, beta subunit / Spectrin repeat / Spectrin repeat / Actinin-type actin-binding domain signature 1. / Actinin-type actin-binding domain signature 2. / Actinin-type actin-binding domain, conserved site / Spectrin/alpha-actinin / Spectrin repeats / Calponin homology domain / Calponin homology (CH) domain / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile. / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Spectrin beta chain, non-erythrocytic 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Nilges, M. / Macias, M.J. / O'Donoghue, S.I. / Oschkinat, H.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1997
タイトル: Automated NOESY interpretation with ambiguous distance restraints: the refined NMR solution structure of the pleckstrin homology domain from beta-spectrin.
著者: Nilges, M. / Macias, M.J. / O'Donoghue, S.I. / Oschkinat, H.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1996
タイトル: Molecular Replacement with NMR Models Using Distance-Derived Pseudo B Factors
著者: Wilmanns, M. / Nilges, M.
#2: ジャーナル: Embo J. / 年: 1995
タイトル: Structure of the Binding Site for Inositol Phosphates in a Ph Domain
著者: Hyvonen, M. / Macias, M.J. / Nilges, M. / Oschkinat, H. / Saraste, M. / Wilmanns, M.
#3: ジャーナル: Nature / 年: 1994
タイトル: Structure of the Pleckstrin Homology Domain from Beta-Spectrin
著者: Macias, M.J. / Musacchio, A. / Ponstingl, H. / Nilges, M. / Saraste, M. / Oschkinat, H.
履歴
登録1997年4月23日処理サイト: BNL
改定 1.01997年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA SPECTRIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2881
ポリマ－12,2881
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)50 / 200LOWEST ENERGY
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 BETA SPECTRIN / PH DOMAIN


分子量: 12287.853 Da / 分子数: 1 / 断片: PLECKSTRIN HOMOLOGY / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: BL21 / 器官: BRAIN / プラスミド: PET21D / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q62261

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111NOESY
121TOCSY
1313D TOCSY-NOESY

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試料調製

試料状態pH: 6.5 / 温度: 303 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AMX600 / 製造業者: Bruker / モデル: AMX600 / 磁場強度: 600 MHz

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
NMR software
名称開発者分類
X-PLORBRUNGER精密化
X-PLOR構造決定
ARIA構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: STRUCTURES WERE CALCULATED WITH A MODIFIED VERSION OF X-PLOR (SEE JRNL REFERENCE FOR DETAILS) WITH A SIMULATED ANNEALING PROTOCOL. AN AUTOMATED PROCEDURE (ARIA) WAS USED TO AUTOMATICALLY ...詳細: STRUCTURES WERE CALCULATED WITH A MODIFIED VERSION OF X-PLOR (SEE JRNL REFERENCE FOR DETAILS) WITH A SIMULATED ANNEALING PROTOCOL. AN AUTOMATED PROCEDURE (ARIA) WAS USED TO AUTOMATICALLY ASSIGN AND AUGMENT AN INITIAL LIST OF 568 MANUALLY SELECTED RESTRAINTS, FROM PEAK LISTS FROM TWO H2O NOESY SPECTRA (30 AND 80 MS). 20 STRUCTURES WERE ITERATIVELY REFINED, AND THE NOE DATA RE-ASSIGNED ON THE BASIS OF THE 7 LOWEST ENERGY STRUCTURES IN EACH ITERATION. EIGHT REFINEMENT/ASSIGNMENT CYCLES WERE RUN, PLUS TWO IN AN EXPLICIT SHELL OF WATER. THE FINAL LIST OF RESTRAINTS CONTAINED 1328 UNAMBIGUOUS RESTRAINTS AND 486 AMBIGUOUS RESTRAINTS WITH MAXIMALLY 5 ASSIGNMENT POSSIBILITIES.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST ENERGY / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 50

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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