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万見
- PDB-1mpa: BACTERICIDAL ANTIBODY AGAINST NEISSERIA MENINGITIDIS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mpa
タイトルBACTERICIDAL ANTIBODY AGAINST NEISSERIA MENINGITIDIS
要素
  • (MN12H2 IGG2A-KAPPA) x 2
  • PORA P1.16 PEPTIDE FLUORESCEIN CONJUGATE
キーワードCOMPLEX (IMMUNOGLOBULIN/PEPTIDE) / MURINE IMMUNOGLOBULIN IGG2A KAPPA / BACTERICIDAL ANTIBODY / EPITOPE P1.16 OF PORA FROM NEISSERIA MENINGITIDIS / COMPLEX (IMMUNOGLOBULIN-PEPTIDE) / COMPLEX (IMMUNOGLOBULIN-PEPTIDE) complex
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type ...: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / : / If kappa light chain / Ighg protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Van Den Elsen, J.M.H. / Herron, J.N. / Kroon, J. / Gros, P.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 1997
タイトル: Bactericidal antibody recognition of a PorA epitope of Neisseria meningitidis: crystal structure of a Fab fragment in complex with a fluorescein-conjugated peptide.
著者: van den Elsen, J.M. / Herron, J.N. / Hoogerhout, P. / Poolman, J.T. / Boel, E. / Logtenberg, T. / Wilting, J. / Crommelin, D.J. / Kroon, J. / Gros, P.
履歴
登録1997年2月26日処理サイト: BNL
改定 1.01997年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model ...database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: MN12H2 IGG2A-KAPPA
H: MN12H2 IGG2A-KAPPA
P: PORA P1.16 PEPTIDE FLUORESCEIN CONJUGATE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,1044
ポリマ－49,9923
非ポリマー1121
水30617
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5690 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area19480 Å2
手法PISA
2
P: PORA P1.16 PEPTIDE FLUORESCEIN CONJUGATE

L: MN12H2 IGG2A-KAPPA
H: MN12H2 IGG2A-KAPPA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,1044
ポリマ－49,9923
非ポリマー1121
水543
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation1_554x,y,z-11
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4960 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area20210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.680, 69.100, 72.950
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.01, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 MN12H2 IGG2A-KAPPA


分子量: 24122.861 Da / 分子数: 1 / 断片: FAB FRAGMENT / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: BALB/C / Cell: B-LYMPHOCYTE HYBRIDOMA
細胞株 (発現宿主): MN12H2 MURINE-MURINE HYBRIDOMA CELL LINE
発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: PIR: PC4203, UniProt: A2NHM3*PLUS
#2: 抗体 MN12H2 IGG2A-KAPPA


分子量: 24415.350 Da / 分子数: 1 / 断片: FAB FRAGMENT / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: BALB/C / Cell: B-LYMPHOCYTE HYBRIDOMA
細胞株 (発現宿主): MN12H2 MURINE-MURINE HYBRIDOMA CELL LINE
発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: PIR: S38950, UniProt: Q569X1*PLUS
#3: タンパク質・ペプチド PORA P1.16 PEPTIDE FLUORESCEIN CONJUGATE / P1.16 / AC-TKDTNNNLC(FLUORESCEIN)-NH2


分子量: 1453.509 Da / 分子数: 1
断片: APEX OF EXTRACELLULAR LOOP 4 (VR2) OF PORA, RESIDUES 180 - 187
由来タイプ: 組換発現
#4: 化合物 ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化pH: 4.6
詳細: THE MN12H2 FAB PEPTIDE COMPLEX WAS CRYSTALLIZED FROM 15% W/V PEG 20000, 100 MM SODIUM ACETATE, PH 4.6, 20 MM CDCL.
結晶化
*PLUS
手法: unknown

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR571 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MAC Science DIP-2020 / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年3月1日 / 詳細: COLLIMATOR
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→20 Å / Num. obs: 15404 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 37.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 16.8
反射 シェル解像度: 2.6→2.64 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.357 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Rsym value: 0.357 / % possible all: 96.5
反射
*PLUS
Num. measured all: 94382
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 96.5 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.63精密化
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2HFL

2hfl
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.6→8 Å / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.1 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.309 1397 9.09 %RANDOM
Rwork0.194 ---
obs0.194 14183 92.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 27.9 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.35 Å / Luzzati d res low obs: 8 Å / Luzzati sigma a obs: 0.46 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3532 0 1 17 3550
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.812
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d26.44
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.38
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it3.21
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it3.21.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it3.581.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it3.582
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.71 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.41 163 8.53 %
Rwork0.34 1384 -
obs--80.95 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2CAMI.PARCAMI.TOP
X-RAY DIFFRACTION3NACE.PARNACE.TOP
X-RAY DIFFRACTION4SPEP.PAR, FLU.PAR, CD.PARSPEP.TOP, FLU.TOP, CD.TOP, H20.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.63 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg26.44
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.38
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.34

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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