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万見
- PDB-1mp7: A Third Complex of Post-Activated Neocarzinostatin Chromophore wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mp7
タイトルA Third Complex of Post-Activated Neocarzinostatin Chromophore with DNA. Bulge DNA Binding from the Minor Groove
要素5'-D(*GP*CP*CP*AP*GP*AP*GP*AP*GP*C)-3'
キーワードDNA / DNA-drug complex / bulge DNA / recognition of anticancer
機能・相同性Chem-NCG / DNA
機能・相同性情報
手法溶液NMR / distance geometry, simulated annealing, restrained molecular dynamics
データ登録者Kwon, Y. / Xi, Z. / Kappen, L.S. / Goldberg, I.H. / Gao, X.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003
タイトル: New Complex of Post-Activated Neocarzinostatin Chromophore with DNA: Bulge DNA Binding from the Minor Groove
著者: Kwon, Y. / Xi, Z. / Kappen, L.S. / Goldberg, I.H. / Gao, X.
履歴
登録2002年9月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年2月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*GP*CP*CP*AP*GP*AP*GP*AP*GP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,0482
ポリマ－3,0791
非ポリマー9691
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)9 / 9all calculated structures submitted, back calculated data agree with experimental NOESY spectrum, structures with acceptable covalent geometry, structures with favorable non-bond energy, structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*GP*CP*CP*AP*GP*AP*GP*AP*GP*C)-3'


分子量: 3079.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物 ChemComp-NCG / [(R)-4-((1,3-DIOXOLANE-2-OXY)-4-(S)-YL)-4-HYDROXY]-(R)-10-(2-METHYLAMINO-5-METHYL-2,6-DIDEOXYGALACTOPYRANOSYL-OXY)-(R)-11-(2-HYDROXY-5-METHYL-7-METHOXY-1-NAPHTHOYL-OXY)-(R)-12-S-GLUTATHIONYL-4,10,11,12-TETRAHYDROINDACENE / NCSI-GLU / NEOCARZINOSTATIN-GLUTATHIONE CHROMOPHORE


分子量: 968.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H52N4O18S

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
2122D NOESY
2222D TOCSY
232DQF-COSY
242H-P COSY, COSY-45, T1 measurement, Translational diffusion constant measurement
NMR実験の詳細Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear and heteronuclear (1H-31P) techniques. Diffusion constant measurement experiment was used to address the conformation of the complex ...Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear and heteronuclear (1H-31P) techniques. Diffusion constant measurement experiment was used to address the conformation of the complex adopting either homoduplex or self-folded hairpin form.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
12mM DNA; 10 mM phophate buffer containing 0.1 mM EDTA, pH 6.090% H2O-10% D2O, 100% D2O
20.9mM complex of NCSi-glu-bulge DNA; 10 mM phophate buffer containing 0.1 mM EDTA, pH 6.090% H2O-10% D2O, 100% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
110 mM Sodium Phosphate, 0.1 mM EDTA, pH 6.0 6.0 ambient 273 K
210 mM Sodium Phosphate, 0.1 mM EDTA, pH 6.0 6.0 ambient 268 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AMXBrukerAMX6001
Bruker AMXBrukerAMX6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
UXNMRAspect X32Brukercollection
Felix98 and 2000Accelrys解析
X-PLOR3.851Axel T. Brunger構造決定
MARDIGRAS3Brandan A. Borgias, Paul D. Thomas, He Liu, Anil Kumarデータ解析
X-PLOR3.851Axel T. Brunger精密化
精密化手法: distance geometry, simulated annealing, restrained molecular dynamics
ソフトェア番号: 1
詳細: the structure calculation was based on a total of 316 restraints, 258 NOE-derived distance constraints, 40 of dihedral angle restraints, and 18 distance restraints from hydrogen bonds of Wason-Creek base pairs.
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted, back calculated data agree with experimental NOESY spectrum, structures with acceptable covalent geometry, structures with ...コンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted, back calculated data agree with experimental NOESY spectrum, structures with acceptable covalent geometry, structures with favorable non-bond energy, structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 9 / 登録したコンフォーマーの数: 9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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