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- PDB-2k1p: Solution structure of the second zinc finger domain of ZRANB2/ZNF265 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2k1p
タイトルSolution structure of the second zinc finger domain of ZRANB2/ZNF265
要素Zinc finger Ran-binding domain-containing protein 2
キーワードTRANSCRIPTION / zinc finger / ZNF265 / RNA binding / RanBP2 / RBZ / ZIS / Alternative splicing / Metal-binding / mRNA processing / mRNA splicing / Nucleus / Phosphoprotein / Polymorphism / RNA-binding / Zinc-finger
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA splicing / lipopolysaccharide binding / mRNA processing / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
Zinc finger Ran-binding domain-containing protein 2 / Zinc finger domain / Zn-finger in Ran binding protein and others / Zinc finger RanBP2 type profile. / Zinc finger, RanBP2-type superfamily / Zinc finger RanBP2-type signature. / Zinc finger, RanBP2-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Zinc finger Ran-binding domain-containing protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics
データ登録者Loughlin, F.E. / Mackay, J.P.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The zinc fingers of the SR-proein ZRANB2 recognize 5'splice site-like sequences and constitute a distinct class of RNA binding domain
著者: Loughlin, F.E. / Mansfield, R.E. / Vaz, P.M. / Leung, W. / Setiyaputra, S. / Grant, R.P. / Chen, E.S. / Gamsjaeger, R. / Mackay, J.P.
履歴
登録2008年3月13日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年3月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月29日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_database_related / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_database_related.db_id
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Zinc finger Ran-binding domain-containing protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,8252
ポリマ－3,7591
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 500structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Zinc finger Ran-binding domain-containing protein 2 / Zinc finger protein 265 / Zinc finger / splicing


分子量: 3759.196 Da / 分子数: 1 / 断片: RanBP2-type 2, residues 65-95 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ZRANB2, ZIS, ZNF265 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O95218
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-1H TOCSY
1212D DQF-COSY
1312D 1H-1H NOESY
2423D HNHA

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.45 mM ZRANB2 zinc finger 2, 10 % D2O, 1 mM DTT, 25 mM potassium phosphate, 25 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.4 mM [U-100% 15N] ZRANB2 zinc finger 2, 10 % D2O, 1 mM DTT, 25 mM potassium phosphate, 25 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.45 mMZRANB2 zinc finger 21
10 %D2O1
1 mMDTT1
25 mMpotassium phosphate1
25 mMsodium chloride1
0.4 mMZRANB2 zinc finger 2[U-100% 15N]2
10 %D2O2
1 mMDTT2
25 mMpotassium phosphate2
25 mMsodium chloride2
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
10.0257ambient 275 K
20.0257ambient 278 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
XwinNMRBruker Biospincollection
ARIALinge, O'Donoghue and Nilges構造決定
TopSpinBruker Biospin解析
DYANAGuntert, Braun and Wuthrich構造決定
DYANAGuntert, Braun and Wuthrich精密化
精密化手法: simulated annealing, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: STRUCTURE CALCULATIONS WERE PERFORMED USING THE PACKAGE ARIA1.2 (AMBIGUOUS RESTRAINTS IN ITERATIVE ASSIGNMENT). FINAL STRUCTURES ARE BASED ON 654 UNAMBIGUOUS NOE-DERIVED DISTANCE CONSTRAINTS, ...詳細: STRUCTURE CALCULATIONS WERE PERFORMED USING THE PACKAGE ARIA1.2 (AMBIGUOUS RESTRAINTS IN ITERATIVE ASSIGNMENT). FINAL STRUCTURES ARE BASED ON 654 UNAMBIGUOUS NOE-DERIVED DISTANCE CONSTRAINTS, 38 SETS OF AMBIGUOUS NOE-DERIVED DISTANCE CONSTRAINTS AND 19 ADDITIONAL DIHEDRAL ANGLE RESTRAINTS.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 500 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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