[日本語] English
万見
- PDB-1mol: TWO CRYSTAL STRUCTURES OF A POTENTLY SWEET PROTEIN: NATURAL MONEL... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mol
タイトルTWO CRYSTAL STRUCTURES OF A POTENTLY SWEET PROTEIN: NATURAL MONELLIN AT 2.75 ANGSTROMS RESOLUTION AND SINGLE-CHAIN MONELLIN AT 1.7 ANGSTROMS RESOLUTION
要素MONELLIN
キーワードSWEET-TASTING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Monellin, B chain / : / Monellin / Monellin / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #10 / Cystatin superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Dioscoreophyllum cumminsii (植物)
手法X線回折 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Somoza, J.R. / Kim, S.-H.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Two crystal structures of a potently sweet protein. Natural monellin at 2.75 A resolution and single-chain monellin at 1.7 A resolution.
著者: Somoza, J.R. / Jiang, F. / Tong, L. / Kang, C.H. / Cho, J.M. / Kim, S.H.
#1: ジャーナル: J.Biomol.NMR / 年: 1992
タイトル: 1H Resonance Assignments, Secondary Structure and General Topology of Single-Chain Monellin in Solution as Determined by 1H-2D-NMR
著者: Tomic, M.T. / Somoza, J.R. / Wemmer, D.E. / Park, Y.W. / Cho, J.M. / Kim, S.-H.
#2: ジャーナル: Protein Eng. / 年: 1989
タイトル: Redesigning a Sweet Protein: Increased Stability and Renaturability
著者: Kim, S.-H. / Kang, C.-H. / Kim, R. / Cho, J.M. / Lee, Y.-B. / Lee, T.-K.
履歴
登録1993年4月27日処理サイト: BNL
改定 1.01994年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details
Remark 650HELIX THERE IS A SINGLE RIGHT-HANDED ALPHA-HELIX IN EACH OF THE MONOMERS PRESENT IN THE ASYMMETRIC UNIT.
Remark 700SHEET EACH OF THE MONOMERS IN THE ASYMMETRIC UNIT CONTAINS A SINGLE, FIVE-STRAND ANTIPARALLEL BETA-SHEET.

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: MONELLIN
B: MONELLIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1672
ポリマ－22,1672
非ポリマー00
水2,414134
1
A: MONELLIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0841
ポリマ－11,0841
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: MONELLIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0841
ポリマ－11,0841
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.360, 49.090, 40.720
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.86, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO A 40 / 2: CIS PROLINE - PRO A 90 / 3: CIS PROLINE - PRO B 40 / 4: CIS PROLINE - PRO B 90

-
要素

#1: タンパク質 MONELLIN


分子量: 11083.628 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Dioscoreophyllum cumminsii (植物) / 参照: UniProt: P02882
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細SEQUENCE ADVISORY NOTICE DIFFERENCE BETWEEN SWISS-PROT AND PDB SEQUENCE. SWISS-PROT ENTRY NAME: ...SEQUENCE ADVISORY NOTICE DIFFERENCE BETWEEN SWISS-PROT AND PDB SEQUENCE. SWISS-PROT ENTRY NAME: MONB_DIOCU SWISS-PROT RESIDUE PDB SEQRES NAME NUMBER NAME CHAIN SEQ/INSERT CODE GLU 49 ASN A 49 ASN 50 GLU A 50

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.61 %
結晶化
*PLUS
pH: 7.2 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
16 mg/mlprotein1drop
210 mMsodium phosphate1drop
34 %(w/v)PEG80001drop
433 %(w/v)PEG80001reservoir

-
データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 1.6 Å / Num. obs: 19162 / % possible obs: 82.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / Num. measured all: 59663 / Rmerge(I) obs: 0.0638

-
解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 1.7→6 Å / σ(F): 2 /
Rfactor反射数
Rwork0.174 -
obs0.174 15053
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1566 0 0 134 1700
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.86
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection all: 17089 / Rfactor all: 0.188 / Rfactor obs: 0.174 / Rfactor Rwork: 0.174
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 23.6 Å2
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 2.86

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る